miniasm - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

miniasm - penghimpun de novo untuk urutan bacaan yang panjang

SINOPSIS

miniasme [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f bacaFile] [-n
nPusingan] [-r dropNisbah] [-F NisbahDrop akhir] [-p outputInfo] pemetaan.paf > output.gfa

DESCRIPTION

Miniasm ialah pemasang de novo berasaskan OLC yang sangat pantas untuk bacaan panjang yang bising. Ia memerlukan semua-vs-
semua membaca pemetaan kendiri dalam format PAF sebagai input dan mengeluarkan graf pemasangan dalam GFA
format. Berbeza dengan pemasang arus perdana, miniasme tidak mempunyai langkah konsensus. Ia
hanya menggabungkan cebisan urutan baca untuk menjana jujukan unitig akhir. Justeru
kadar ralat setiap asas adalah serupa dengan bacaan input mentah.

PILIHAN

Prapemilihan pilihan
-m INT Gugurkan pemetaan yang mempunyai kurang daripada INT asas yang sepadan (col10 dalam PAF) [100]. ini
pilihan mempunyai peranan yang sama seperti -L daripada minimap.

-s INT Jatuhkan pemetaan lebih pendek daripada INT-bp [1000]. Pilihan ini juga mempengaruhi yang kedua
pusingan penapisan bacaan dan panjang pertindihan minimum.

-i FLOAT Semasa penapisan baca, abaikan pemetaan dengan col10/col11 di bawah FLOAT [0.05].
Pemetaan yang diabaikan masih digunakan untuk pertindihan bacaan.

-c INT Liputan minimum oleh bacaan lain [3]. Dalam pusingan pertama penapisan, miniasme
mencari wilayah terpanjang yang diliputi oleh INT atau lebih banyak bacaan. Pada pusingan kedua, ia
di samping itu memerlukan setiap tapak yang tinggal dilindungi oleh INT asas sekurang-kurangnya
minSpan/2 dari hujung bacaan lain.

Bertindih pilihan
-o INT Panjang pertindihan minimum [sama seperti minSpan]

-h INT Panjang tidak terjual maksimum [1000]. Tidak terjual ialah kawasan tidak dipetakan yang sepatutnya
dipetakan diberi pertindihan benar atau pembendungan benar. Jika tidak terjual terlalu panjang,
pemetaan dianggap sebagai padanan dalaman dan akan diabaikan.

-I FLOAT Nisbah minimum panjang pemetaan kepada pemetaan+panjang tidak terjual untuk pemetaan
dianggap sebagai pembendungan atau pertindihan [0.8]. Pilihan ini mempunyai peranan yang serupa dengan
-h, kecuali ia mengawal nisbah, bukan panjang.

Grafik susun atur pilihan
-g INT Perbezaan jurang maksimum antara dua bacaan dalam pemetaan [1000]. Parameter ini ialah
hanya digunakan untuk pengurangan transitif.

-d INT Jarak probing maksimum untuk gelembung timbul [50000]. Buih lebih lama daripada INT
tidak akan muncul.

-e INT Unitig dianggap kecil jika ia terdiri daripada kurang daripada INT berbunyi [4].
Miniasme mungkin cuba mengeluarkan unitig kecil pada pelbagai langkah.

-f FAIL Baca fail jujukan dalam format FASTA atau FASTQ untuk menjana jujukan unitig
[null]. Jika pilihan ini tiada, miniasme menghasilkan output GFA tanpa
urutan.

-r FLOAT1,[FLOAT2]
Nisbah penurunan pertindihan maks dan min [0.7,0.5]. Biarkan pertindihan(v->w) menjadi pertindihan
panjang tepi v->w dan maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} ialah panjang terbesar
bertindih. Miniasme jatuh bertindih v->w jika bertindih(v->w)/maxovlp(v) berada di bawah a
ambang dikawal oleh pilihan ini. Miniasme berlaku nPusingan pusingan pendek
penyingkiran bertindih dengan peningkatan ambang antara TERApung1 and TERApung2.

-n INT Pusingan penyingkiran tumpang tindih pendek [3].

-F FLOAT Ambang nisbah kejatuhan bertindih selepas penyingkiran unitig pendek [0.8]

Lain-lain pilihan
-b Nyatakan bahawa dalam input, pemetaan yang sama mungkin akan diberikan dua kali

-1 Langkau pusingan pertama pemilihan bacaan prapemasangan

-2 Langkau pusingan kedua pemilihan bacaan prapemasangan

-p STR Maklumat output dan format [ug]. mungkin STR nilai termasuk - katil: pasca-
kawasan baca ditapis dalam format BED; PAF: pemetaan antara selepas ditapis
membaca; sg: baca graf bertindih dalam format GFA; ug: graf unitig dalam GFA
format.

-V Cetak nombor versi ke stdout

INPUT FORMAT

Miniasme membaca kedudukan pemetaan dalam Format Pemetaan Berpasangan (PAF), iaitu TAB-
format teks terhad dengan setiap baris terdiri daripada sekurang-kurangnya 12 medan seperti yang diterangkan dalam
jadual berikut:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Col │ Jenis │ Penerangan Produk │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ rentetan │ Nama urutan pertanyaan │
│ 2 │ int │ Panjang jujukan pertanyaan │
│ 3 │ int │ Koordinat mula pertanyaan (berasaskan 0) │
│ 4 │ int │ Koordinat akhir pertanyaan (berasaskan 0) │
│ 5 │ char │ `+' jika pertanyaan dan sasaran pada helai yang sama; `-' jika bertentangan │
│ 6 │ rentetan │ Nama jujukan sasaran │
│ 7 │ int │ Panjang jujukan sasaran │
│ 8 │ int │ Koordinat mula sasaran pada helai asal │
│ 9 │ int │ Koordinat hujung sasaran pada helai asal │
│ 10 │ int │ Bilangan pangkalan yang sepadan dalam pemetaan │
│ 11 │ int │ Pangkalan nombor, termasuk jurang, dalam pemetaan │
│ 12 │ int │ Kualiti pemetaan (0-255 dengan 255 untuk tiada) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

Sila lihat minimap(1) untuk penerangan terperinci bagi setiap medan.

OUTPUT FORMAT

Miniasme mengeluarkan himpunan dalam format Himpunan Serpihan Grafik (GFA). Ia adalah
format berbatas TAB berasaskan baris, dengan huruf di hadapan menunjukkan jenis baris.
Jadual berikut memberikan jenis baris yang digunakan oleh miniasme:

┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ───────────────────────┐
│Talian │ komen │ Tetap bidang │
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ───────────────────────┤
│ H │ Pengepala │ T/A │
│ S │ Segmen │ segName segSeq │
│ L │ Bertindih │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Laluan emas │ utgName utgStart readName:start-end readOri length │
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ───────────────────────┘

Gunakan miniasme dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net