Ini ialah arahan pls2fasta yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
pls2fasta - tukar fail plx.h5/bax.h5/fofn kepada fail fasta atau fastq
SINOPSIS
pls2fasta dalam.bax.h5 keluar.fasta [pilihan]
DESCRIPTION
Walaupun fail fasta disediakan dengan setiap larian, ia tidak dipangkas atau dipecahkan
subbacaan. Program ini mengambil maklumat anotasi tambahan, seperti subbacaan
koordinat dan kawasan berkualiti tinggi, dan menggunakannya untuk mencipta jujukan fasta yang
subrentetan semua pangkalan dipanggil. Selalunya, anda akan mahu memangkas bacaan berkualiti rendah,
jadi anda harus nyatakan -trimByRegion.
PILIHAN
dalam.bax.h5
Masukkan fail plx.h5/bax.h5/fofn.
keluar.fasta
Keluarkan fail fasta/fastq.
-trimByRegion
Potong kawasan berkualiti rendah.
-maskByRegion
Topeng kawasan berkualiti rendah dengan 'N'.
-regionTable nilai
Fail HDF pilihan dengan a /PulseData/Regions set data.
-minSubreadLength nilai
Jangan tulis subbacaan kurang daripada panjang yang ditentukan.
-tiadaSplitSubreads
Jangan belah bacaan pada jujukan penyesuai.
-Nombor lubang
Hanya cetak nombor lubang ini (atau senarai nombor).
-cepatq Cetak dalam format FASTQ dengan kualiti.
-ccs Cetak jujukan konsensus pekeliling (ccs) de novo
-panjang talian nilai
Nyatakan panjang talian fasta/fastq
-minReadScore nilai
Skor bacaan minimum untuk mencetak bacaan. Skor ialah nombor antara 0 dan 1000 dan
mewakili peratusan ketepatan yang dijangkakan * 10. Nilai biasa adalah antara
750 dan 800. Ini tidak terpakai pada bacaan ccs.
-terbaik Jika jujukan ccs wujud, cetak ini. Jika tidak, cetak subbacaan terpanjang. ini
tidak menyokong fastq.
Gunakan pls2fasta dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
