Ini ialah arahan rtax yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
rtax - Klasifikasi taksonomi pantas dan tepat bagi jujukan akhir berpasangan pendek dibaca daripada
gen RNA ribosom 16S
SINOPSIS
rtax [OPTION]...
DESCRIPTION
PILIHAN
-r refd pangkalan data rujukan dalam format FASTA
-t taksonomi fail taksonomi dengan ID jujukan yang sepadan dengan pangkalan data rujukan
-a pertanyaanA Fail FASTA yang mengandungi urutan pertanyaan (berakhir tunggal atau dibaca 1)
-b pertanyaanB Fail FASTA yang mengandungi urutan pertanyaan (baca b, dengan ID yang sepadan)
-x Urutan pertanyaan pelengkap terbalik A (diperlukan jika ia disediakan dalam
rasa terbalik)
-y Urutan pertanyaan B pelengkap terbalik (diperlukan jika ia disediakan dalam
rasa terbalik)
-i regex ungkapan biasa yang digunakan untuk memilih sebahagian daripada pengepala fasta untuk digunakan sebagai
id urutan. Lalai: "(\S+)"
-l fail fail teks yang mengandungi ID urutan untuk diproses, satu setiap baris
-d pembatas pembatas memisahkan dua bacaan apabila disediakan dalam satu fail
-m tempdir direktori sementara. Akan dialih keluar apabila berjaya disiapkan, tetapi berkemungkinan besar
tidak jika ada kesilapan
-f untuk urutan yang hanya satu bacaan tersedia, kembali kepada satu hujung
pengelasan. Lalai: lepaskan urutan ini
-g untuk urutan yang satu bacaan adalah terlalu generik, jangan kembali kepada satu-
klasifikasi tamat. Lalai: kelaskan jujukan ini berdasarkan hanya
bacaan yang lebih spesifik
-o klasifikasi.keluar
laluan keluaran
CONTOH
Contoh permulaan pantas boleh didapati di sini:
https://github.com/davidsoergel/rtax/wiki/QuickStart
Rtax juga boleh digunakan dalam QIIME aliran kerja, lihat pautan ini untuk mendapatkan maklumat lanjut:
http://www.qiime.org/tutorials/rtax.html
Gunakan rtax dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
