Ini ialah perintah snap-aligner-index yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
snap-aligner_index - program penjajaran nukleotida boleh skala
SINOPSIS
penyelaras snap indeks []
DESCRIPTION
Selamat datang ke SNAP versi 1.0beta.18.
PILIHAN
-s Saiz benih (lalai: 20)
-h Kendur jadual cincang (lalai: 0.3)
-hg19 Gunakan bias jadual pra-kira untuk hg19, yang menghasilkan kelajuan, keseimbangan dan a yang lebih baik
indeks yang lebih kecil, tetapi hanya berfungsi untuk rujukan manusia yang lengkap.
-Ofactor
Parameter ini ditamatkan dan akan diabaikan.
-tMaxThreads
Nyatakan bilangan maksimum benang untuk digunakan. Lalai ialah bilangan teras.
-B
Tentukan aksara untuk digunakan sebagai penamat nama kromosom dalam baris pengepala FASTA;
aksara ini dan apa-apa selepasnya bukan sebahagian daripada nama kromosom. Kamu mesti
tentukan semua aksara pada satu -B suis. Jadi, sebagai contoh, dengan -B_|, yang
Baris pengepala FASTA '>chr1|Chromosome 1' akan menjana kromosom bernama 'chr1'.
Terdapat bendera yang berasingan untuk menunjukkan bahawa ruang ialah penamat.
-bRuang
Menunjukkan bahawa aksara ruang ialah penamat untuk nama kromosom (lihat -B
di atas). Ini boleh digunakan sebagai tambahan kepada terminator lain yang ditentukan oleh -B. -B and
-bRuang adalah sensitif huruf besar-besaran.
-pPadding
Nyatakan bilangan Ns untuk diletakkan sebagai padding antara kromosom. Ini mesti sebagai
besar sebagai jarak pengeditan terbesar yang pernah anda gunakan, dan terdapat prestasi
kelebihan untuk memilikinya lebih besar daripada mana-mana bacaan yang akan anda proses. Lalai ialah 500
-HHistogramFail
Bina histogram kepopularan benih. Ini hanya untuk maklumat, ia tidak digunakan
oleh SNAP.
-tepat Kira saiz jadual cincang dengan tepat. Ini akan memperlahankan binaan indeks, tetapi biasanya
akan menghasilkan indeks yang lebih kecil.
-saiz kunci
Bilangan bait untuk digunakan untuk kekunci jadual cincang. Nilai yang lebih besar meningkatkan SNAP
jejak ingatan, tetapi benarkan benih yang lebih besar. Lalai: 4
-besar Bina indeks yang lebih besar yang lebih pantas sedikit, terutamanya untuk larian
parameter cepat/tidak tepat. Meningkatkan saiz indeks sebanyak kira-kira 30%, bergantung pada
parameter indeks lain dan kandungan genom rujukan
-lokasiSaiz
Saiz lokasi genom yang disimpan dalam indeks. Ini boleh dari 4 hingga 8
bait. Lokasi perlu cukup besar bukan sahaja untuk mengindeks genom, tetapi juga
untuk membenarkan beberapa ruang untuk mewakili benih yang berlaku beberapa kali. Untuk
genom manusia, ia akan sesuai dengan empat lokasi bait jika saiz benih ialah 19 atau
lebih besar, tetapi memerlukan 5 (atau lebih) untuk benih yang lebih kecil. Menjadikan saiz lokasi lebih besar
daripada yang diperlukan hanya akan membazir (banyak) ruang, jadi melainkan anda melakukan sesuatu
agak luar biasa, jawapan yang betul ialah 4 atau 5. Lalai ialah 4
-sm Gunakan fail temp untuk berfungsi dengan lebih baik dalam memori yang lebih kecil. Ini hanya membantu sedikit, tetapi
boleh jadi bezanya kalau rapat. Khususnya, ini biasanya akan menggunakan kurang
memori daripada indeks akan digunakan sebaik sahaja ia dibina, jadi jika ini tidak berfungsi, anda tidak akan melakukannya
boleh menggunakan indeks pula. Walau bagaimanapun, jika anda mempunyai ingatan yang mencukupi untuk memulakan
dengan, pilihan ini hanya akan memperlahankan binaan indeks dengan melakukan IO tambahan yang tidak berguna.
Gunakan snap-aligner-index dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
