Dit is de opdracht bp_download_query_genbankp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bp_download_query_genbank - script om Genbank te bevragen en records op te halen
GEBRUIK
bp_download_query_genbank --query "Neurospora[ORGN]" --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
bp_download_query_genbank --queryfile 'filewithquery' --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
Overige opties
Geef EEN van:
-q --query queryreeks OF
--queryfile profielbestand met query OF
--gi --gis --gifile-bestand met een lijst met te downloaden GI's
Databasetype:
-d --db database (nucleotide [standaard], nucest, eiwit, )
-o --out --outfile uitvoerbestand (anders worden de resultaten op het scherm weergegeven)
-f --formaatreeks bestandsuitvoerformaat (standaard fasta)
-v --uitgebreide foutopsporingsuitvoer
Vraag opties
--maximaal aantal ID's dat in een set kan worden opgehaald (standaard 100 tegelijk)
--vertrouwen
--maxdate maxdate voor een record
--let op de minimumdatum voor opname
--datetype edat of mdat (ingevoerd of gewijzigd)
AUTEUR Jason Stajicho
Jason Stajich, jason-AT-bioperl.org
Gebruik bp_download_query_genbankp online met behulp van onworks.net-services
