bp_papplmaker.plp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

papplmaker.PLS - Module generator voor analysetools

KORTE INHOUD

# hulp zoeken
papplmaker.PLS -h

# genereer module voor programma 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# idem, maar specificeer waar 'seqret' te vinden is
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/as/diensten

# idem, maar geef een niet-standaard toegangsmethode op voor 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-een corba

# genereer modules voor alle beschikbare analyses
# (met standaardlocatie en standaardtoegangsmethode)
papplmaker.PLS

# niet genereren maar zien wat er zou worden gegenereerd
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# genereer module voor analyse 'edit::seqret'
# maar noem het 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MijnSeqret

# ...en gebruik het
gebruik MySeqret;
print nieuwe MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->osformaat ('embl')
->wait_for
->uiteinde;

# idem maar zet het resultaat in directory '/tmp/my'
# (mappen hoeven niet te bestaan)
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MijnSeqret -d /tmp/mijn/

# genereer modules voor alle analyses waarvan de namen
# komt overeen met gegeven reguliere expressie (hoofdletterongevoelig)
papplmaker.PLS -r 'bewerken'

# idem, maar naam gegenereerde module met je eigen namen
# (laat papplmaker.PLS delen van uw naam vervangen)
papplmaker.PLS -r 'bewerken' -m 'Mijn_$ANALYSE'

PRODUCTBESCHRIJVING

De module "Bio::Tools::Run::Analysis" biedt toegang tot de lokale en externe analyse
tools op een uniforme manier (gedefinieerd in "Bio::AnalysisI"). De module maakt gebruik van algemene benadering
waardoor willekeurige invoergegevens kunnen worden ingesteld en resultaten kunnen worden opgehaald door ze een naam te geven. Echter,
soms is het handiger om een ​​specifieke module te gebruiken, die één analysetool vertegenwoordigt,
die al op de hoogte is van beschikbare invoer- en resultaatnamen.

De generator "paplmaker.PLS" maakt dergelijke speciale modules.

"paplmaker.PLS" gebruikt dezelfde toegangsmethode als de algemene module - wat betekent dat:
afhankelijk van de parameter "toegang" kan het SOAP, CORBA of een ander (ondersteund) gebruiken
protocol, of het heeft toegang tot lokale analyse (beschikbaar op dezelfde machine waar)
"paplmaker.PLS" wordt aangeroepen).

"papplmaker.PLS" doet zijn werk voor één benoemde analyse (gespecificeerd door de "-n" optie,
of het gebruikt de module "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" om te achterhalen wat analyses zijn
beschikbaar, en kunnen hun aantal beperken door te matchen met een reguliere expressie gegeven door
de "-r" optie.

De gegenereerde module of modules hebben standaard dezelfde naam als de namen van de
overeenkomstige analyses, maar dit kan worden gewijzigd door de "-m" optie die eigenlijk een . is
sjabloon waarin de volgende tekenreeksen worden herkend en vervangen:

$ANALYSIS of ${ANALYSIS}
Wordt vervangen door de naam van de analyse.

$CATEGORY of ${CATEGORY}
Wordt vervangen door de naam van de categorie waartoe de analyse behoort.

$SERVICE of ${SERVICE}
Wordt vervangen door de volledige naam van de service (wat meestal een aaneenschakeling is)
van een categorie en een analysenaam, en het wordt ook gebruikt als een standaard modulenaam, btw).

Wat is een verschil tussen de "service" en "analyse", en wat betekent "categorie"?
Soms kunnen deze termen verwarrend zijn omdat ze iets andere dingen kunnen betekenen
afhankelijk van de toegangsmethode die wordt gebruikt om met hen te communiceren. Over het algemeen is een "analyse"
een programma (een applicatie, een tool) die ergens draait, maar soms op een lokale machine. Een
voorbeeld van een analyse is "seqret" (uit het EMBOSS-pakket). De analyses kunnen worden gegroepeerd
in categorieën in te delen op basis van hun functies of op type gegevens waarmee ze te maken hebben (maar soms zijn er
zijn helemaal geen categorieën). Elke analyse is toegankelijk met een hoger niveau van:
abstractie, een "dienst". Een service is meestal een protocolafhankelijke wrapper, zoals een web
Service of een CORBA-service. Er is bijvoorbeeld een "edit::seqret"-service die
staat voor analyse "seqret" in de categorie "bewerken".

FEEDBACK

Mailing lijsten
Gebruikersfeedback is een integraal onderdeel van de evolutie van deze en andere Bioperl-modules. Versturen
uw opmerkingen en suggesties bij voorkeur naar de Bioperl mailinglijst. Uw deelname
wordt zeer op prijs gesteld.

[e-mail beveiligd] - Algemene discussie
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Over de mailinglijsten

Rapportage bugs
Rapporteer bugs aan het Bioperl-bugvolgsysteem om ons te helpen de bugs en hun
oplossing. Bugrapporten kunnen via het web worden ingediend:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Gebruik bp_paplmaker.plp online met onworks.net-services