Dit is de opdracht bp_search2alnblocksp die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
bp_search2alnblocks - Zet SearchIO-parseeerbare rapporten(en) om in een set uitgelijnde blokken
KORTE INHOUD
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --mijnwaarde EVALUE bestand1.
blast-bestand2.blast ...> out.fas
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit script zal de uitvoer van BLAST (of andere formaten die Bio::SearchIO kan ontleden) ontleden en filteren
en formatteer de uitlijning als blokken met uitlijningen op basis van de HSP's. Let op dit kan alleen
werken als het geparseerde invoerbestand het benodigde bevat.
Meestal kan dit worden gebruikt om BLAST-uitvoer om te zetten in een FASTA-uitlijningsformaat voor invoer
in de QRNA-vergelijkende genzoeker voor RNA-genen (E.Rivas).
OPTIES
--maxevalue Maximale E-waarde voor een HSP
--minevalue Minimale E-waarde voor een HSP
--minlen Minimale lengte van een HSP [standaard 0]
--maxid Maximaal percentage-ID [standaard 100]
(om te helpen bij het verwijderen van reeksen die heel dichtbij zijn)
--minid Minimumpercentage identiteit voor een HSP [standaard 0]
-i/--input Een optionele invoerbestandsnaam (verwacht standaard invoer op STDIN)
-o/--output Een optionele uitvoerbestandsnaam (wordt standaard geëxporteerd naar STDOUT)
-f/--format Specificeer een ander Search Alignment-formaat-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} zijn allemaal toegestaan
hoewel het formaat daadwerkelijk moet zijn uitgelijnd
volgorde om dit script te laten werken
Zie L voor meer informatie.
-of/--outformat Uitvoerformaat voor de uitlijningsblokken, wat dan ook
L ondersteunt.
-v/--verbose Foutopsporing inschakelen
AUTEUR - Jason Stajicho
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
Gebruik bp_search2alnblocksp online met onworks.net-services
