bp_seqfeature_loadp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

bp_seqfeature_load.pl - Laad GFF in een SeqFeature-database

PRODUCTBESCHRIJVING

Geef een willekeurig aantal GFF- of fasta-indelingsbestanden (of GFF met ingesloten fasta) door om het
functies en sequenties in een SeqFeature-database. De te gebruiken database (en adapter) is
opgegeven op de opdrachtregel. Gebruik de vlag --create om een ​​nieuwe SeqFeature-database te maken.

KORTE INHOUD

bp_seqfeature_load.pl [opties] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Probeer 'bp_seqfeature_load.pl --help' of '--man' voor meer informatie.

OPTIES

-d, --dsn
DBI-gegevensbron (standaard dbi:mysql:test)

-n, --naamruimte
Het te gebruiken tabelvoorvoegsel (standaard undef) Maakt verschillende onafhankelijke reeksfuncties mogelijk
databanken worden opgeslagen in een enkele databank

-s, --seqfunctie
Het type SeqFeature dat moet worden gemaakt... RTSC (standaard Bio::DB::SeqFeature)

-a, --adapter
De te gebruiken opslagadapter (klasse) (standaard DBI::mysql)

-v, --uitgebreid
Uitgebreide voortgangsrapportage inschakelen (standaard waar) Gebruik --noverbose om dit uit te schakelen.

-f, --snel
Activeer snelladen. (standaard 0) Alleen beschikbaar voor sommige adapters.

-T, --tijdelijke-map
Geef een tijdelijke map op voor snel laden (standaard File::Spec->tmpdir())

-i, --negeer-seqregion
Indien waar, negeer dan ##sequence-region-richtlijnen in het GFF3-bestand (standaard, maak een
functie voor elke regio)

-c, --creëren
Maak de database aan en initialiseer deze opnieuw (standaard false). Let op: hierdoor wordt het vorige gewist
database-inhoud, indien aanwezig.

-u, --gebruiker
Gebruiker om verbinding te maken met de database als

-p, --wachtwoord
Wachtwoord om te gebruiken om verbinding te maken met de database

-z, --zip
Comprimeer databasetabellen om ruimte te besparen (standaard false)

-S, --subkenmerken
Schakel indexering van subkenmerken in (standaard waar) Gebruik --nosubfeatures om dit uit te schakelen.

--samenvatting
Samenvattende statistieken genereren voor dekkingsgrafieken (standaard onwaar) Dit kan worden uitgevoerd op een
eerder geladen database of tijdens het laden. Het wordt standaard true als --create is
gebruikt.

-N, --geensamenvatting
Genereer geen samenvattende statistieken om ruimte en laadtijd te besparen (standaard if
--create is niet gespecificeerd, gebruik deze optie om samenvattende statistieken expliciet uit te schakelen
wanneer --create is gespecificeerd)

--noalias-doel
Maak geen Alias-attribuut waarvan de waarde de target_id is in een Target-attribuut (if
de feature een Target attribuut bevat, de standaardinstelling is het aanmaken van een Alias ​​attribuut
waarvan de waarde target_id is in het Target-attribuut)

Alsjeblieft zie http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml voor informatie over de GFF3
formaat. BioPerl breidt het formaat enigszins uit door een ##index-subfeatures richtlijn toe te voegen. Set
dit naar een echte waarde als u wilt dat de database een feature kan ophalen
afzonderlijke delen (zoals de exons van een transcript) onafhankelijk van het hoogste niveau
functie:

##index-subfuncties 1

Het is ook mogelijk om de indexering van subfuncties van geval tot geval te regelen door
"index=1" of "index=0" toevoegen aan de attributenlijst van het object. Deze mag alleen gebruikt worden
voor subfuncties.

Indexering van subfuncties is standaard waar. Stel in op false (0) om veel databaseruimte te besparen
en snelheidsprestaties. U kunt --nosubfeatures gebruiken om dit te forceren.

Gebruik bp_seqfeature_loadp online met behulp van onworks.net-services