convertToAtac - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

sim4dbutils - hulpprogramma's om te werken met door sim4db gegenereerde uitlijningsbestanden

convertPolishes - converteer tussen sim4db- en GFF3-formaten
filterPolishes - filter uitlijningen op basis van sequentie-identiteit, dekking en lengte.
mergePolishes - voeg uitlijningen uit meerdere bestanden samen
sortPolishes - sorteer uitlijningen op cDNA of genomische sequentie-index of sequentienaam
convertToExtent - Converteer van sim4db-indeling naar een door tabs gescheiden indeling met één regel
fixPolishesIID - Werkt een sim4db-bestand bij om de sequentie-index van een specifiek fasta-bestand te gebruiken.
Kan ook worden gebruikt om een ​​subset van de uitlijningen uit het sim4db-bestand te extraheren.
depthOfPolishes - Voert een door tabs gescheiden histogram uit van de polijstdiepte bij verschillende
raam maten.
headPolishes - print de eerste N-uitlijningen in een bestand, vergelijkbaar met hoofd(1)
pickBestPolish - rapporteer alleen de 'beste' uitlijning voor elk cDNA
pickUniquePolish - rapporteert uitlijningen waar er een duidelijke beste uitlijning is voor
elk cDNA.
plotCoverageVsIdentity - Genereert (1) een histogram van het percentage identiteit, (2) a
histogram van het dekkingspercentage, en (3) een lijst met identiteitspercentages en dekkingspercentages (voor
gebruik in een spreidingsplot).
uniqPolishes - Filtert alle uitlijningen voor cDNA met meerdere uitlijningen (-uniq) of
met een enkele uitlijning (-dupl). Gelijkwaardig aan uniek(1)
realignPolishes - herbereken de uitlijningen die in een sim4db-bestand worden vermeld.
reportAlignmentDifferences - genereert een histogram van de soorten fouten in een set van
uitlijningen niet gesteund en Verouderd
vergelijkPolishes - Correleer uitlijningen in twee bestanden.
convertToAtac - Converteert van sim4db-formaat naar ATAC-formaat.
detectChimera - Onderzoekt uitlijningen voor sequenties die chimeer kunnen zijn.
mappedCoverage - Rapporteert de hoeveelheid van de querysequentie (EST, cDNA) die wordt gedekt door
uitlijningen.
parseSNP - Analyseert uitlijningen voor SNP's.
removeDuplicate - zoekt in de invoer naar dubbele uitlijningen.
vennPolishes - Genereert een Venn-diagram voor meerdere sim4db-bestanden. Gebruikt inwendig by
ESTMapper schoonpoetsmiddel
samenvattenPools

PRODUCTBESCHRIJVING

Deze programma's zijn een reeks hulpprogramma's om mee te werken sim4db(1) gegenereerde uitlijningsbestanden.

Gebruik convertToAtac online met behulp van onworks.net-services