deen - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

dan - Berekent de smelttemperatuur van nucleïnezuur

KORTE INHOUD

Dan -volgorde vervolg -venstergrootte geheel getal -verschuivingsverhoging geheel getal -dnaconc drijven
-zoutconc drijven [-Product toggle] -formamide drijven -mismatch drijven - prodlen geheel getal
[-thermoskan toggle] -temperatuur drijven -na boolean -verhaal toggle -mintemp drijven
-grafiek xygraaf -uitbestand verslag

Dan -Help

PRODUCTBESCHRIJVING

Dan is een opdrachtregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open Software
Suite"). Het maakt deel uit van de opdrachtgroep(en) "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition".

OPTIES

Invoer sectie
-volgorde vervolg

Nodig sectie
-venstergrootte geheel getal
De waarden van het smeltpunt en andere thermodynamische eigenschappen van de reeks zijn
bepaald door een korte reeks te nemen die bekend staat als een venster en het bepalen van de
eigenschappen van de reeks in dat venster. Het venster wordt stapsgewijs verplaatst langs de
volgorde waarbij de eigenschappen op elke nieuwe positie worden berekend. Standaardwaarde: 20

-verschuivingsverhoging geheel getal
Dit is de hoeveelheid waarmee het venster bij elke stap wordt verplaatst om de
smeltpunt en andere eigenschappen langs de reeks. Standaardwaarde: 1

-dnaconc drijven
Standaardwaarde: 50.

-zoutconc drijven
Standaardwaarde: 50.

Extra sectie
Product opties
-Product toggle
Dit vraagt ​​om het percentage formamide, het percentage toegestane mismatches en de productlengte.

-formamide drijven
Dit specificeert het percentage formamide dat in berekeningen moet worden gebruikt (het wordt genegeerd tenzij
-product wordt gebruikt). Standaardwaarde: 0.

-mismatch drijven
Dit specificeert het percentage mismatch dat moet worden gebruikt in berekeningen (het wordt genegeerd tenzij
-product wordt gebruikt). Standaardwaarde: 0.

- prodlen geheel getal
Dit specificeert de productlengte die in berekeningen moet worden gebruikt (deze wordt genegeerd tenzij
-product wordt gebruikt). Standaardwaarde: $(venstergrootte)

Thermodynamisch opties
-thermoskan toggle
Voer de DeltaG-, DeltaH- en DeltaS-waarden van de reeksvensters uit naar de uitvoergegevens
bestand.

-temperatuur drijven
Als -thermo is opgegeven, specificeert dit de temperatuur waarbij
bereken de DeltaG-, DeltaH- en DeltaS-waarden. Standaardwaarde: 25.

Geavanceerd sectie
-na boolean
Dit specificeert dat de sequentie een RNA-sequentie is en geen DNA-sequentie.

uitgang sectie
-verhaal toggle
Als dit niet is opgegeven, wordt het bestand met uitvoergegevens geproduceerd, anders wordt een plot van de
smeltpunt langs de reeks wordt geproduceerd.

-mintemp drijven
Voer een minimumwaarde in voor de temperatuurschaal (y-as) van de grafiek. Standaardwaarde:
55.

-grafiek xygraaf

-uitbestand verslag
Als er geen grafiek wordt gemaakt, worden gegevens over het smeltpunt enz. In elk venster weergegeven
langs de reeks wordt uitgevoerd naar het bestand.

Gebruik dane online met behulp van onworks.net-services