exact-tandems - Online in de Cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mummer - pakket voor sequentie-uitlijning van meerdere genomen

KORTE INHOUD

mum-annoteren
combineerMUM's
dnadiff [Opties]of [opties]-d<deltabestand>
exacte tandems
hiaten
Kaartweergave [Opties]<coördinatenbestand>[UTRcoördinaten][CDScoördinaten]
mgaps [-NS][-F][-l][-S]
mama [opties]
moederplot [Opties]<overeenkomstbestand>
nummer [Opties]
nummer2xfig
prom [Opties]
herhalingswedstrijd [Opties]
run-mummer1 <snelreferentie><snelvraag>[-R]
run-mummer3 <snelreferentie><multi-fastavraag>
showlijnen [Opties]<refID><qryID>

Invoer is de .delta-uitvoer van het "nucmer"- of het "promer"-programma dat is doorgegeven aan de
opdrachtregel.

De uitvoer is naar stdout en bestaat uit alle uitlijningen tussen de query en de referentie
sequenties geïdentificeerd op de opdrachtregel.

OPMERKING: Er wordt niet standaard gesorteerd, daarom worden de uitlijningen geordend zoals gevonden in
de invoer.
show-coördinaten [Opties]
show-snps [Opties]
show-tegels [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

OPTIES

Alle tools (behalve hiaten) gehoorzamen aan de -h, --help, -V en --version opties zoals men zou doen
verwachten. Deze hulp is uitstekend en maakt deze man-pagina's in principe achterhaald.
combineerMUM's Combineert moeders in door wedstrijden buiten de uiteinden en tussen MUM's uit te breiden.
is een fasta-bestand van de referentiereeks. is een multi-
fasta-bestand van de sequenties die overeenkomen met de referentie

-D Alleen uitvoer om de verschilposities te bepalen
en karakters
-n Sta alleen overeenkomsten toe tussen nucleotiden, dwz ACGT's
-N num Break komt overeen met of meer opeenvolgende niet-ACGT's
-q tag Gebruikt om zoekopdrachtovereenkomst te labelen
-r tag Gebruikt om referentieovereenkomst te labelen
-S Alle verschillen in strings uitvoeren
-t Label query-overeenkomsten met query fasta-header
-v num Stel uitgebreid niveau in voor extra uitvoer
-W-bestand Reset de standaard uitvoerbestandsnaam witherrors.gaps
-x Voer geen .cover-bestanden uit
-e Stel de grenswaarde voor foutenpercentage in op e (bijv. 0.02 is twee procent)
dnadiff Voer een vergelijkende analyse uit van twee sequentiesets met behulp van nucmer en de bijbehorende
hulpprogramma's met aanbevolen parameters. Zie MUMmer-documentatie voor een meer gedetailleerde
beschrijving van de uitvoer. Produceert de volgende uitvoerbestanden:

.report - Samenvatting van afstemmingen, verschillen en SNP's
.delta - Standaard uitvoer van nucmer-uitlijning
.1delta - 1-op-1 uitlijning van delta-filter -1
.mdelta - M-naar-M uitlijning van delta-filter -m
.1coords - 1-op-1 coördinaten van show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - M-naar-M coördinaten van show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP's van show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Geclassificeerde ref-breekpunten van show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Geclassificeerde qry-breekpunten van show-diff -qH .mdelta
.unref - Niet-uitgelijnde referentie-ID's en lengtes (indien van toepassing)
.unqry - Niet-uitgelijnde query-ID's en lengtes (indien van toepassing)

VERPLICHT:
reference Stel de invoerreferentie multi-FASTA bestandsnaam in
query Stel de invoerquery in multi-FASTA bestandsnaam
or
delta-bestand Ongefilterd .delta-uitlijningsbestand van nucmer

OPTIES:
-d|delta Vooraf berekend deltabestand voor analyse leveren
-h
--help Help-informatie weergeven en afsluiten
-p|prefix Stel het voorvoegsel van de uitvoerbestanden in (standaard "out")
-V
--version Geef de versie-informatie weer en sluit af

Kaartweergave
-h
--help Help-informatie weergeven en afsluiten
-m|mag Stel de vergroting in waarmee de figuur wordt weergegeven,
dit is een optie voor fig2dev die wordt gebruikt om te genereren
de PDF- en PS-bestanden (standaard 1.0)
-n|num Stel het aantal uitvoerbestanden in dat wordt gebruikt om de . te partitioneren
uitvoer, dit is om te voorkomen dat er bestanden worden gegenereerd die te
groot om weer te geven (standaard 10)
-p|prefix Stel het prefix van het uitvoerbestand in
(standaard "PROMER_graph of NUCMER_graph")
-v
--uitgebreide uitgebreide logging van de verwerkte bestanden
-V
--version Geef de versie-informatie weer en sluit af
-x1 coördinaat Stel de onderste coördinaatgrens van het display in
-x2 coördinaat Stel de bovenste coördinaatgrens van het display in
-g|ref Als het invoerbestand wordt geleverd door 'mgaps', stelt u de
referentiereeks-ID (zoals weergegeven in de eerste kolom)
van het UTR/CDS-coördinatenbestand)
-I Geef de naam van queryreeksen weer
-Ir Geef de naam van referentiegenen weer
mama Zoek en voer (naar stdout) de posities en lengte uit van alle voldoende lang
maximale overeenkomsten van een subtekenreeks in en

-moeder berekent maximale overeenkomsten die uniek zijn in beide reeksen
-mumcan hetzelfde als -mumreference
-mumreference bereken maximale overeenkomsten die uniek zijn in
de referentie-reeks maar niet noodzakelijk in de query-reeks
(Standaard)
-maxmatch bereken alle maximale overeenkomsten, ongeacht hun uniciteit
-n komen alleen overeen met de tekens a, c, g of t
ze kunnen in hoofdletters of in kleine letters zijn
-Ik stel de minimale lengte van een wedstrijd in
indien niet ingesteld, is de standaardwaarde 20
-b voorwaartse en achterwaartse complementovereenkomsten berekenen
-r bereken alleen omgekeerde complement-overeenkomsten
-s toon de overeenkomende substrings
-c rapporteer de vraagpositie van een omgekeerde complement-overeenkomst
ten opzichte van de oorspronkelijke queryreeks
-F forceer 4-koloms uitvoerformaat, ongeacht het aantal
referentie sequentie ingangen
-L toon de lengte van de queryreeksen op de kopregel
nuncmer
nucmer genereert nucleotide-uitlijningen tussen twee mutli-FASTA-invoer
bestanden. Er worden twee uitvoerbestanden gegenereerd. Het .cluster-uitvoerbestand bevat:
clusters van overeenkomsten tussen elke reeks. Het .delta-bestand bevat de
afstand tussen invoegingen en verwijderingen die maximale score opleveren
uitlijning tussen elke reeks.

VERPLICHT:
Referentie Stel de invoerreferentie multi-FASTA bestandsnaam in
Query Stel de invoerquery multi-FASTA bestandsnaam in

--mum Gebruik ankerovereenkomsten die uniek zijn in zowel de referentie
en vraag
--mumcand Hetzelfde als --mumreference
--mumreference Gebruik ankerovereenkomsten die uniek zijn in de referentie
maar niet noodzakelijk uniek in de zoekopdracht (standaardgedrag)
--maxmatch Gebruik alle ankerovereenkomsten, ongeacht hun uniciteit

-b|breaklen Stel de afstand in die een uitlijnextensie zal proberen
breid slecht scorende regio's uit voordat je opgeeft (standaard 200)
-c|mincluster Stelt de minimumlengte in van een cluster van overeenkomsten (standaard 65)
--[no]delta Schakel het maken van het delta-bestand in (standaard --delta)
--depend Druk de afhankelijkheidsinformatie af en sluit af
-d|diagfactor Stel de scheidingsfactor voor het diagonale verschil in clustering in
(standaard 0.12)
--[no]extend Schakel de stap van de clusterextensie in (standaard --extend)
-f
--forward Gebruik alleen de voorwaartse streng van de Query-reeksen
-g|maxgap Stel de maximale tussenruimte in tussen twee aangrenzende overeenkomsten in a
cluster (standaard 90)
-h
--help Help-informatie weergeven en afsluiten
-l|minmatch Stel de minimale lengte van een enkele match in (standaard 20)
-o
--coords Genereer automatisch de originele NUCmer1.1-coördinaten
uitvoerbestand met behulp van het programma 'show-coords'
--[no]optimize Toggle optimalisatie van de uitlijningscore, dat wil zeggen als een uitlijning
extensie het einde van een reeks bereikt, zal het teruggaan
om de uitlijningsscore te optimaliseren in plaats van het beëindigen van de
uitlijning aan het einde van de reeks (standaard --optimize)
-p|prefix Stel het voorvoegsel van de uitvoerbestanden in (standaard "out")
-r
--reverse Gebruik alleen het omgekeerde complement van de Query-reeksen
--[no]simplify Vereenvoudig uitlijningen door schaduwclusters te verwijderen. Draai
deze optie uit als een reeks op zichzelf wordt uitgelijnd om te kijken
voor herhalingen (standaard --simplify)

prom
promer genereert aminozuuruitlijningen tussen twee mutli-FASTA DNA-invoer
bestanden. Er worden twee uitvoerbestanden gegenereerd. Het .cluster-uitvoerbestand bevat:
clusters van overeenkomsten tussen elke reeks. Het .delta-bestand bevat de
afstand tussen invoegingen en verwijderingen die maximale score opleveren
uitlijning tussen elke reeks. De DNA-invoer wordt vertaald in alle 6
frames lezen om de uitvoer te genereren, maar de uitvoercoördinaten
verwijzen naar de originele DNA-invoer.

VERPLICHT:
Referentie Stel het invoerreferentie multi-FASTA DNA-bestand in
Query Stel het invoerquery multi-FASTA DNA-bestand in

--mum Gebruik ankerovereenkomsten die uniek zijn in zowel de referentie
en vraag
--mumcand Hetzelfde als --mumreference
--mumreference Gebruik ankerovereenkomsten die uniek zijn in de referentie
maar niet noodzakelijk uniek in de zoekopdracht (standaardgedrag)
--maxmatch Gebruik alle ankerovereenkomsten, ongeacht hun uniciteit

-b|breaklen Stel de afstand in die een uitlijnextensie zal proberen
breid slecht scorende regio's uit voordat je opgeeft, gemeten in
aminozuren (standaard 60)
-c|mincluster Stelt de minimumlengte in van een cluster van overeenkomsten, gemeten in
aminozuren (standaard 20)
--[no]delta Schakel het maken van het delta-bestand in (standaard --delta)
--depend Druk de afhankelijkheidsinformatie af en sluit af
-d|diagfactor Stel de scheidingsfactor voor het diagonale verschil in clustering in
(standaard .11)
--[no]extend Schakel de stap van de clusterextensie in (standaard --extend)
-g|maxgap Stel de maximale tussenruimte in tussen twee aangrenzende overeenkomsten in a
cluster, gemeten in aminozuren (standaard 30)
-l|minmatch Stel de minimale lengte in van een enkele match, gemeten in amino
zuren (standaard 6)
-m|masklen Stel de maximale maskeringslengte voor boekensteunen in, gemeten in amino
zuren (standaard 8)
-o
--coords Genereer automatisch de originele PROmer1.1 ".coords"
uitvoerbestand met behulp van het programma "show-coords"
--[no]optimize Toggle optimalisatie van de uitlijningscore, dat wil zeggen als een uitlijning
extensie het einde van een reeks bereikt, zal het teruggaan
om de uitlijningsscore te optimaliseren in plaats van het beëindigen van de
uitlijning aan het einde van de reeks (standaard --optimize)

-p|prefix Stel het voorvoegsel van de uitvoerbestanden in (standaard "out")
-x|matrix Stel het uitlijningsmatrixnummer in op 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] of 3 [BLOSUM 80] (standaard 2)
herhalingswedstrijd Vind alle maximale exacte overeenkomsten in
-E Gebruik uitgebreid (langzaam) zoeken om overeenkomsten te vinden
-f Alleen voorwaartse streng, gebruik geen omgekeerd complement
-n # Stel de minimale exacte matchlengte in op #
-t Voer alleen tandemherhalingen uit
-V # Stel het niveau van uitgebreid (foutopsporing) afdrukken in op #
showlijnen
-h Help-informatie weergeven
-q Sorteer uitlijningen op de startcoördinaat van de query
-r Sorteer uitlijningen op de referentie-startcoördinaat
-w int Stel de schermbreedte in - standaard is 60
-x int Stel het matrixtype in - standaard is 2 (BLOSUM 62),
andere opties zijn 1 (BLOSUM 45) en 3 (BLOSUM 80)
opmerking: heeft alleen effect op aminozuuruitlijningen
show-coördinaten
-b Voegt overlappende uitlijningen samen, ongeacht de zoekmap
of frame en geeft geen identiteitsinformatie weer.
-B Schakel uitgang naar btab-formaat
-c Neem procentuele dekkingsinformatie op in de uitvoer
-d Geef de uitlijnrichting weer in de extra
FRM-kolommen (standaard voor promer)
-g Verouderde optie. Gebruik in plaats daarvan 'delta-filter'
-h Help-informatie weergeven
-H Druk de uitvoerkop niet af
-I float Stel minimaal identiteitspercentage in om weer te geven
-k Knockout (niet weergeven) uitlijningen die elkaar overlappen
een andere uitlijning in een ander frame met meer dan 50%
van hun lengte, EN hebben een kleinere procentuele overeenkomst
of zijn minder dan 75% van de grootte van de andere uitlijning
(alleen promo)
-l Neem de sequentielengte-informatie op in de uitvoer
-L lang Stel de minimale uitlijningslengte in om weer te geven
-o Annoteer maximale uitlijningen tussen twee sequenties, bijv
overlappingen tussen referentie- en queryreeksen
-q Uitvoerregels sorteren op query-ID's en coördinaten
-r Sorteer uitvoerregels op referentie-ID's en coördinaten
-T Schakel uitgang naar door tabs gescheiden formaat

Invoer is de .delta-uitvoer van het "nucmer"- of het "promer"-programma dat is doorgegeven aan de
opdrachtregel.

De uitvoer is naar stdout en bestaat uit een lijst met coördinaten, percentage identiteit en andere
nuttige informatie over de uitlijningsgegevens in het .delta-bestand dat wordt gebruikt als
invoer.

OPMERKING: Er wordt niet standaard gesorteerd, daarom worden de uitlijningen gerangschikt zoals gevonden
in de invoer.
show-snps
-C Rapporteer geen SNP's van uitlijningen met een dubbelzinnig
mapping, dwz alleen SNP's rapporteren waar de [R] en [Q]
kolommen zijn gelijk aan 0 en voeren deze kolommen niet uit
-h Help-informatie weergeven
-H Druk de uitvoerkop niet af
-Ik rapporteer geen indels
-l Informatie over sequentielengte opnemen in de uitvoer
-q Uitvoerregels sorteren op query-ID's en SNP-posities
-r Sorteer uitvoerlijnen op referentie-ID's en SNP-posities
-S Specificeer welke uitlijningen moeten worden gerapporteerd door door te geven
'show-coords' lijnen naar stdin
-T Overschakelen naar door tabs gescheiden indeling
-x int Neem x-tekens van de omringende SNP-context op in de
uitgang, standaard 0

Invoer is de .delta-uitvoer van het nucmer- of promer-programma dat de opdracht heeft doorgegeven
lijn.

De uitvoer is naar stdout en bestaat uit een lijst met SNP's (of aminozuursubstituties voor
promer) met posities en andere nuttige info. Uitvoer wordt standaard gesorteerd met -r
en de [BUFF]-kolom zal altijd verwijzen naar de reeks waarvan de posities zijn gesorteerd.
Deze waarde specificeert de afstand van deze SNP tot de dichtstbijzijnde mismatch (einde van uitlijning,
indel, SNP, enz.) in dezelfde uitlijning, terwijl de [DIST]-kolom de afstand specificeert
van deze SNP naar het dichtstbijzijnde sequentie-einde. SNP's waarvoor de kolommen [R] en [Q] zijn
groter dan 0 moet met de nodige voorzichtigheid worden geëvalueerd, aangezien deze kolommen het aantal . specificeren
andere uitlijningen die deze positie overlappen. Gebruik -C om ervoor te zorgen dat SNP's alleen worden gerapporteerd van
unieke uitlijningsgebieden.

show-tegels
-a Beschrijf het tegelpad door de tab-gescheiden af ​​te drukken
uitlijning regio coördinaten naar stdout
-c Neem aan dat de referentiereeksen cirkelvormig zijn, en laat
betegelde contigs om de oorsprong te overspannen
-g int Maximale opening tussen geclusterde uitlijningen instellen [-1, INT_MAX]
Een waarde van -1 staat voor oneindig
(Nucmer standaard = 1000)
(promer standaard = -1)
-i float Stel minimaal identiteitspercentage in op tegel [0.0, 100.0]
(Nucmer standaard = 90.0)
(promer standaard = 55.0)
-l int Stel minimale lengte contig in om te rapporteren [-1, INT_MAX]
Een waarde van -1 staat voor oneindig
(gewone standaard = 1)
-p bestand Voer een pseudo-molecuul van de query contigs uit naar 'bestand'
-R Omgaan met repetitieve contigs door ze willekeurig te plaatsen
op een van hun kopieerlocaties (impliceert -V 0)
-t bestand Voer een contig-lijst in TIGR-stijl uit van elke queryreeks
die voldoende aansluit bij de referentie (niet circulair)
-u bestand Voer de door tabs gescheiden coördinaten van het uitlijningsgebied uit
van de onbruikbare contigs naar 'file'
-v float Stel minimale contig-dekking in op tegel [0.0, 100.0]
(nucmer standaard = 95.0) som van individuele uitlijningen
(promer standaard = 50.0) omvang van syntenische regio
-V float Minimum contig dekkingsverschil instellen [0.0, 100.0]
dwz het verschil dat nodig is om één uitlijning te bepalen
is 'beter' dan een andere uitlijning
(nucmer standaard = 10.0) som van individuele uitlijningen
(promer standaard = 30.0) omvang van syntenische regio
-x Beschrijf het tegelpad door de XML-contig . af te drukken
informatie koppelen aan stdout

Invoer is de .delta-uitvoer van het nucmer-programma, uitgevoerd op zeer vergelijkbare sequentiegegevens, of
de .delta-uitvoer van het promer-programma, uitgevoerd op uiteenlopende sequentiegegevens.

De uitvoer is naar stdout en bestaat uit de voorspelde locatie van elke uitlijnquery
contig zoals toegewezen aan de referentiesequenties. Deze coördinaten verwijzen naar de omvang van
de gehele query contig, zelfs wanneer slechts een bepaald percentage van de contig daadwerkelijk was
uitgelijnd (tenzij de -a optie wordt gebruikt). Kolommen zijn, beginnen in ref, eindigen in ref, afstand tot
volgende contig, lengte van deze contig, uitlijningsdekking, identiteit, oriëntatie en ID
respectievelijk.

Gebruik exact-tandems online met behulp van de services van onworks.net