gdcmimg - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gdcmimg - Manipuleer DICOM-afbeeldingsbestand.

gdcmimg is een hulpmiddel op laag niveau om de-/inkapseling van/naar DICOM-afbeeldingen mogelijk te maken. Deze tool doet:
niet begrijpen Transfer Syntax conversie. Het zal de onbewerkte gegevens inkapselen zoals ze zijn. Dit
heeft in sommige gevallen enige impact, zie speciale waarschuwingen hieronder.

Het is belangrijk op te merken dat gdcmimg bijvoorbeeld alleen het juiste invoerbestand kan inkapselen
JPG en/of JP2 worden geaccepteerd omdat er een bijbehorende DICOM-overdrachtsyntaxis kan worden gevonden.
Invoer zoals TIFF en/of PNG zijn dat echter niet, aangezien DICOM deze niet ondersteunt. Zien
in plaats daarvan een tool zoals gdcm2vtk.

KORTE INHOUD

gdcmimg [opties] file-in file-out

PRODUCTBESCHRIJVING

De gdcmimg command line tool kan op twee manieren worden gebruikt:

· 1. Een erkend bestandsformaat converteren naar zijn ingekapselde DICOM-tegenhanger,

· 2. Anonimiseren van een rechthoekig gedeelte van een DICOM-bestand.

PARAMETERS

bestands-in invoer bestandsnaam (niet-DICOM)

file-out DICOM output bestandsnaam

OPTIES

-i --input Invoer bestandsnaam
-o --output Uitvoerbestandsnaam

SPECIFIEK OPTIES

--endian %s Endianheid (LSB/MSB).
-d --diepte %d Diepte (Ofwel 8/16/32 of BitsToegewezen bijv. 12 indien bekend).
--sign %s Pixelteken (0/1).
--spp %d monster per pixel (1/3).
-s --maat %d,%d Maat.
-C --sop-class-uid SOP Class UID (naam of waarde).
-T --study-uid Studie UID.
-S --series-uid Serie UID.
--root-uid Hoofd-UID.

VULLEN OPTIES

-R --regio %d,%d Regio.
-F --fill %d Vul met opgegeven pixelwaarde.

ALGEMEEN OPTIES

-h-help
print deze helptekst en sluit af

-v --versie
versie-informatie afdrukken en afsluiten

-V --uitgebreid
uitgebreide modus (waarschuwing+fout).

-W --waarschuwing
waarschuwingsmodus, waarschuwingsinformatie afdrukken

-E --fout
foutmodus, afdrukfoutinformatie

-D --debuggen
foutopsporingsmodus, foutopsporingsinformatie afdrukken

MILIEU VARIABELE

GDCM_ROOT_UID Hoofd-UID

ONDERSTEUNDE FILE FORMAT (GEPAST FILE UITBREIDING)

gdcmimg zal zijn conversieproces baseren op de bestandsextensie. Volgt de lijst van
herkende bestandsextensie. Als er geen extensie wordt gevonden, wordt uitgegaan van een DICOM-bestand.

invoer formaat

* RAW (rauw, rawl, grijs, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
*DICOM()

uitvoerformaat:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
*DICOM()

Voor het RAW-bestandsformaat moet u speciaal letten op de optie –endian. Voor de (oude)
JPEG-bestandsindeling, zowel het lossy- als lossless-formaat wordt ondersteund, de gebruiker moet betalen
aandacht voor de -sign optie. Voor bestandsindelingen zoals RLE of RAW wordt van de gebruiker verwacht:
vul de informatie in die nodig is om de dimensie en het type invoergegevens te vinden, want er is geen
andere manier om deze informatie te vinden. Voor alle andere bestandsindelingen worden de eigenschappen afgeleid
van het bestandsformaat zelf.

PNM-bestand wordt verondersteld big endian te zijn (belangrijk voor diepte> 8)

TYPISCH GEBRUIK

verwijderen a rechthoekig deel of the beeld
Om het gebied [0,100]x[0,100] van een DICOM-afbeelding te vullen, doet u het volgende:

$ gdcmimg --fill 0 --regio 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

Waarschuwing: als de pixelgegevens zijn gecomprimeerd, wordt de afbeelding eerst gedecomprimeerd zodat pixel
kan worden ingesteld op 0, maar wordt niet opnieuw gecomprimeerd.

Converteren RAW naar DICOM
Erkende extensie is .raw, .rawl, .gray of .rgb (hoofdlettergevoelig)

$ gdcmimg --grootte 512,512 --diepte 16 -i input.raw -o output.dcm

de afbeelding wordt een secundaire opname.

Wanneer de invoer uit 3 componenten bestaat, moet men expliciet de Samples Per Pixel specificeren:

$ gdcmimg --grootte 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm

Als de bestandsnaam .rgb als bestandsextensie bevat, wordt de uitvoer automatisch herkend als
RGB hoeft niet te specificeren –spp

$ gdcmimg --grootte 512,512 input.rgb output_rgb.dcm

U kunt gebruik maken van de dd cmd-regel om een ​​koptekst over te slaan die u wilt verwijderen, bijvoorbeeld als
u de eerste 108 bytes wilt overslaan, doet u gewoon:

$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw

De extensie .raw en .rawl zijn equivalent. U moet de endianness expliciet specificeren
handmatig:

$ gdcmimg --endian MSB --grootte 512,512 --diepte 16 -i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --grootte 512,512 --diepte 16 -i input.raw -o output.dcm

Converteren PGM/PNM/PPM naar DICOM
Herkende extensies zijn .pgm, .pnm, .ppm (hoofdletterongevoelig)

$ gdcmimg -i invoer.pgm -o uitvoer.dcm

de afbeelding wordt een secundaire opname

Converteren RLE naar DICOM
Erkende extensie is .rle (hoofdlettergevoelig)

$ gdcmimg --grootte 512,512 --diepte 16 -i input.rle -o output.dcm

de afbeelding wordt een secundaire opname

Converteren JPEG naar DICOM
Herkende extensies zijn .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (hoofdlettergevoelig)

$ gdcmimg -i invoer.ljpeg -o uitvoer.dcm

de afbeelding wordt een secundaire opname

Converteren J2K naar DICOM
Herkende extensies zijn .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (hoofdlettergevoelig)

$ gdcmimg -i invoer.j2k -o uitvoer.dcm

de afbeelding wordt een secundaire opname.

Alle pixelinformatie (opgeslagen bits/toegewezen...) wordt afgeleid van de afbeelding zelf,
en niet van de opdrachtregelopties.

opgeven a SOP Klasse UID
In plaats van de standaard Secondary Capture Image Storage, zou men kunnen specificeren, bijvoorbeeld VL
Fotografische beeldopslag.

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 invoer.jpg uitvoer.dcm

MEERDERE FILES

gdcmimg kan een set bestanden netjes afhandelen (bijvoorbeeld jpeg):

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg uitvoer.dcm

Het is belangrijk om een ​​SOP-klasse op te geven die anders afbeeldingen met meerdere frames ondersteunt
gdcmimg zal mislukken.

START MET OFFSET

In sommige gevallen wil men misschien een 2D-slice maken van een willekeurig volume (bijv. 3D). In
in welk geval –offset handig wordt:

$ gdcmimg --offset 4954104330 --maat 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

WAARSCHUWING

Er zijn een aantal problemen met de implementatie van gdcmimg:

Voor RAW-bestanden moet men erop letten dat bij gebruik van -endian MSB de Pixel Data zal zijn:
ingekapseld zoals het is (niet aangeraakt door gdcmimg). Daarom is de enige mogelijke overdrachtsyntaxis
beschikbaar is Impliciete VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM handelt dit privé af
Syntaxis overdragen. Dus als u deze overdrachtssyntaxis naar een andere moet converteren (en toestaan
Pixel Data-manipulatie), kunt u gebruiken:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm

Voor JFIF-bestand en JP2-bestand (met header) wordt de header gekopieerd naar het Pixel Data-element
wat illegaal is voor JP2. Gebruik gdcmconv om een ​​JP2/JFIF-bestand correct opnieuw te coderen in J2K/JPG.

$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force uitvoer_jp2.dcm uitvoer_j2k.dcm

Voor RLE-bestanden wordt er niet gecontroleerd op het overschrijden van de rijgrens. Het wordt aanbevolen om te gebruiken:
gdcmconv –rle om in geval van twijfel opnieuw te coderen in een correct RLE-bestand.

Als de compressie niet in orde is met uw setup, kunt u natuurlijk altijd de ingekapselde
DICOM-bestand (meestal JPEG) naar een niet-ingekapselde vorm, met behulp van gdcmconv:

$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm

Gebruik gdcmimg online met onworks.net-services