gmx-ruimtelijk - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-spatial - Bereken de ruimtelijke distributiefunctie

KORTE INHOUD

gmx ruimtelijk [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[nu] [-[geen] pbc]
[-[geen]div] [-ign ] [-bak ] [-nab ]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx ruimte- berekent de ruimtelijke verdelingsfunctie en voert deze uit in een vorm die dat kan
door VMD worden gelezen als Gaussian98-kubusformaat. Voor een systeem van 32,000 atomen en een 50 ns
traject kan de SDF in ongeveer 30 minuten worden gegenereerd, waarbij de meeste tijd wordt besteed
naar de twee loopt door trjconv die nodig zijn om alles goed te centreren. Dit
neemt ook heel veel ruimte in beslag (3 kopieën van het trajectbestand). Toch de foto's
zijn mooi en zeer informatief als de passende selectie correct is gemaakt. 3-4 atomen erin
een breed mobiele groep (zoals een vrij aminozuur in oplossing) werkt goed, of selecteer de
eiwitruggengraat in een stabiele gevouwen structuur om de SDF van oplosmiddel te krijgen en naar de te kijken
tijdsgemiddelde solvatatieshell. Met dit programma is het ook mogelijk om de SDF te genereren
gebaseerd op een willekeurige cartesiaanse coördinaat. Om dat te doen, laat u eenvoudigweg de inleiding achterwege gmx
trjconv stappen.

Gebruik:

1. Gebruiken gmx make_ndx om een ​​groep te maken die de atomen bevat waarrond u de SDF wilt hebben

2. gmx trjconv -s een.tpr -f een.tng -o b.tng -boxcenter truc - jij compact -pbc geen

3. gmx trjconv -s een.tpr -f b.tng -o c.tng -fit rot+trans

4. rennen gmx ruimte- op de c.tng uitvoer van stap #3.

5. Laad raster.kubus in VMD en bekijk het als een isosurface.

Note die systemen zoals micellen nodig hebben gmx trjconv -pbc cluster tussen stappen 1
en 2.

waarschuwingen
De SDF wordt gegenereerd voor een kubus die alle bakken bevat waarvan sommige niet nul zijn
bezetting. Echter, de voorbereiding -fit rot+trans optie om gmx trjconv impliceert dat
uw systeem zal in de ruimte roteren en vertalen (zodat de geselecteerde groep
doet niet). Daarom zijn de geretourneerde waarden alleen geldig voor een bepaalde regio
rond uw centrale groep/coördinaat dat overal volledige overlap heeft met het systeemvolume
het gehele vertaalde/geroteerde systeem in de loop van het traject. Het is aan de
gebruiker om ervoor te zorgen dat dit het geval is.

Riskant opties
Om de benodigde hoeveelheid ruimte en tijd te beperken, kunt u alleen de coördinaten uitvoeren die dat wel zijn
zal worden gebruikt bij de eerste en volgende doorloop gmx trjconv. Zorg er echter voor dat u dat wel doet
stel de -nab optie naar een voldoende hoge waarde, aangezien geheugen wordt toegewezen aan kubusbakken
gebaseerd op de initiële coördinaten en de -nab Optie waarde.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-[geen] pbc (Nee)
Gebruik periodieke randvoorwaarden voor het berekenen van afstanden

-[geen]div (Ja)
Bereken en pas de deler toe voor de bezetting van bakken op basis van atomen/minimale kubus
maat. Stel in als TRUE voor visualisatie en als FALSE (-nodiv) om nauwkeurige tellingen te krijgen
per raam

-ign (-1)
Geef dit aantal buitenste kubussen niet weer (positieve waarden kunnen de grens verkleinen).
spikkels; -1 zorgt ervoor dat het buitenoppervlak zichtbaar is)

-bak (0.05)
Breedte van de bakken (nm)

-nab (4)
Aantal extra bakken om een ​​juiste geheugentoewijzing te garanderen

BEKENDE KWESTIES

· Als het toegewezen geheugen niet groot genoeg is, kan er een segmentatiefout optreden. Dit is
wordt meestal gedetecteerd en het programma wordt vóór de fout stopgezet terwijl er een waarschuwing wordt weergegeven
bericht waarin het gebruik van de -nab (Aantal extra bakken) optie. echter, de
programma detecteert niet al dergelijke gebeurtenissen. Als u een segmentatiefout tegenkomt, voert u deze uit
wederom met een verhoging -nab waarde.

Gebruik gmx-spatial online met behulp van onworks.net-services