gt-cds - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gt-cds - Voeg CDS-functies (coderingssequentie) toe aan exon-functies die in het GFF3-bestand worden gegeven.

KORTE INHOUD

gt cds [optie ...] [GFF3_file]

PRODUCTBESCHRIJVING

-kleinflens [waarde]
stel de minimale lengte in dat een open leesraam (ORF) moet worden toegevoegd als CDS
kenmerk (gemeten in aminozuren) (standaard: 64)

-startcodon [ja|nee]
vereisen dan moet een ORF beginnen met een startcodon (standaard: nee)

-eindstopcodon [ja|nee]
vereisen dat de laatste ORF moet eindigen met een stopcodon (standaard: nee)

-seqbestand [bestandsnaam]
stel het sequentiebestand in waaruit de sequenties moeten worden gehaald (standaard: niet gedefinieerd)

-encseq [bestandsnaam]
stel de gecodeerde sequentie-indexnaam in waaruit de sequenties moeten worden gehaald (standaard:
ongedefinieerd)

-seqbestanden
stel de sequentiebestanden in waaruit de functies moeten worden geëxtraheerd gebruik -- om de lijst te beëindigen
van sequentiebestanden

-matchbeschrijving [ja|nee]
zoek in de sequentiebeschrijvingen van de invoerbestanden naar de gewenste sequentie-ID's (in
GFF3), de eerste wedstrijd rapporteren (standaard: nee)

-matchdescstart [ja|nee]
exact overeenkomen met de sequentiebeschrijvingen uit de invoerbestanden voor de gewenste sequentie
ID's (in GFF3) van het begin tot de eerste witruimte (standaard: nee)

-gebruikdesc [ja|nee]
gebruik sequentiebeschrijvingen om de sequentie-ID's (in GFF3) toe te wijzen aan de werkelijke sequentie
inzendingen. Als een beschrijving een reeksreeks bevat (bijv. III:1000001..2000000), wordt de
eerste deel wordt gebruikt als sequentie-ID (III) en de eerste bereikpositie als offset
(1000001) (standaard: nee)

-regiotoewijzing [snaar]
stel een bestand in dat sequentie-regio naar sequentiebestandstoewijzing bevat (standaard: niet gedefinieerd)

-v [ja|nee]
uitgebreid zijn (standaard: nee)

-o [bestandsnaam]
output omleiden naar gespecificeerd bestand (standaard: niet gedefinieerd)

-gzip [ja|nee]
schrijf gzip gecomprimeerd uitvoerbestand (standaard: nee)

-bzip2 [ja|nee]
schrijf bzip2 gecomprimeerd uitvoerbestand (standaard: nee)

-dwingen [ja|nee]
geforceerd schrijven naar uitvoerbestand (standaard: nee)

-Help
help weergeven en afsluiten

-versie
versie-informatie weergeven en afsluiten

Bestandsformaat voor optie -regiotoewijzing:

Het bestand dat aan de optie -regionmapping wordt geleverd, definieert een "mapping". Een mapping brengt de . in kaart
sequentie-regio-items gegeven in de GFF3_bestand naar een sequentiebestand met de
bijbehorende volgorde. Mappings kunnen in een van de volgende twee vormen worden gedefinieerd:

in kaart brengen = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

functietoewijzing (reeks_regio)
return "hs_ref_"..sequence_region...".fa.gz"
einde

De eerste vorm definieert een Lua (http://www.lua.org) tabel met de naam "mapping" die elk in kaart brengt
sequentieregio naar het bijbehorende sequentiebestand. De tweede definieert een Lua-functie
"mapping", die de naam van het sequentiebestand moet retourneren wanneer het wordt aangeroepen met de
sequence_regio als argument.

RAPPORTAGE BUGS

Rapporteer bugs aan[e-mail beveiligd]>.

Gebruik gt-cds online met onworks.net-services