Dit is de opdracht gt die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gt - Het GenomeTools-genoomanalysesysteem.
KORTE INHOUD
gt [optie ...] [gereedschap | script] [argument ...]
PRODUCTBESCHRIJVING
-i [ja|nee]
ga na het uitvoeren naar de interactieve modus tools or script
-q [ja|nee]
waarschuwingen onderdrukken
-test [ja|nee]
unit-tests uitvoeren en afsluiten
-zaad [waarde]
stel het zaad voor de willekeurige nummergenerator handmatig in. 0 genereert een zaadje uit de huidige tijd
en proces-id
-Help
help weergeven en afsluiten
-versie
versie-informatie weergeven en afsluiten
Tools:
· bed_naar_gff3
· cds
· ketting2dim
· chseqids
· schoon
· comprimeert
· condens
· congruentie
· converteer
· CSA
· stip
· bedrieglijk
· encseq
· encseq2spm
· eval
· extractprestatie
· uittreksel
· fastq_voorbeeld
· kenmerkindex
· vingerafdruk
· genoomdiff
· gff3
· gff3_naar_gtf
· gff3validator
· gtf_naar_gff3
· hop
· id_naar_md5
· inlineseq_toevoegen
· inlineseq_split
· interageren
· locheck
· ltrclusteren
· Verteerbaar
· ltroogst
· matchtool
· matstat
· md5_to_id
· samensmelten
· samenvoegprestatie
· mgt
· mkfeature-index
· mkfmindex
· mmandlees
· zoeker
· ingepakte index
· vooraf
· lasser
· hervinden
· scriptfilter
· seed_uitbreiden
· kiezen
· seq
· seqfilter
· volgende
· seqmuteren
· volgorde
· seqstat
· seqtransformatie
· vervolgvertalen
· vervolg
· shredder
· lange afstand
· simreads
· schets
· schets_pagina
· snpper
· vlek
· splitsiteinfo
· splitfasta
· staat
· achtervoegsel
· tagerator
· teller
· tirvisch
· uniek
· unieksub
· wboom
Stel de omgevingsvariabele GT_MEM_BOOKKEEPING=on in om geheugenboekhouden in te schakelen (bijv.
zoals dit: env GT_MEM_BOOKKEEPING=op gt).
Stel de omgevingsvariabele GT_ENV_OPTIONS=-spacepeak in om een spacepeak na het programma weer te geven
loop. Stel de omgevingsvariabele GT_ENV_OPTIONS=-showtime in om de verwerkingstijden voor weer te geven
sommige programmaonderdelen, indien geïmplementeerd.
Stel de omgevingsvariabele GT_SEED in op een geheel getal om een zaadje voor het willekeurige te leveren
nummergenerator. Kan worden overschreven door de optie -seed.
Combinaties zijn mogelijk. Als je het binaire bestand GT uitvoert met GT_ENV_OPTIONS=-help, wordt alles weergegeven
mogelijke "omgevingsopties".
RAPPORTAGE BUGS
Rapporteer bugs aan[e-mail beveiligd]>.
Gebruik gt online met behulp van onworks.net-services
