helse - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

Infernal - sequentieanalyse met behulp van profielen van RNA-sequentie en secundaire structuur
overeenstemming

KORTE INHOUD

cmuitlijnen
Lijn reeksen uit met een covariantiemodel

cmbuild
Construeer covariantiemodel(len) uit structureel geannoteerde meervoudige RNA-sequenties
uitlijning(en)

cmkalibreren
Pas exponentiële staarten aan voor bepaling van de E-waarde van het covariantiemodel

cmconverteren
Converteer Infernal-covariantiemodelbestanden

uitgeven
Voorbeeldreeksen uit een covariantiemodel

cmophalen
Haal covariantiemodel(len) op uit een bestand

cmdruk
Bereid een covariantiemodeldatabase voor cmscan voor

cmscan
Zoekreeks(en) in een covariantiemodeldatabase

cmzoeken
Zoek covariantiemodel(len) in een sequentiedatabase

cmstat
samenvattende statistieken voor een covariantiemodelbestand

PRODUCTBESCHRIJVING

Infernal is een suite van verschillende programma's voor structurele RNA-sequentie-uitlijning en database
homologie zoeken. Het maakt gebruik van probabilistische modellen die "covariantiemodellen" (CM's) worden genoemd
vertegenwoordigen de waarschijnlijke evolutionaire homologen van een meervoudige uitlijning (of enkele sequentie) van
een structurele RNA-sequentiefamilie.

Samen met de Rfam-database van RNA-families en bijbehorende CM's
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal kan worden gebruikt om homologen van bekende structurele annotaties te maken
RNA-families in genomen.

Infernal is nauw verwant aan de HMMER-softwaresuite voor analyse van sequentiefamilies
profiel HMM's (http://hmmer.org), maar is specifiek ontworpen voor structurele RNA-sequenties
gezinnen. Naast het modelleren van de geconserveerde sequentie van een familie zoals profiel-HMM's doen,
CM's modelleren de geconserveerde, goed geneste (niet-pseudoknotted) secundaire structuur van het gezin als
Goed. Bijgevolg zijn CM-zoek- en uitlijningsmethoden relatief computationeel
duur. Infernal gebruikt profiel-HMM's als filters en voor het afleiden van beperkingen om de
CM-methoden praktischer.

Infernal wordt in drie hoofdmodi gebruikt: om in een sequentiedatabase te zoeken naar nieuwe homologen van een
RNA-familie (of annoteer homologen in een genoom); om in een CM-database (zoals Rfam) te zoeken
tot welke bekende familie een zoekreeks behoort; en om automatisch groot te construeren
meerdere uitlijningen (dwz met een feitelijk onbeperkt aantal sequenties) met behulp van een CM
vertegenwoordiger van een sequentiefamilie.

Stel dat u een structureel geannoteerde uitlijning van meerdere sequenties van een RNA-sequentie hebt
familie van interesse, en u wilt in een sequentiedatabase zoeken naar aanvullende homologen.
De cmbuild programma bouwt covariantiemodel(len) op uit meerdere afstemming(en) en cmkalibreren
bepaalt belangrijke parameters voor het schatten van de statistische significantie van de database
treffers voor het model bij volgende zoekopdrachten.

De cmzoeken programma zoekt CM(s) in een sequentiedatabase.

Stel dat u reeks(en) heeft die u wilt analyseren met behulp van een op Infernal gebaseerde CM-database
zoals Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). De cmdruk programma formatteert een covariantiemodel
(zoals het bestand dat u van Rfam zou downloaden) in een binaire Infernal-database. De
cmscan programma zoekt reeks(en) in die database.

Stel dat u veel reeksen wilt uitlijnen. Je kunt een beheersbaar klein construeren
structurele uitlijning van een representatieve reeks sequenties, bouw een CM mee cmbouwen, en
Gebruik de cmuitlijnen programma om een ​​willekeurig aantal reeksen uit te lijnen met die CM.

Infernal bevat ook enkele hulpprogramma's voor het werken met grote CM-databases. cmophalen
haalt een of meer CM's op uit een database. cmstat drukt samenvattende statistieken over een CM af
bestand.

Voor compatibiliteit met eerdere versies van Infernal, evenals met HMMER, is de cmconverteren
programma converteert CM-bestanden naar een paar andere formaten.

De uitgeven programma genereert (simuleert) "homologe" sequenties door bemonstering uit een CM. Het
kan ook een "consensus"-reeks genereren.

Elk programma heeft zijn eigen man-pagina.

Gebruik hel online met behulp van onworks.net-services