libscane - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

libscan - Diagnostische zoekopdrachten voor eiwitfamilies.

KORTE INHOUD

libscan -modus lijst -grip boolean -henik boolean -hmm boolean -Sam boolean -psm boolean
-sig boolean -hmmpad snaar -hmmextn snaar -hmoutpad snaar -hmouttextn snaar
-sampath snaar -zelfde snaar -samoutpad snaar -samentekstn snaar
-psmpad snaar -pssmextn snaar -niter geheel getal -dorsen drijven -maxhit geheel getal
-pssmuitpad snaar -pssmouttextn snaar -gbvpad snaar -gbextn snaar
-gbvgapo drijven -gbvgaap drijven -gbvoutpad snaar -gbvoutekst snaar
-hnfpad snaar -hnfextn snaar -hnfgapo drijven -hnfgaap drijven -hnfoutpad snaar
-hnfouttekst snaar -sigpad snaar -sigextn snaar -term lijst -sub matrixf
-siggapo drijven -siggaap drijven -sigoutpad snaar -sigouttextn snaar -Db vervolgreeks
-scopf in bestand

libscan -Help

PRODUCTBESCHRIJVING

libscan is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
softwarepakket"). Het maakt deel uit van de "Protein:3D Structure" commandogroep(en).

OPTIES

-modus lijst
libscan werkt in een van de twee modi: (i) databasezoekmodus of (ii) bibliotheek
scherm modus. In database zoekmodus leest libscan elk een of meer mappen
die een enkel type onderscheidend element bevatten, zijn de toegestane typen schaars
sequentiehandtekening, Gribskov-profiel, Henikoff-profiel of verborgen Markov-model. In
bibliotheekschermmodus, libscan leest een reeksreeks, screent elke reeks tegen de
bibliotheek (directories van onderscheidende elementen) en schrijft een bibliotheekscanbestand (van
best scorende families) voor elk. Standaardwaarde: 2

-grip boolean
Standaardwaarde: N

-henik boolean
Standaardwaarde: N

-hmm boolean
Standaardwaarde: N

-Sam boolean
Standaardwaarde: N

-psm boolean
Standaardwaarde: Y

-sig boolean
Standaardwaarde: N

-hmmpad snaar
Standaardwaarde: ./ lib /

-hmmextn snaar
Standaardwaarde: .hmm

-hmoutpad snaar
Standaardwaarde: ./

-hmouttextn snaar
Standaardwaarde: .hmmout

-sampath snaar
Standaardwaarde: ./

-zelfde snaar
Standaardwaarde: .mod

-samoutpad snaar
Standaardwaarde: ./

-samentekstn snaar
Standaardwaarde: .samout

-psmpad snaar
Standaardwaarde: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn snaar
Standaardwaarde: .chk

-niter geheel getal
Standaardwaarde: 1

-dorsen drijven
Standaardwaarde: 100

-maxhit geheel getal
Standaardwaarde: 1000

-pssmuitpad snaar
Standaardwaarde: ./

-pssmouttextn snaar
Standaardwaarde: .pssmout

-gbvpad snaar
Standaardwaarde: ./

-gbextn snaar
Standaardwaarde: .grib

-gbvgapo drijven
Standaardwaarde: 10.0

-gbvgaap drijven
Standaardwaarde: 0.5

-gbvoutpad snaar
Standaardwaarde: ./

-gbvoutekst snaar
Standaardwaarde: .gribout

-hnfpad snaar
Standaardwaarde: ./

-hnfextn snaar
Standaardwaarde: .henik

-hnfgapo drijven
Standaardwaarde: 10.0

-hnfgaap drijven
Standaardwaarde: 0.5

-hnfoutpad snaar
Standaardwaarde: ./

-hnfouttekst snaar
Standaardwaarde: .henikout

-sigpad snaar
Standaardwaarde: ./

-sigextn snaar
Standaardwaarde: .sig

-term lijst
Standaardwaarde: 1

-sub matrixf
Standaardwaarde: EBLOSUM62

-siggapo drijven
Standaardwaarde: 10.0

-siggaap drijven
Standaardwaarde: 0.5

-sigoutpad snaar
Standaardwaarde: ./

-sigouttextn snaar
Standaardwaarde: .sigout

-Db vervolgreeks
In de database-zoekmodus scant libscan elk onderscheidend element tegen een reeks
set. In de bibliotheekschermmodus leest libscan een reeks reeksen en screent elke reeks
tegen de bibliotheek (directories van onderscheidende elementen) Standaardwaarde: 49142.vdhf

-scopf in bestand
In beide modi is een 'scoopclassificatiebestand' vereist als familiebron
classificatie gegevens. Een scop-classificatiebestand bevat classificatie- en andere gegevens
voor domeinen uit de scop-database. Het bestand heeft een embl-achtige indeling en wordt gegenereerd
door scopparse. Informatie over de domeinvolgorde kan aan het bestand worden toegevoegd met behulp van scopseqs.
Standaardwaarde: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

Gebruik libscane online met onworks.net-services