mhap - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mhap - probabilistische reeks overlappende

PRODUCTBESCHRIJVING

Stel alstublieft de -s of de -p opties. Zie onderstaande opties: MHAP: MinHash Alignment Protocol.
Een hulpmiddel voor het vinden van overlappingen van langgelezen sequenties (zoals PacBio of Nanopore) in
bio-informatica.

Versie: 1.6, bouwtijd: 09/12/2015 11:46 PM Gebruik 1 (directe uitvoering): java
server -Xmx -pot -s[-Q
bestand>] [-f ] Gebruik 2 (voorberekend genereren
binaire bestanden): java server -Xmx -pot -p
-q [-F ]

--uitlijning, standaard = onwaar
Experimentele optie.

--uitlijning-offset, standaard = -0.535
De offset waarmee rekening wordt gehouden met de variantie in de uitlijningsmatchscore.

--uitlijningsscore, standaard = 1.0E-6
De cutoff-score voor uitlijningswedstrijden.

--filterdrempel, standaard = 1.0E-5
[dubbel], de grens waarbij de k-mer in het k-mer-filterbestand in aanmerking wordt genomen
herhalende. Deze waarde voor een specifiek k-meer wordt gespecificeerd in de tweede kolom in
het filterbestand. Als er geen filterbestand is opgegeven, wordt deze optie genegeerd.

--help, standaard = onwaar
Geeft het helpmenu weer.

--max-ploeg, standaard = 0.2
[dubbel], gebiedsgrootte links en rechts van de geschatte overlap, zoals afgeleid
van de mediaanverschuiving en reekslengte, waar nog steeds een k-mer overeenkomt
als geldig beschouwd. Alleen tweedetrapsfilter.

--min-winkellengte, standaard = 0
[int], de minimale lengte van de lezing die in de box is opgeslagen. Gebruikt om uit te filteren
korte lezingen uit het FASTA-bestand.

--nanoporie-snel, standaard = onwaar
Stel alle parameters in voor de snelle instellingen van Nanopore. Dit is de huidige beste
begeleiding, en kan op elk moment zonder waarschuwing veranderen.

--geen-zelf, standaard = onwaar
Bereken niet de overlappingen tussen reeksen in een kader. Moet worden gebruikt wanneer de
van en naar sequenties komen uit verschillende bestanden.

--aantal-hashes, standaard = 512
[int], aantal min-mers dat in MinHashing moet worden gebruikt.

--aantal-min-overeenkomsten, standaard = 3
[int], minimaal # min-meer dat moet worden gedeeld voordat het filter van de tweede fase wordt berekend.
Alle reeksen onder deze waarde worden als niet-overlappend beschouwd.

--aantal threads, standaard = 12
[int], aantal threads dat voor berekeningen moet worden gebruikt. Meestal ingesteld op 2 x #cores.

--pacbio-snel, standaard = onwaar
Stel alle parameters in voor de PacBio snelle instelling. Dit is de huidige beste
begeleiding, en kan op elk moment zonder waarschuwing veranderen.

--pacbio-gevoelig, standaard = onwaar
Stel alle parameters in voor de PacBio-gevoelige instellingen. Dit is de huidige beste
begeleiding, en kan op elk moment zonder waarschuwing veranderen.

--store-full-id, standaard = onwaar
Bewaar volledige ID's zoals te zien in het FASTA-bestand, in plaats van alleen de reeks op te slaan
positie in het bestand. Sommige FASTA-bestanden hebben lange IDS, waardoor de uitvoer van resultaten wordt vertraagd.
Deze optie wordt genegeerd bij gebruik van een gecomprimeerd bestandsformaat.

--drempelwaarde, standaard = 0.04
[dubbel], de grenswaarde voor de gelijkenisscore voor de sortering in de tweede fase
filter. Dit is gebaseerd op het gemiddelde aantal k-meren dat overeenkomt in de overlapping
regio.

--versie, standaard = onwaar
Geeft de versie en buildtijd weer.

--gewogen, standaard = onwaar
Voer gewogen MinHashing uit.

-f, standaard = ""
k-mer-filterbestand dat wordt gebruikt voor het filteren van zeer repetitieve k-mers. Moet gesorteerd worden
in afnemende volgorde van frequentie (tweede kolom).

-h, standaard = onwaar
Geeft het helpmenu weer.

-k, standaard = 16
[int], k-mer-grootte gebruikt voor MinHashing. De k-mer-grootte voor het tweede trapfilter is
afzonderlijk en kunnen niet worden gewijzigd.

-p, standaard = ""
Alleen gebruik 2. De map met FASTA-bestanden waarnaar moet worden geconverteerd
binair formaat voor opslag.

-q, standaard = ""
Gebruik 1: Het FASTA-bestand met leesbewerkingen, of een directory met bestanden, waarmee wordt vergeleken
de set leesgegevens in de doos (zie -s). Gebruik 2: De uitvoermap voor het binaire bestand
geformatteerde dat-bestanden.

-s, standaard = ""
Alleen gebruik 1. Het FASTA- of binaire dat-bestand (zie Gebruik 2) van de leesbewerkingen die zullen plaatsvinden
opgeslagen in een doos, en waarmee alle volgende metingen zullen worden vergeleken.

Gebruik mhap online met behulp van onworks.net-services