mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Niet-lineaire registratie van een reeks 2D-afbeeldingen.

KORTE INHOUD

mia-2dmyoset-all2one-niet-rigide -i -o [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

mia-2dmyoset-all2one-niet-rigide Dit programma voert een niet-rigide registratie uit van een reeks
afbeeldingen gegeven in een afbeeldingsset. Alle afbeeldingen worden geregistreerd op één door de gebruiker gedefinieerde referentie
afbeelding.

OPTIES

Bestand-IO
-i --in-file=(invoer, vereist); snaar
invoer perfusie dataset

-o --out-file=(uitvoer, vereist); snaar
output perfusie dataset

--out-bestandsbasis=reg
bestandsnaam basae voor geregistreerde bestanden wordt het bestandstype van de afbeelding afgetrokken
bestandstype in de invoergegevensset.

Registratie
-k --overslaan=0
Afbeeldingen aan het begin van de serie overslaan Afbeeldingen aan het begin overslaan
de series

-O --optimizer=gsl:opt=gd,stap=0.1
Optimizer gebruikt voor minimalisatie

-l --mg-niveaus=3
niveaus met meerdere resolutiesniveaus met meerdere resoluties

-f --transForm=spline
transformatietypetransformatietype Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS:2dimage/transformatie

-r --ref=-1
referentiekader (-1 == gebruik afbeelding in het midden)referentiekader (-1 == gebruik
afbeelding in het midden)

Help & Info
-V --verbose=waarschuwing
uitgebreide output, print berichten van een bepaald niveau en hogere prioriteiten.
Ondersteunde prioriteiten vanaf het laagste niveau zijn:
info ‐ Berichten op laag niveau
opsporen ‐ Functie-aanroep traceren
mislukken ‐ Rapporteer testfouten
waarschuwing ‐ Waarschuwingen
fout ‐ Meld fouten
debug ‐ Uitvoer debuggen
Bericht ‐ Normale berichten
fataal ‐ Rapporteer alleen fatale fouten

--auteursrechten
copyrightinformatie afdrukken

-h-help
print deze hulp

-? --gebruik
een korte help afdrukken

--versie
print het versienummer en sluit af

In behandeling
--draden=-1
Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking. Dit aantal moet lager zijn
of gelijk aan het aantal logische processorcores in de machine. (-1:
automatische schatting). Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking, This
getal moet lager zijn dan of gelijk zijn aan het aantal logische processorkernen in
de machine. (-1: automatische schatting).

PLUG-INS: 1d/splinebc

spiegel Spline interpolatie randvoorwaarden die spiegelen op de grens

(geen parameters)

herhaling Randvoorwaarden voor spline-interpolatie die de waarde bij de grens herhalen

(geen parameters)

nul Randvoorwaarden voor spline-interpolatie die nul aanneemt voor waarden buiten

(geen parameters)

PLUG-INS: 1d/splinekernel

bsplijn B-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [0, 5]
Spline graad.

omoms OMoms-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [3, 3]
Spline graad.

PLUG-INS: 2D-afbeelding/kosten

lncc lokale genormaliseerde kruiscorrelatie met ondersteuning voor maskering., ondersteunde parameters
zijn:

w = 5; uint in [1, 256]
halve breedte van het venster dat wordt gebruikt voor het evalueren van het gelokaliseerde kruis
correlatie.

LSD Kleinste vierkanten afstandsmaat

(geen parameters)

mi Op Spline parzen gebaseerde wederzijdse informatie. Ondersteunde parameters zijn:

gesneden = 0; drijven in [0, 40]
Percentage pixels dat met hoge en lage intensiteit moet worden verwijderd
uitschieters.

mbins = 64; uint in [1, 256]
Aantal histogrambakken dat voor het bewegende beeld is gebruikt.

mkernel = [bspline:d=3]; fabriek
Spline-kernel voor parzen-hinstogram van bewegende beelden. Voor ondersteunde plug-ins
zie PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; uint in [1, 256]
Aantal histogrambakken dat is gebruikt voor het referentiebeeld.

kernel = [bspline:d=0]; fabriek
Spline-kernel voor referentiebeeld parzen hinstogram. Voor ondersteunde plug-
zie PLUGINS:1d/splinekernel

NCC genormaliseerde kruiscorrelatie.

(geen parameters)

NGF Deze functie evalueert de beeldovereenkomst op basis van een genormaliseerd verloop
velden. Er zijn verschillende evaluatiekernels beschikbaar, ondersteunde parameters zijn:

eval = ds; dictaat
subtype plug-in. Ondersteunde waarden zijn:
sq ‐ kwadraat van verschil
ds ‐ kwadraat van geschaald verschil
stip ‐ scalaire productkernel
oversteken ‐ kruisproduct-kernel

ssd 2D afbeeldingskosten: som van gekwadrateerde verschillen, ondersteunde parameters zijn:

autodorsen = 0; drijven in [0, 1000]
Gebruik automatisch maskeren van het bewegende beeld door alleen intensiteitswaarden te nemen
in overeenstemming zijn die groter zijn dan de gegeven drempel.

norm = 0; boel
Stel in of de statistiek moet worden genormaliseerd op basis van het aantal afbeeldingspixels.

ssd-automask
2D-beeldkosten: som van gekwadrateerde verschillen, met automatische maskering op basis van gegeven
drempels, ondersteunde parameters zijn:

dorsen = 0; dubbele
Drempelintensiteitswaarde voor referentiebeeld.

stresh = 0; dubbele
Drempelintensiteitswaarde voor bronbeeld.

PLUG-INS: 2D-afbeelding/volledige kosten

beeld Gegeneraliseerde kostenfunctie voor beeldovereenkomst die ook multi-resolutie aankan
verwerken. De feitelijke overeenkomstmaat wordt gegeven als extra parameter.,
ondersteunde parameters zijn:

kosten = ssd; fabriek
Kosten functie kernel. Voor ondersteunde plug-ins zie PLUGINS:2dimage/kosten

debug = 0; boel
Bewaar tussentijdse resultaten voor foutopsporing.

ref =(invoer, tekenreeks)
Referentie afbeelding.

src =(invoer, tekenreeks)
Studie afbeelding.

gewicht = 1; vlot
gewicht van de kostenfunctie.

labelafbeelding
Gelijkwaardigheidskostenfunctie die labels van twee afbeeldingen toewijst en label-
met behoud van multi-resolutie verwerking., ondersteunde parameters zijn:

debug = 0; int in [0, 1]
schrijf de afstand transformeert naar een 3D-beeld.

maxlabel = 256; int in [2, 32000]
maximum aantal labels om te overwegen.

ref =(invoer, tekenreeks)
Referentie afbeelding.

src =(invoer, tekenreeks)
Studie afbeelding.

gewicht = 1; vlot
gewicht van de kostenfunctie.

gemaskerde afbeelding
Gegeneraliseerde kostenfunctie voor gemaskeerde afbeeldingen die ook multi-
resolutie verwerking. De meegeleverde maskers moeten dicht opgevulde gebieden zijn in
verwerking met meerdere resoluties omdat anders de maskerinformatie verloren kan gaan
bij het verkleinen van de afbeelding. Het referentiemasker en het getransformeerde masker van de
studiebeeld worden gecombineerd door binaire AND. De werkelijke overeenkomstmaat wordt gegeven
es extra parameter., ondersteunde parameters zijn:

kosten = ssd; fabriek
Kosten functie kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS:2dimage/gemaskerde kosten

ref =(invoer, tekenreeks)
Referentie afbeelding.

ref-masker =(invoer, tekenreeks)
Referentiebeeldmasker (binair).

src =(invoer, tekenreeks)
Studie afbeelding.

src-masker =(invoer, tekenreeks)
Beeldmasker bestuderen (binair).

gewicht = 1; vlot
gewicht van de kostenfunctie.

PLUG-INS: 2dbeeld/io

bmp BMP 2D-beeld input/output ondersteuning

Erkende bestandsextensies: .BMP, .bmp

Ondersteunde elementtypen:
binaire data, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit

datapool Virtuele IO van en naar de interne datapool

Erkende bestandsextensies: .@

dicom 2D-beeld io voor DICOM

Herkende bestandsextensies: .DCM, .dcm

Ondersteunde elementtypen:
ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit

EXR een 2dimage io-plug-in voor OpenEXR-afbeeldingen

Erkende bestandsextensies: .EXR, .exr

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekende 32 bit, drijvende komma 32 bit

jpg een 2dimage io-plug-in voor jpeg-grijswaardenafbeeldingen

Erkende bestandsextensies: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Ondersteunde elementtypen:
niet-ondertekende 8 bit

png een 2dimage io-plug-in voor png-afbeeldingen

Erkende bestandsextensies: .PNG, .png

Ondersteunde elementtypen:
binaire data, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit

rauw Ondersteuning voor RAW 2D-beelduitvoer

Herkende bestandsextensies: .RAW, .raw

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

tif TIFF 2D-beeld invoer/uitvoer ondersteuning

Herkende bestandsextensies: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Ondersteunde elementtypen:
binaire data, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit, unsigned 32 bit

vergezicht een 2dimage io-plug-in voor vista-afbeeldingen

Erkende bestandsextensies: .V, .VISTA, .v, .vista

Ondersteunde elementtypen:
binaire gegevens, ondertekend 8 bit, niet ondertekend 8 bit, ondertekend 16 bit, niet ondertekend 16 bit,
ondertekend 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
beetje

PLUG-INS: 2dbeeld/gemaskeerde kosten

lncc lokale genormaliseerde kruiscorrelatie met ondersteuning voor maskering., ondersteunde parameters
zijn:

w = 5; uint in [1, 256]
halve breedte van het venster dat wordt gebruikt voor het evalueren van het gelokaliseerde kruis
correlatie.

mi Op Spline parzen gebaseerde wederzijdse informatie met maskering., ondersteunde parameters zijn:

gesneden = 0; drijven in [0, 40]
Percentage pixels dat met hoge en lage intensiteit moet worden verwijderd
uitschieters.

mbins = 64; uint in [1, 256]
Aantal histogrambakken dat voor het bewegende beeld is gebruikt.

mkernel = [bspline:d=3]; fabriek
Spline-kernel voor parzen-hinstogram van bewegende beelden. Voor ondersteunde plug-ins
zie PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; uint in [1, 256]
Aantal histogrambakken dat is gebruikt voor het referentiebeeld.

kernel = [bspline:d=0]; fabriek
Spline-kernel voor referentiebeeld parzen hinstogram. Voor ondersteunde plug-
zie PLUGINS:1d/splinekernel

NCC genormaliseerde kruiscorrelatie met maskeringsondersteuning.

(geen parameters)

ssd Som van gekwadrateerde verschillen met maskering.

(geen parameters)

PLUG-INS: 2D-afbeelding/transformatie

affiniteit Affiene transformatie (zes vrijheidsgraden). De ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

stijf Starre transformaties (dwz rotatie en translatie, drie graden van
vrijheid). Ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

rot-centrum = [[0,0]]; 2dfvector
Relatief rotatiecentrum, dwz <0.5,0.5> komt overeen met het midden van de
ondersteuning rechthoek.

omwenteling Rotatietransformaties (dat wil zeggen rotatie rond een bepaald centrum, één graad van
vrijheid). Ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

rot-centrum = [[0,0]]; 2dfvector
Relatief rotatiecentrum, dwz <0.5,0.5> komt overeen met het midden van de
ondersteuning rechthoek.

spline Vrijevormtransformatie die kan worden beschreven door een set B-spline-coëfficiënten
en een onderliggende B-spline-kernel., ondersteunde parameters zijn:

anisoraat = [[0,0]]; 2dfvector
anisotrope coëfficiënt in pixels, niet-positieve waarden zijn
overschreven door de 'rate' waarde..

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

pit = [bspline:d=3]; fabriek
transformation spline kernel.. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

boete = ; fabriek
Transformatiestraftermijn. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 2dtransform/splinepenalty

tarief = 10; zweven in [1, inf)
isotrope coëfficiënt in pixels.

vertalen Alleen vertaling (twee vrijheidsgraden), ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

vf Deze plug-in implementeert een transformatie die een vertaling definieert voor elke
punt van het raster dat het domein van de transformatie definieert., ondersteund
parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

PLUG-INS: 2dtransformatie/splinestraf

divkrul divcurl penalty op de transformatie, ondersteunde parameters zijn:

krullen = 1; zweven in [0, inf)
strafgewicht op curl.

div = 1; zweven in [0, inf)
strafgewicht op divergentie.

norm = 0; boel
Stel in op 1 als de straf moet worden genormaliseerd met betrekking tot de afbeelding
grootte.

gewicht = 1; drijven in (0, inf)
gewicht van strafenergie.

VOORBEELD

Registreer de perfusieseries gegeven in segment.set door een spline-gebaseerde te optimaliseren
transformatie met een coëfficiënt van 16 pixels met behulp van wederzijdse informatie en bestraffing
de transformatie door gebruik te maken van divcurl met een gewicht van 2.0.

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i segment.set -o geregistreerd.set
-f spline:rate=16,penalty=[divcurl:weight=2.0] afbeelding:kosten=mi,weight=2.0

AUTEUR(s)

Gert Wolny

COPYRIGHT

Op deze software rust copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Duitsland en Madrid, Spanje. Het komt
met ABSOLUUT GEEN GARANTIE en u mag het herdistribueren onder de voorwaarden van de GNU
ALGEMENE PUBLIEKE LICENTIE Versie 3 (of later). Voer voor meer informatie het programma uit met de
optie '--copyright'.

Gebruik mia-2dmyoset-all2one-nonrigid online met behulp van onworks.net-services