miconv - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

miconv - Converteert medische beeldgegevens tussen formaten.

KORTE INHOUD

miconv [opties] []

PRODUCTBESCHRIJVING

miconv: converteert medische beeldgegevens tussen formaten.

Bestandsindelingen worden automatisch geïdentificeerd door hun bestandsextensie. Het verwacht op
ten minste twee bestandsnamen/mappen (voor het invoer- en uitvoerbestand) aan het einde van de
opdrachtregel. Een uitzondering is de optie '-l' waarvoor slechts één . nodig is
bestandsnaam/map om de inhoud ervan weer te geven.

Algemeen opties:
-l: Geeft een door spaties gescheiden set van protocolparameters en uitgangen weer. Gebruik '-l help' om een ​​. te krijgen
lijst met mogelijke parameters en '-l all' om alle parameters weer te geven. De parameter
'output-file' moet worden weggelaten bij gebruik van deze optie.

-p: Laad dit protocol voor standaardinstellingen

Protocol opties:
-datum: Datum van scan [jjjjmmdd] (standaard=20140807jjjjmmdd)

-fp: FOV in faserichting [mm] (standaard = 220.0 mm)

-Fr: FOV in leesrichting [mm] (standaard = 220.0 mm)

-fs: FOV in plakrichting [mm] (standaard=5.0mm)

-nr: Aantal opeenvolgende metingen (standaard=1)

-nx: Aantal punten in leesrichting (standaard=128)

-nijn: Aantal punten in faserichting (standaard=128)

-nz: Aantal punten in slice-richting (standaard=1)

-pgeboorte: Geboortedatum patiënt [jjjjmmdd] (standaard=00000000jjjjmmdd)

-pid: Unieke patiënt-ID (standaard=Onbekend)

-pnaam: Volledige naam van de patiënt (standaard=Onbekend)

-psek: Geslacht patiënt (opties=MFO, standaard=O)

-gewicht: Gewicht patiënt [kg] (standaard=50.0 kg)

-wetenschappelijk: Wetenschappernaam (standaard=Onbekend)

-sd: Afstand tussen plakjes (van midden tot midden) [mm] (standaard = 10.0 mm)

-serd: Seriebeschrijving (standaard=Onbekend)

-serno: Serienummer (standaard=1)

-st: Plakdikte [mm] (standaard=5.0mm)

- stud: Studiebeschrijving (standaard=Onbekend)

-tcnaam: Naam van zendspoel (standaard=Onbekend)

-thee: Tijd-tot-echo van de reeks [ms] (standaard = 80.0 ms)

-tijd: Tijd van scan [uummss] (standaard=091009uummss)

-tr: Tijd tussen opeenvolgende excitaties [ms] (standaard=1000.0ms)

Dien in dit artikel lezen opties:
-cplx: Behandel gegevens als complex en extraheer de gegeven component (options=none abs pha real
afbeelding , standaard=geen)

-ds: Dataset-index om te extraheren als meerdere datasets worden gelezen

-filter: Alleen die datasets lezen waarvan de protocolparameter 'key' de string bevat
'waarde' (gegeven in het formaat 'sleutel=waarde')

-fmap: Voor minder geheugengebruik, blijf filemapping na het lezen van (onbewerkte) gegevens, maar schrijven
in de array zal resulteren in een crash

-jdx: Als er meerdere JDX-arrays aanwezig zijn, selecteert u dit

-dialect: Lees gegevens met behulp van een bepaald dialect van het formaat. (standaard is geen dialect)

-rf: Lees het formaat, gebruik het om de bestandsextensie te overschrijven (options=autodetect 3db analysis asc
coi dat dcm dubbele float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, standaard=autodetect)

-overslaan: Sla dit aantal bytes over voordat u de onbewerkte gegevens leest (standaard = 0)

Dien in schrijven opties:
-toevoegen: Toevoegen aan bestaand bestand, alleen voor onbewerkte gegevens

-fnaampar: door spaties gescheiden lijst met protocolparameters die moeten worden opgenomen bij het maken van uniek
bestandsnamen

-geen schaal: Schaal waarden niet opnieuw bij het opslaan van gehele getallen

-splitsen: Forceer het splitsen van protocol-gegevensparen in afzonderlijke bestanden.

-Type: Type afbeeldingsweergave (opties=automatisch zwevend dubbel s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , standaard = automatisch)

-wdialect: Schrijf gegevens met behulp van een bepaald dialect van het formaat. (standaard is geen dialect)

-wf: Schrijf formaat, gebruik het om de bestandsextensie te overschrijven (options=autodetect 3db analysis asc
coi dat dcm dubbele float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, standaard=autodetect)

-wp: Sla het protocol apart op bij dit bestand.

Filters:
-uitlijnen : gegevens uitlijnen met de geometrie (voxellocaties) van
een extern bestand

-automasker : masker maken met behulp van automatische op histogram gebaseerde drempel

-TROS : maak clusters van aangrenzende/next-buren voxels die niet nul zijn, gesorteerd op grootte

-convolueren <convolutiekernel (Gauss NoFilter Triangle Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp ), kerneldiameter [mm]>: Convolutie in ruimtelijke dimensies

-detrend <Aantal laagfrequente componenten dat moet worden verwijderd, nulgemiddelde van het resultaat
tijdsverloop> : langzame drift in de loop van de tijd verwijderen

-Bewerk <Positie/bereikreeks in het formaat (tijdsbestek,slicepos,phasepos,readpos),nieuwe waarde
van voxel>: bewerk enkele voxel-waarden

-genmasker : Masker maken inclusief alle voxels met waarde
binnen bepaald bereik

-isotroop : beeldvoxels isotroop maken door interpolatie (beeld
geometrie zal niet veranderen)

-laagdoorlaat : Laagdoorlaatfiltering

-max : Clip alle waarden boven de maximale waarde

-maxi : Projectie met maximale intensiteit uitvoeren
over gegeven richting

-samenvoegen : gegevenssets samenvoegen tot één gegevensset door de tijddimensie uit te breiden

- min : Knip alle waarden onder de minimumwaarde

-minip : Voer projectie met minimale intensiteit uit
over gegeven richting

-geenNaN : Vervangt elke NaN door de gegeven waarde

-pflip : Gegevens in faserichting spiegelen

-prange : Selecteer bereik in
fase richting

-proj : Voer gemiddelde projectie uit over gegeven
richting

-kwantilmasker : Maak een masker inclusief alle voxels boven de gegeven fractionele
drempel

- opnieuw bemonsteren : Tijdelijk formaat wijzigen van afbeeldingsgegevens

-formaat : Ruimtelijk formaat van afbeeldingsgegevens

-restje : verkleint de afbeelding naar een gegeven
oriëntatie

-rflip : Gegevens in leesrichting spiegelen

-rot : Rotatie in het vlak

-schikken : Selecteer bereik in
lees richting

-schaal : Afbeeldingswaarden opnieuw schalen

-flip : gegevens in segmentrichting spiegelen

-verschuiving <readDirection-verschuiving [pixel],phaseDirection-verschuiving [pixel],sliceDirection-verschuiving
[pixel]> : gegevens ruimtelijk verschuiven

-snijtijd : Correct voor
verschillende acquisitietijdstippen van slices

-splitsen : splitst de
afbeelding in de opgegeven richting

-vreemd : Selecteer bereik in
plakrichting

-swapdim <[rps][-],[rps][-],[rps][-]> : dimensies omwisselen/reflecteren door een richting op te geven
triple met optioneel reflectieteken toegevoegd

-tegel : plakjes combineren tot een vierkant 2D-beeld

-vreemd : Selecteer bereik in
tijd richting

-tverschuiving : gegevens in de tijd verschuiven

-typemax : Clip alle waarden boven het maximum van een specifiek datatype

-typemin : Clip alle waarden onder het minimum van een specifiek datatype

-gebruikmasker : 1D-gegevensset maken inclusief alle waarden binnen masker uit bestand

Overige opties:
-v of voor het debuggen/traceren van alle componenten of een enkele
onderdeel, respectievelijk. Mogelijke waarden voor loglevel zijn: 0(noLog), 1(errorLog),
2(waarschuwingslog), 3(infolog).

-h, --help, -Help, --versie : Help-tekst of versie-informatie afdrukken

ondersteunde filet extensies (formaten):
3db (Iris3D binaire gegevens)

analyseren
(NIFTI/ANALYSE, dialecten: fsl )

asc (ASCII, dialecten: tcourse )

coi (JCAMP-DX-gegevenssets)

dat (Matlab ascii 2D datamatrix)

dcm (DICOM, dialecten: siemens )

dubbel (dubbele onbewerkte gegevens)

float (float onbewerkte gegevens)

gz (GNU-Zip-container voor andere formaten)

hdr (Interfile, dialecten: neurostat )

hdr (NIFTI/ANALYSE, dialecten: fsl )

idx (3D-indexen van niet-nullen in ASCII)

ima (DICOM, dialecten: siemens)

tussenbestand
(Interfile, dialecten: neurostat )

jdx (JCAMP-DX-beeldformaat)

mag (DICOM, dialecten: siemens )

mhd (MetaImage)

nii (NIFTI/ANALYSE, dialecten: fsl )

ph (DICOM, dialecten: siemens )

png (draagbare netwerkafbeeldingen)

pos (xy-posities van niet-nullen in ASCII)

pro (ODIN meetprotocollen)

reg (Ansoft HFSS ASCII)

s16bit (ondertekende 16-bits onbewerkte gegevens)

s32bit (ondertekende 32-bits onbewerkte gegevens)

s8bit (ondertekende 8-bits onbewerkte gegevens)

smp (JCAMP-DX-gegevenssets)

u16bit (onondertekende 16-bits onbewerkte gegevens)

u32bit (onondertekende 32-bits onbewerkte gegevens)

u8bit (onondertekende 8-bits onbewerkte gegevens)

Gebruik miconv online met onworks.net-services