mincstats - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mincstats - bereken eenvoudige statistieken over voxels van een minc-bestand

KORTE INHOUD

minstatistieken [ ] .mnc

PRODUCTBESCHRIJVING

Mincstats berekent eenvoudige statistische metingen over alle voxels van een minc-bestand.
Merk op dat dit globale statistische metingen zijn en geen voxel-voor-voxel-metingen (zie
mincagemiddelde daarom). Standaard worden alle statistieken berekend. Als er statistieken zijn
aangevraagd via een opdrachtregeloptie, worden alleen de gevraagde statistieken afgedrukt.

Een erg handige functie van dit programma is de mogelijkheid om de set voxels te beperken
opgenomen in de statistische berekening, hetzij door het bereik van opgenomen waarden te beperken,
of door een maskerbestand met een beperkt bereik te gebruiken. Meerdere bereiken voor het invoerbestand of
mask-bestand kan worden opgegeven. Voor elk bereik van opgenomen volumewaarden en voor elk bereik
van maskerwaarden worden de relevante statistieken afgedrukt (n*m-waarden, waarbij n het aantal is
van volumebereiken en m het aantal maskerbereiken). Deze berekeningen worden in één keer gedaan
de gegevens doorgeven, dus het specificeren van meerdere bereiken is veel sneller dan het uitvoeren van de
herhaaldelijk programmeren. Dit is erg handig bij het berekenen van veel regionale gemiddelden met a
VOI-maskervolume.

Speciale vermelding verdient histogrammen en gerelateerde statistische maatstaven. De
standaardbereik van het histogram is van de kleinste waarde in het bestand tot de grootste. In
het niet ongebruikelijke, maar speciale geval wanneer het aantal histogrambakken exact overeenkomt met de
aantal mogelijke waarden in het bestand (bijv. 256 bins voor full-range bytegegevens), de
histogram kan enkele vreemde kenmerken vertonen bij gebruik van het standaard histogrambereik. Dit
komt voort uit de discretisatie van de gegevens die vervolgens opnieuw worden samengevoegd tot een iets
niet-overeenkomend histgram. Voor het voorbeeld van bytegegevens zijn de waarden die moeten worden gebruikt 256
bins en een histogrambereik dat zich uitstrekt tot een halve bin onder de kleinste waarde en een halve bin
boven de grootste. Optie gebruiken -discrete_histogram om dit automatisch uit te werken, of gebruik
-geheel_histogram om bakken met eenheidsbreedte te hebben als de invoergegevens inherent geheel zijn
(bijv. labelgegevens). Over het algemeen moet men voorzichtig zijn met het opnieuw binnen van gediscretiseerd
gegevens naar een histogram met een bin-grootte die dicht bij het niveau van discretisatie ligt.

OPTIES

Houd er rekening mee dat opties in verkorte vorm kunnen worden opgegeven (zolang ze uniek zijn) en
kan overal op de opdrachtregel worden gegeven. De volgorde waarin de statistieken worden afgedrukt
zullen altijd hetzelfde zijn, ongeacht de volgorde waarin ze worden aangevraagd op de
opdrachtregel

Algemeen opties

-klodder
Een bestaand bestand overschrijven.

-geen klomp
Overschrijf een bestaand bestand niet (standaard).

-uitgebreid
Print extra informatie uit (meer dan standaard).

-rustig Print alleen de gevraagde nummers uit

-max_buffer_grootte_in_kb grootte
Specificeer de maximale grootte van de interne buffers (in kbytes). Standaard is 4 MB.

Ongeldig waarde opties

-negeer_nan
Sluit ongeldige waarden (buiten geldig bereik) uit van statistische berekeningen. Dit is
de standaard.

-include_nan
Behandel ongeldige waarden als nullen en neem ze op in statistische berekeningen.

-vervang_nan waarde
Vervang ongeldige waarden door de opgegeven waarde en voeg de nieuwe waarde toe
statistische berekeningen.

Volume reeks opties

-verdieping min1,min2, ...
Door komma's gescheiden lijst met ondergrenzen voor gegevensbereiken die in de statistiek moeten worden opgenomen
berekening.

-plafond max1,max2, ...
Door komma's gescheiden lijst met bovengrenzen voor gegevensbereiken die in de statistiek moeten worden opgenomen
berekening.

-bereik min1,max1,min2,max2, ...
Door komma's gescheiden lijst met onder- en bovengrenzen voor gegevensbereiken die moeten worden opgenomen
statistische berekening.

-binwaarde val1,val2, ...
Door komma's gescheiden lijst met integerwaarden die moeten worden opgenomen in de statistische berekening. Een bereik
van +/- 0.5 is gedefinieerd rond elke gespecificeerde waarde.

-masker bestandsnaam.mnc
Naam van het bestand dat moet worden gebruikt voor het maskeren van gegevens die zijn opgenomen in de statistische berekening. Voor
dit om enig effect te hebben, moet u een maskerbereik specificeren met een van de volgende
opties.

-masker_vloer min1,min2,...:
Like -verdieping, maar toegepast op het maskerbestand.

-mask_ceil max1,max2, ...
Like -plafond, maar toegepast op het maskerbestand.

-mask_bereik min1,max1,min2,max2, ...
Like -bereik, maar toegepast op het maskerbestand.

-mask_binwaarde val1,val2, ...
Like -binwaarde, maar toegepast op het maskerbestand.

histogram opties

-histogram bestandsnaam
Specificeer de naam van een bestand waarin het histogram wordt weggeschreven. Als meerdere reeksen
of maskerbereiken zijn opgegeven, dan worden alle histogrammen in dit bestand geschreven,
gescheiden door lege regels. Informatie die elk histogram beschrijft, is vooraf geschreven
het in regels die beginnen met het hekje (pond). Deze bestanden kunnen worden geladen
in gnuplot.

-hist_bins aantal bakken
Specificeer het aantal bins in het histogram.

-bakken aantal bakken
synoniem voor -hist_bins.

-hist_vloer Min
Specificeer ondergrens voor histogram.

-hist_ceil max
Specificeer bovengrens voor histogram.

-hist_bereik Min max
Geef een bereik op voor het histogram

-geheel_histogram
Maak bakken van eenheidsbreedte, gecentreerd rond gehele waarden. Dit is handig voor
gehele gegevens zoals labels. Het histogrambereik wordt afgerond op het dichtstbijzijnde gehele getal,
dan wordt de min verlaagd en de max verhoogd met 0.5. Het aantal bakken is genomen
als het verschil van deze twee waarden. Merk op dat 0.01 wordt toegevoegd aan het minimum en
afgetrokken van het maximum voorafgaand aan de afronding om ervoor te zorgen dat a
correct opgegeven bereik (bijv. [0.5,255.5]) blijft behouden. Als je wilt hebben
bins met gehele getallen die breder zijn dan één, moet u het histogrambereik bepalen
en aantal bakken zelf en maak geen gebruik van deze optie.

-discrete_histogram
Probeer het histogram af te stemmen op de discretisatie van de invoergegevens. Dit is
geschikt voor continue gegevens die zijn opgeslagen in een geheeltallige representatie en
wanneer een bakbreedte dicht bij de discretisatie gewenst is. Dit is vergelijkbaar met
-geheel_histogram, behalve dat het histogrambereik eerst wordt geconverteerd naar voxel
waarden die aan weerszijden worden afgerond en verlengd met een halve bak. Deze nieuwe voxel
bereik wordt vervolgens weer omgezet naar reële waarden. Het aantal bakken wordt genomen als de
verschil in het voxelwaardebereik. Merk op dat dit geen rekening houdt met variaties
bij slice-to-slice schaling, dus er kunnen nog steeds vreemde histogrameffecten optreden. Deze optie is
bedoeld om gedrag te geven dat vergelijkbaar is met dat van volume_statistieken.

-int_max_bins aantal bakken
Specificeer het grootste histogram dat automatisch op maat kan worden gemaakt met het bovenstaande
opties. De limiet voorkomt dat er per ongeluk grote histogrammen worden gemaakt. Deze optie
de oude vervangen -max_bakken optie in MINC 1.1.

Basic statistiek

-allemaal Bereken alle statistische maatregelen. Dit is de standaardinstelling.

-geen synoniem voor -telling (voor gelijkenis met volume_stats). Merk op dat hoewel dit was
nodig voor volume_statistieken, is het hier niet nodig, aangezien een van deze wordt gespecificeerd
opties automatisch uitgeschakeld -allemaal

-telling Tel het aantal voxels dat zich binnen het bereik en masker bevindt.

-percentage
Druk het percentage voxels af binnen het bereik en masker

-volume
Druk het volume van de voxels af binnen het bereik en masker (in mm-cubed).

- min Druk de minimale waarde af.

-max Druk de maximale waarde af.

-som Druk de som van alle waarden af.

-som2 Druk de som van de kwadraten van alle waarden af.

-gemeen Druk het gemiddelde af.

-variantie
Druk de afwijking af.

-stddev
Druk de standaarddeviatie af.

-scheefheid
Druk de voorbeeldscheefheid af (3e moment) .

-kurtose
Print het voorbeeld kurtosis (4e moment) .

-Com Druk het zwaartepunt af. Zowel de voxelcoördinaat als de wereldcoördinaten zijn
gedrukt. De voxelcoördinaten worden in bestandsvolgorde afgedrukt, terwijl de wereld
coördinaten worden afgedrukt in x,y,z volgorde.

-com synoniem voor -Com.

-wereld_alleen
Print het zwaartepunt alleen in wereldcoördinaten.

histogram statistiek

Houd er rekening mee dat histogramstatistieken uitsluitend worden afgeleid van het aantal histogrammen en de bin
centra, dus resultaten zoals de mediaan zullen niet precies hetzelfde zijn als de werkelijke waarde voor
alle inbegrepen voxels. De fout op de mediaan kan bijvoorbeeld zo groot zijn als een halve bak
breedte. Bovendien, als het bereik van het histogram kleiner is dan dat van opgenomen voxels, dan is de
resultaat is alleen van toepassing op voxels die in het histogram zijn opgenomen.

-hist_count
Print het aantal voxels in het histogram. Dit kan afwijken van het aantal
opgenomen en gemaskeerde voxels als het histogrambereik kleiner is dan het bereik van de
opgenomen gegevens.

-hist_procent
Afdrukpercentage voxels opgenomen in histogram.

-mediaan
Druk de histogrammediaan af.

-meerderheid
Druk het midden van de bak (intensiteitswaarde) af voor de bak met de meeste tellingen.

-biModaalT
Druk de bimodale drempel af die het volume in twee klassen scheidt. De standaardwaarde is
om de otsu-methode te gebruiken (zie opties hieronder)

-otsu Gebruik de methode beschreven in Otsu N, "A Threshold Selection Method from Grey-level
Histogrammen", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 tot
bereken de drempel

- kittelaar
Gebruik het Kittler&Illingworth '86-algoritme om de bimodale drempel te berekenen.
Kittler, J. & Illingworth J., "Minimale foutdrempels", patroonherkenning,
deel 19, blz. 41-47, 1986.

-kapoer Gebruik de Kapur et al. '85-algoritme om de bimodale drempel te berekenen. Kapur,
Sahoo & Wong "Een nieuwe methode voor beelddrempels op grijsniveau met behulp van de entropie van
het histogram", Computer Vision, Graphics, and Image Processing, vol 29, pp
273-285, 1985.

-gemakkelijk
Gebruik een eenvoudig middelmatig algoritme om de bimodale drempel te berekenen. Dit is meer
rekenkundig duurder dan sommige van de alternatieven, en lijkt niet te werken
goed werk. Maar het lijkt robuuster dan sommige andere methoden.

-pctT Druk de drempel af die nodig is voor een bepaald kritiek percentage van het histogram.

-entropie
Druk de Shannon-entropie af.

H(x) = - Som(P(i) * log2(P(i))

waarbij P(i) de bin-kans is

Algemeen opties For allen commando's:

-Help Druk een samenvatting van de opdrachtregelopties af en sluit af.

-versie
Druk het versienummer van het programma af en sluit af.

Gebruik mincstats online met behulp van onworks.net-services