miniasme - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

miniasm - de novo assembler voor lange leesreeksen

KORTE INHOUD

miniasme [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s min Span] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapVerschil] [-d maxBubAfst] [-e minUtgGrootte] [-f leesBestand] [-n
nRonden] [-r dropRatio] [-F definitieveDropRatio] [-p uitvoerInfo] mapping.paf > uitvoer.gfa

PRODUCTBESCHRIJVING

Miniasm is een zeer snelle OLC-gebaseerde de novo-assembler voor luidruchtige lange leesbewerkingen. Het duurt alles-tegen-
ze lezen allemaal zelftoewijzingen in het PAF-formaat als invoer en voeren een assemblagegrafiek uit in de GFA
formaat. Anders dan reguliere assembleurs kent miniasme geen consensusstap. Het
voegt eenvoudigweg stukjes gelezen reeksen samen om de uiteindelijke eenheidsreeksen te genereren. Dus
het foutenpercentage per basis is vergelijkbaar met de onbewerkte invoerwaarden.

OPTIES

Voorselectie opties
-m INT Verwijder toewijzingen met minder dan INT bijpassende bases (col10 in PAF) [100]. Dit
optie heeft dezelfde rol als -L van minimap.

-s INT Laat toewijzingen korter dan vallen INT-bp [1000]. Deze optie heeft ook invloed op de tweede
ronde van leesfiltering en minimale overlaplengte.

-i FLOAT Negeer tijdens het leesfilter de toewijzingen met col10/col11 hieronder FLOAT [0.05].
Genegeerde toewijzingen worden nog steeds gebruikt voor leesoverlappingen.

-c INT Minimale dekking door andere lezingen [3]. In de eerste filterronde, miniasme
vindt het langste gebied dat wordt gedekt door INT of meer gelezen. In de tweede ronde is het
vereist bovendien dat elke resterende basis wordt gedekt door INT basis tenminste
min Span/2 vanaf het einde van andere lezingen.

Overlappende opties
-o INT Minimale overlaplengte [zelfde als min Span]

-h INT Maximale overhanglengte [1000]. Een overhang is een niet in kaart gebrachte regio die dat wel zou moeten zijn
in kaart gebracht gegeven een echte overlap of echte insluiting. Als de overhang te lang is,
de mapping wordt beschouwd als een interne match en wordt genegeerd.

-I FLOAT Minimale verhouding van mappinglengte tot mapping+overhanglengte voor een mapping
beschouwd als een insluiting of een overlap [0.8]. Deze optie heeft een vergelijkbare rol als
-h, behalve dat het de verhouding regelt, niet lengte.

Diagram lay-out opties
-g INT Maximale verschillen tussen twee metingen in een mapping [1000]. Deze parameter is
alleen gebruikt voor transitieve reductie.

-d INT Maximale sondeerafstand voor het knappen van bellen [50000]. Bubbels langer dan INT
zal niet worden gepoft.

-e INT Een unitig wordt als klein beschouwd als deze uit minder dan bestaat INT leest [4].
Miniasme kan in verschillende stappen proberen kleine eenheden te verwijderen.

-f FILE Lees het sequentiebestand in FASTA- of FASTQ-formaat voor het genereren van unitige sequenties
[nul]. Als deze optie ontbreekt, produceert miniasm een ​​GFA-uitvoer zonder
sequenties.

-r FLOAT1,[FLOAT2]
Max. en min. overlapvalratio [0.7,0.5]. Laat overlap(v->w) de overlap zijn
lengte van rand v->w en maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} is de lengte van de grootste
overlappen. Miniasme-dalingen overlappen v->w als overlap(v->w)/maxovlp(v) kleiner is dan a
drempel die door deze optie wordt geregeld. Miniasme is van toepassing nRonden rondes kort
overlapverwijdering met een toenemende drempel ertussen DRIJVEN1 en DRIJVEN2.

-n INT Rondes voor het verwijderen van korte overlappingen [3].

-F FLOAT Overlappingsvalratiodrempel na korte unitige verwijdering [0.8]

Diversen opties
-b Geef aan dat in de invoer waarschijnlijk twee keer dezelfde toewijzing wordt gegeven

-1 Sla de eerste ronde van de leesselectie vóór de montage over

-2 Sla de tweede ronde van de leesselectie vóór de montage over

-p STR Uitvoerinformatie en formaat [ug]. Mogelijk STR waarden omvatten - bed: na-
gefilterde leesgebieden in het BED-formaat; paf: toewijzingen tussen nagefilterd
leest; sg: lees de overlapgrafiek in het GFA-formaat; ug: unitige grafiek in de BVO
formaat.

-V Versienummer afdrukken naar stdout

INVOER FORMAT

Miniasm leest kaartposities in het Pairwise mApping Format (PAF), een TAB-
gescheiden tekstformaat waarbij elke regel uit ten minste 12 velden bestaat, zoals beschreven in
de volgende tabel:

┌────┬────────┬───────────────────────── ────────── ──────────────────────────┐
│Col │ Type │ Omschrijving │
├────┼────────┼───────────────────────── ────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ tekenreeks │ Queryreeksnaam │
│ 2 │ int │ Queryreekslengte │
│ 3 │ int │ Query startcoördinaat (0-gebaseerd) │
│ 4 │ int │ Query eindcoördinaat (0-gebaseerd) │
│ 5 │ char │ `+' als vraag en doel op dezelfde streng zijn; `-' indien tegengesteld aan │
│ 6 │ tekenreeks │ Naam doelreeks │
│ 7 │ int │ Doelreekslengte │
│ 8 │ int │ Beoogde startcoördinaat op de oorspronkelijke streng │
│ 9 │ int │ Doeleindcoördinaat op de oorspronkelijke streng │
│ 10 │ int │ Aantal overeenkomende bases in de mapping │
│ 11 │ int │ Getalbases, inclusief hiaten, in de mapping │
│ 12 │ int │ Kaartkwaliteit (0-255 met 255 voor ontbrekend) │
└────┴────────┴───────────────────────── ────────── ──────────────────────────┘

Alsjeblieft zie minikaart(1) voor de gedetailleerde beschrijving van elk veld.

OUTPUT FORMAT

Miniasm voert de assembly uit in het Graphical Fragment Assembly-formaat (GFA). Het is een
lijngebaseerd, TAB-gescheiden formaat, waarbij de eerste letter het type lijn aangeeft.
De volgende tabel geeft de lijntypen weer die door miniasm worden gebruikt:

┌─────┬─────────────┬─────────────────── ────────── ───────────────────────┐
│Lijn │ Opmerking │ vast velden │
├──-- Je JeXNUMX -Ben je ───CCoelleven
│ H │ Koptekst │ N.v.t. │
│ S │ Segment │ segNaam segSeq │
│ L │ Overlap │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ een │ Gouden pad │ utgName utgStart readName:start-end readOri lengte │
└─────┴─────────────┴─────────────────── ────────── ───────────────────────┘

Gebruik miniasm online met behulp van onworks.net-services