bp_papplmaker.plp — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

papplmaker.PLS - Generator modułów narzędzi analitycznych

STRESZCZENIE

# Uzyskać pomoc
papplmaker.PLS -h

# wygeneruj moduł dla programu 'seqret'
papplmaker.PLS -n edytuj.seqret

# to samo, ale określ, gdzie znaleźć „seqret”
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://localhost:8080/oś/usługi

# to samo, ale określ metodę dostępu inną niż domyślna na „seqret”
papplmaker.PLS -n edit::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-korba

# generować moduły dla wszystkich dostępnych analiz
# (przy użyciu domyślnej lokalizacji i domyślnej metody dostępu)
papplmaker.PLS

# nie generuj, ale zobacz, co zostanie wygenerowane
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# wygeneruj moduł do analizy 'edit::seqret'
# ale nazwij to „MySeqret”
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MójSeqret

# ...i użyj go
użyj MySeqret;
wydrukuj nowy MySeqret->sequence_direct_data ('tatataccgt')
->osformatuj ('embl')
->czekaj_na
->outseq;

# to samo, ale umieść wynik w katalogu „/tmp/my”
# (katalogi nie muszą istnieć)
papplmaker.PLS -n edit::seqret -m MójSeqret -d /tmp/my/

# generować moduły dla wszystkich analiz, których nazwy
# pasuje do podanego wyrażenia regularnego (wielkość liter nie ma znaczenia)
papplmaker.PLS -r 'edytuj'

# to samo, ale nazwa wygenerowanego modułu z własnymi nazwami
# (pozwalając papplmaker.PLS zastąpić części twoich imion)
papplmaker.PLS -r 'edytuj' -m 'Moja_$ANALIZA'

OPIS

Moduł „Bio::Tools::Run::Analiza” zapewnia dostęp do lokalnej i zdalnej analizy
narzędzia w ujednolicony sposób (zdefiniowane w „Bio::AnalysisI”). W module zastosowano podejście ogólne
pozwalając na ustawienie dowolnych danych wejściowych i pobieranie wyników poprzez ich nazwanie. Jednakże,
czasem wygodniej jest skorzystać z konkretnego modułu, reprezentującego jedno narzędzie analityczne,
który już wie o dostępnych nazwach wejść i wyników.

Generator „papplmaker.PLS” tworzy takie dedykowane moduły.

"papplmaker.PLS" używa tej samej metody dostępu co moduł ogólny - co oznacza, że
w zależności od parametru „dostęp” może używać SOAP, CORBA lub dowolnego innego (obsługiwanego)
protokołu lub może uzyskać dostęp do analizy lokalnej (dostępnej na tej samej maszynie, na której
jest wywoływany „papplmaker.PLS”).

„papplmaker.PLS” wykonuje swoje zadanie albo dla jednej nazwanej analizy (określonej opcją „-n”,
lub używa modułu „Bio::Tools::Run::AnalysisFactory”, aby dowiedzieć się, jakie analizy są
dostępne i może ograniczyć ich liczbę, dopasowując je do wyrażenia regularnego podanego przez
opcja „-r”.

Wygenerowany moduł lub moduły mają domyślnie nazwy podobne do nazw modułów
odpowiednich analiz, ale można to zmienić za pomocą opcji „-m”, która w rzeczywistości jest a
szablon, w którym następujące ciągi są rozpoznawane i zastępowane:

$ANALYSIS lub ${ANALYSIS}
Zostanie zastąpiony nazwą analizy.

$CATEGORY lub ${CATEGORY}
Zostanie zastąpiony nazwą kategorii, do której należy analiza.

$SERVICE lub ${SERVICE}
Zostanie zastąpiony pełną nazwą usługi (która zwykle jest konkatenacją
kategorii i nazwy analizy, a także jest używana jako domyślna nazwa modułu, btw).

Jaka jest różnica między „usługą” a „analizą” i co oznacza „kategoria”?
Czasami te terminy mogą być mylące, ponieważ mogą oznaczać nieco inne rzeczy
w zależności od metody dostępu używanej do komunikacji z nimi. Ogólnie rzecz biorąc, „analiza” jest
program (aplikacja, narzędzie) działający gdzieś, ale czasami na lokalnej maszynie. Jakiś
przykładem analizy jest "seqret" (z pakietu EMBOSS). Analizy można grupować
na kategorie według ich funkcji lub typu danych, z którymi mają do czynienia (ale czasami tam
nie ma w ogóle kategorii). Dostęp do każdej analizy można uzyskać za pomocą wyższego poziomu
abstrakcja, „usługa”. Usługa jest zwykle opakowaniem zależnym od protokołu, takim jak Web
Usługa lub usługa CORBA. Na przykład istnieje usługa „edit::seqret”, która
reprezentuje analizę „seqret” w kategorii „edycja”.

INFORMACJE ZWROTNE

Mailing wykazy
Informacje zwrotne od użytkowników są integralną częścią ewolucji tego i innych modułów Bioperl. Wysłać
swoje uwagi i sugestie najlepiej na listę mailingową Bioperl. Twój udział
jest bardzo doceniane.

[email chroniony] - Ogólna dyskusja
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - O listach mailingowych

Raportowanie Błędy
Zgłaszaj błędy do systemu śledzenia błędów Bioperl, aby pomóc nam śledzić błędy i ich
Rezolucja. Zgłoszenia błędów można przesyłać przez Internet:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Korzystaj z bp_papplmaker.plp online, korzystając z usług onworks.net