Jest to polecenie bp_seqfeature_loadp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_seqfeature_load.pl - Załaduj GFF do bazy danych SeqFeature
OPIS
Przekaż dowolną liczbę plików w formacie GFF lub fasta (lub GFF z osadzoną fasta), aby załadować plik
cechy i sekwencje do bazy danych SeqFeature. Baza danych (i adapter), której należy użyć, to
określone w wierszu poleceń. Użyj flagi --create, aby utworzyć nową bazę danych SeqFeature.
STRESZCZENIE
bp_seqfeature_load.pl [opcje] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]
Wypróbuj 'bp_seqfeature_load.pl --help' lub '--man', aby uzyskać więcej informacji.
OPCJE
-d, --dsn
Źródło danych DBI (domyślne dbi:mysql:test)
-n, --przestrzeń nazw
Prefiks tabeli, którego należy użyć (domyślnie undef) Umożliwia kilka niezależnych funkcji sekwencji
bazy danych, które mają być przechowywane w jednej bazie danych
-s, --seqfunkcja
Typ SeqFeature do utworzenia... RTSC (domyślny Bio::DB::SeqFeature)
-a, --adapter
Adapter pamięci masowej (klasa) do użycia (domyślnie DBI::mysql)
-v, --pełne
Włącz szczegółowe raportowanie postępu (domyślnie true) Użyj opcji --noverbose, aby wyłączyć tę opcję.
-f, --szybko
Aktywuj szybkie ładowanie. (domyślnie 0) Dostępne tylko w przypadku niektórych adapterów.
-T, --katalog-tymczasowy
Określ katalog tymczasowy do szybkiego ładowania (domyślny File::Spec->tmpdir())
-i, --ignore-seqregion
Jeśli to prawda, zignoruj dyrektywy ##sequence-region w pliku GFF3 (domyślnie utwórz plik
funkcja dla każdego regionu)
-c, --tworzenie
Utwórz bazę danych i zainicjuj ją ponownie (domyślnie false). Uwaga, spowoduje to usunięcie poprzednich
zawartość bazy danych, jeśli istnieje.
-u, --użytkownik
Użytkownik do połączenia z bazą danych jako
-p, --hasło
Hasło używane do łączenia się z bazą danych
-z, --zip
Kompresuj tabele bazy danych, aby zaoszczędzić miejsce (domyślnie false)
-S, --podfunkcje
Włącz indeksowanie podfunkcji (domyślnie true) Użyj opcji --nosubfeatures, aby to wyłączyć.
--streszczenie
Generuj statystyki podsumowujące dla wykresów pokrycia (domyślnie fałszywe). Można to uruchomić na a
wcześniej załadowanej bazy danych lub w trakcie ładowania. Domyślnie będzie mieć wartość true, jeśli --create jest
używany.
-N, --nopodsumowanie
Nie generuj statystyk podsumowujących, aby zaoszczędzić trochę miejsca i czasu ładowania (domyślnie if
--create nie jest określone, użyj tej opcji, aby jawnie wyłączyć statystyki podsumowujące
gdy określono --create)
--noalias-target
Nie twórz atrybutu Alias, którego wartością jest target_id w atrybucie Target (if
funkcja zawiera atrybut Target, domyślnie tworzony jest atrybut Alias
którego wartością jest target_id w atrybucie Target)
Proszę zobaczyć http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml aby uzyskać informacje na temat GFF3
format. BioPerl nieznacznie rozszerza format, dodając dyrektywę ##index-subfeatures. Ustawić
ustaw tę wartość na prawdziwą, jeśli chcesz, aby baza danych mogła pobrać funkcję
poszczególne części (takie jak eksony transkryptu) niezależnie od najwyższego poziomu
funkcja:
##podfunkcje indeksu 1
Możliwe jest również kontrolowanie indeksowania podfunkcji indywidualnie dla każdego przypadku
dodanie „indeks=1” lub „indeks=0” do listy atrybutów obiektu. Należy tego używać
dla podfunkcji.
Indeksowanie podfunkcji jest domyślnie włączone. Ustaw na false (0), aby zaoszczędzić dużo miejsca w bazie danych
i szybkość działania. Możesz użyć --nosubfeatures, aby to wymusić.
Użyj bp_seqfeature_loadp online, korzystając z usług onworks.net
