fa2htgs - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

fa2htgs - formater do przesyłania projektów sekwencjonowania genomu o dużej przepustowości

STRESZCZENIE

fa2htgs [-] [-6 str] [-7 str] [-A filename] [-C str] [-D] [-L filename] [-M str] [-N]
[-O filename] [-P str] [-Q filename] [-S str] [-T filename] [-X] [-a str] [-b N] [-c str]
[-d str] [-e filename] [-f] -g str [-h str] [-i filename] [-k str] [-l N] [-m] [-n str]
[-o filename] [-p N] [-q] [-r str] -s str [-t filename] [-u] [-v] [-w] [-x str]

OPIS

fa2htgs to program służący do generowania Seq-submits (pliku przesyłania sekwencji ASN.1).
projekty sekwencjonowania genomu o dużej przepustowości.

fa2htgs odczyta plik FASTA (lub plik Ace Contig z wartościami jakości sekwencji Phrap),
plik szablonu zgłoszenia Cequin (w celu uzyskania informacji kontaktowych i cytatów dla
przesłania) i szereg argumentów wiersza poleceń (patrz poniżej). Ten program będzie wtedy
łączy te informacje, aby przygotować zgłoszenie odpowiednie dla GenBank. Kiedy już to zrobisz
wygenerował plik zgłoszenia, należy postępować zgodnie z protokołem przesyłania (zobacz plik README
obecne na Twoim koncie FTP lub wysłane do Twojego Centrum).

fa2htgs jest przeznaczony do automatyzacji za pomocą skryptów do masowego przesyłania bez adnotacji
sekwencja genomu. Można go łatwo rozszerzyć z obecnej prostej formy, aby umożliwić więcej
skomplikowane przetwarzanie. Zgłoszenie przygotowane z fa2htgs można też wczytać
cekin(1), a następnie obszerniej opatrzony komentarzem.

Pytania i wątpliwości dotyczące tego protokołu przetwarzania lub sposobu korzystania z tego narzędzia powinny być
przekazane do[email chroniony]>.

OPCJE

Podsumowanie opcji znajduje się poniżej.

- Wydrukuj wiadomość o użyciu

-6 str Klon SP6 (np. Contig1, po lewej)

-7 str Klon T7 (np. Contig2, po prawej)

-A filename
Nazwa pliku wejściowego listy akcesyjnej (wzajemnie wykluczające się z -T i -i). Wejście
plik zawiera tabelę rozdzielaną tabulatorami zawierającą od trzech do pięciu kolumn, które stanowią dodatek
numer, pozycja początkowa, pozycja końcowa oraz (opcjonalnie) długość i splotka. Jeśli
start > stop, używana jest nić ujemna przywoływanego przystąpienia. Jest luka
oznaczone słowem „luka” zamiast przystąpienia, 0 na początku i na końcu
pozycji i liczbę oznaczającą długość.

-C str Nazwa biblioteki klonowania (pojawi się jako /clone-lib="str" w funkcji źródłowej)

-D Sekwencja HTGS_DRAFT

-L filename
Przeczytaj porządek phrap contig z filename. Jest to plik rozdzielany tabulatorami, który może być
używany do sterowania kolejnością kontigów (zwykle określany przez -P), jak również
wskazując końce SP6 i T7. Można go również zastosować, gdy wiadomo, że istnieją kontigi
w przeciwnej orientacji. Na przykład:

Pozostał Contig2 + 1 SP6
Kontig3 + 1
Contig1 - T7 w prawo

Pierwsza kolumna to nazwa kontigu, druga to orientacja, trzecia to
grupa_fragmentów, czwarta wskazuje koniec SP6 lub T7, a piąta mówi
z której strony końca SP6 lub T7 usunięto wektor.

-M str Nazwa mapy (pojawi się jako /mapa="str" w funkcji źródłowej)

-N Adnotuj fragmenty_zespołu

-O filename
Przeczytaj komentarz z filename (maksymalnie 100 znaków w wierszu; ~ jest łamaniem linii i `~
jest dosłownym ~. Możesz sprawdzić format za pomocą PSCekin(1).)

-P str Kontigi, których należy użyć, oddzielone przecinkami. Jeśli -P nie jest oznaczony symbolem -T opcja,
następnie fragmenty zostaną umieszczone w kolejności, w jakiej znajdują się w pliku as (tj
odpowiednie dla zapisu fazy 1, ale nie dla fazy 2 lub 3). Jeśli chcesz ustawić
kolejność segmentów pliku as, musisz ustawić ją za pomocą -P flaga,
lubię to: -P "Contig1,Contig4,Contig3,Contig2,Contig5"

-Q filename
Przeczytaj wyniki jakości z filename

-S str Nazwa szczepu

-T filename
Nazwa pliku wejściowego phrap (wzajemnie wykluczająca się z -A i -i)

-X Współrzędne w pliku wejściowym znajdują się w wynikowej sekwencji podzielonej na segmenty. (Podstawy
Od 1 do n każdego przystąpienia.) W przeciwnym razie współrzędne znajdują się na
indywidualne przystąpienia, które nie muszą zaczynać się od podstawy 1 rekordu.

-a str przystąpienie do GenBanku; użyj wtedy i tylko wtedy, gdy aktualizujesz sekwencję.

-b N Długość przerwy (domyślnie = 100; dozwolona jest dowolna wartość od 0 do 1000000000)

-c str Nazwa klona (pojawi się jako / klon w funkcji źródłowej; może być taki sam jak -s)

-d str Tytuł sekwencji (pojawi się w GenBank OKREŚLENIE linia)

-e filename
Loguj błędy do filename

-f słowo kluczowe htgs_fulltop

-g str Znacznik Genome Center (prawdopodobnie taki sam jak nazwa logowania na serwerze FTP NCBI)

-h str Chromosom (pojawi się jako /chromosom w funkcji źródłowej)

-i filename
Nazwa pliku dla wejścia fasta (domyślnie to stdin; wzajemnie się wykluczają z -A i -T)

-k str Dodaj dostarczony ciąg jako słowo kluczowe.

-l N Długość sekwencji w bp (domyślnie = 0). Długość jest sprawdzana z rzeczywistą
liczbę zasad, które otrzymamy. W przypadku sekwencji fazy 1 i 2 służy ona również do oszacowania luki
długości. W przypadku rekordów fazy 1 i 2 ważne jest użycie liczby WIĘKSZEJ niż
ilość dostarczonego nukleotydu, w przeciwnym razie spowoduje to fałszywe „przerwy”. Tutaj
zakłada się, że zostanie użyta przypuszczalna pełna długość BAC lub kosmidu. Tam
powinno znajdować się co najmniej 20 do 30 `n' pomiędzy segmentami (możesz to sprawdzić w
Cekin), ponieważ zapewni to prawidłowe zachowanie, gdy ta sekwencja zostanie użyta z BLAST.
W przeciwnym razie „sztuczni” niepowiązani sąsiedzi segmentów mogą zostać zbliżeni do siebie
siebie nawzajem.

-m Pobierz komentarz z szablonu

-n str Nazwa organizmu (domyślnie = Homo sapiens)

-o filename
Nazwa pliku wyjściowego asn.1 (domyślnie = stdout)

-p N Faza HTGS:
1 Zbiór nieuporządkowanych kontigów z przerwami o nieznanej długości. Faza 1
rekord musi mieć co najmniej dwa segmenty z jedną przerwą. (domyślny)
2 Szereg uporządkowanych kontigów, prawdopodobnie o znanych długościach przerw. To mógłby być
pojedyncza sekwencja bez przerw, jeśli sekwencja zawiera niejednoznaczności do rozwiązania.
3 Pojedyncza ciągła sekwencja. Ta sekwencja jest skończona, ale nie
koniecznie z adnotacją.

-q htgs_cancelled słowo kluczowe

-r str Uwaga dotycząca aktualizacji (krótki komentarz opisujący charakter aktualizacji, np. „nowy
sekwencja”, „nowy cytat” lub „zaktualizowane funkcje”)

-s str Nazwa sekwencji. Sekwencja musi mieć nazwę unikalną w obrębie genomu
Centrum. Używamy kombinacji nazwy centrum genomu (-g argument) i
nazwa sekwencji (-s), aby prześledzić tę sekwencję i porozmawiać z Tobą na ten temat. Imię
może mieć dowolną formę, ale musi być unikalny w obrębie twojego centrum.

-t filename
Nazwa pliku szablonu Seq-submit (domyślnie = template.sub)

-u Pobierz bioźródło z szablonu

-v Słowo kluczowe htgs_activefin

-w Flaga strzelby z całego genomu

-x str Dodatkowe numery dostępu oddzielone przecinkami, st U10000,L11000.

W niektórych przypadkach duży segment zastąpi inny lub grupę innych elementów przystąpienia
liczby (rekordy). Te rekordy, które nie są już potrzebne w GenBanku, powinny być
zrobione drugorzędnie. Używając -x argumentem, możesz wyświetlić żądane numery dostępu
uczynić wtórnym. Spowoduje to, że będziemy musieli usunąć numer(y) dostępu z
GenBank i nie będzie już częścią wersji GenBank. Niemniej jednak to zrobią
będzie dostępny w Entrez.

GREAT CARE należy to wziąć pod uwagę, używając tego argumentu!!! Niewłaściwe użycie przystąpienia
numery tutaj spowodują niewłaściwe wycofanie rekordów GenBank
GenBank, EMBL i DDBJ. Podajemy ten parametr dla wygody przesyłania
środkach, ale może zaistnieć potrzeba ich usunięcia, jeśli nie będą używane ostrożnie.

Korzystaj z fa2htgs online, korzystając z usług onworks.net