gdcmimg — Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gdcmimg - Manipuluj plikiem obrazu DICOM.

gdcmimg to narzędzie niskiego poziomu umożliwiające dekapsulację/enkapsulację z/do obrazu DICOM. To narzędzie to robi
nie rozumiem konwersji składni transferu. Będzie hermetyzował surowe dane w niezmienionej postaci. Ten
w niektórych przypadkach ma pewien wpływ, zobacz specjalne ostrzeżenia poniżej.

Należy zauważyć, że gdcmimg może na przykład hermetzować tylko odpowiedni plik wejściowy
Akceptowane są formaty JPG i/lub JP2, ponieważ można znaleźć powiązaną składnię transferu DICOM.
Jednak dane wejściowe takie jak TIFF i/lub PNG nie są, ponieważ DICOM ich nie obsługuje. Widzieć
zamiast tego narzędzie takie jak gdcm2vtk.

STRESZCZENIE

gdcmimg [opcje] wejście pliku-wyjście

OPIS

gdcmimg narzędzia wiersza poleceń można używać na dwa sposoby:

· 1. Konwersja rozpoznanego formatu pliku na jego hermetyzowany odpowiednik DICOM,

· 2. Anonimizacja prostokątnej części pliku DICOM.

PARAMETRY

nazwa pliku wejściowego pliku wejściowego (inna niż DICOM)

plik wyjściowy DICOM nazwa pliku wyjściowego

OPCJE

-i --input Wprowadź nazwę pliku
-o --output Nazwa pliku wyjściowego

KONKRETNY OPCJE

--endian %s Endianowość (LSB/MSB).
-d --głębia %d Głębokość (Albo 8/16/32, albo przydzielone bity, np. 12, jeśli jest znane).
--sign %s Znak piksela (0/1).
--spp %d Próbka na piksel (1/3).
-s --rozmiar %d,%d Rozmiar.
-C --sop-class-uid SOP UID klasy (nazwa lub wartość).
-T --study-uid UID badania.
-S --series-uid UID serii.
--root-uid Główny identyfikator użytkownika.

NAPEŁNIĆ OPCJE

-R --region %d,%d Region.
-F --fill %d Wypełnij określoną wartością pikseli.

GENERAŁ OPCJE

-h --pomoc
wydrukuj ten tekst pomocy i wyjdź

-v --wersja
wydrukuj informacje o wersji i wyjdź

-V --pełne
tryb szczegółowy (ostrzeżenie+błąd).

-W --ostrzeżenie
tryb ostrzegawczy, drukuj informacje ostrzegawcze

-E --błąd
tryb błędu, drukowanie informacji o błędzie

-D --debuguj
tryb debugowania, drukuj informacje debugowania

ŚRODOWISKO ZMIENNA

GDCM_ROOT_UID Główny identyfikator użytkownika

UTRZYMANY FILE FORMAT (ODPOWIEDNI FILE ROZSZERZENIE)

gdcmimg oprze swój proces konwersji na podstawie rozszerzenia pliku. Podąża za listą
rozpoznane rozszerzenie pliku. Jeżeli nie zostanie znalezione żadne rozszerzenie, przyjmuje się, że jest to plik DICOM.

format wejściowy

* RAW (surowy, rawl, szary, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM()

format wyjściowy:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM()

W przypadku plików w formacie RAW należy szczególnie zadbać o opcję –endian. Dla (starego)
Obsługiwany jest format pliku JPEG, obsługiwany jest zarówno format stratny, jak i bezstratny, użytkownik powinien zapłacić
zwróć uwagę na opcję –sign. W przypadku formatów plików takich jak RLE lub RAW użytkownik powinien to zrobić
uzupełnij informacje wymagane do znalezienia wymiaru i rodzaju danych wejściowych, ponieważ nie ma
inny sposób na znalezienie tych informacji. W przypadku wszystkich innych formatów plików właściwości są wyprowadzane
z samego formatu pliku.

Plik PNM powinien być big endianem (ważne dla głębokości > 8)

TYPOWY ZASTOSOWANIE

Usunąć a prostokątny część of dotychczasowy obraz
Aby wypełnić obszar [0,100]x[0,100] obrazu DICOM, po prostu wykonaj:

$ gdcmig --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

Ostrzeżenie: jeśli dane pikseli są skompresowane, obraz jest najpierw dekompresowany do odpowiedniego piksela
można ustawić na 0, ale nie jest on ponownie kompresowany.

konwertować RAW do DICOM
Rozpoznawane rozszerzenie to .raw, .rawl, .gray lub .rgb (wielkość liter nie ma znaczenia)

$ gdcmimg --rozmiar 512,512 --głębokość 16 -i wejście.raw -o wyjście.dcm

obraz będzie przechwyceniem wtórnym.

Gdy dane wejściowe są 3-składnikowe, należy wyraźnie określić liczbę próbek na piksel:

$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw Output_rgb.dcm

Gdy nazwa pliku zawiera rozszerzenie .rgb, plik wyjściowy jest automatycznie rozpoznawany jako
RGB nie trzeba podawać –spp

$ gdcmimg --rozmiar 512,512 wejście.rgb wyjście_rgb.dcm

Możesz użyć dd cmd, aby pominąć dowolny nagłówek, który chcesz odrzucić, na przykład if
chcesz pominąć pierwsze 108 bajtów, po prostu wykonaj:

$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw

Rozszerzenia .raw i .rawl są równoważne. Musisz jawnie określić endianowość
ręcznie:

$ gdcmimg --endian MSB --rozmiar 512,512 --głębokość 16 -i wejście.raw -o wyjście.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --rozmiar 512,512 --głębokość 16 -i wejście.raw -o wyjście.dcm

konwertować PGM/PNM/PPM do DICOM
Rozpoznawane rozszerzenia to .pgm, .pnm, .ppm (wielkość liter nie ma znaczenia)

$ gdcmimg -i wejście.pgm -o wyjście.dcm

obraz będzie przechwyceniem wtórnym

konwertować RLE do DICOM
Rozpoznawane rozszerzenie to .rle (wielkość liter nie ma znaczenia)

$ gdcmimg --rozmiar 512,512 --głębokość 16 -i wejście.rle -o wyjście.dcm

obraz będzie przechwyceniem wtórnym

konwertować JPEG do DICOM
Rozpoznawane rozszerzenia to .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (wielkość liter nie ma znaczenia)

$ gdcmimg -i wejście.ljpeg -o wyjście.dcm

obraz będzie przechwyceniem wtórnym

konwertować J2K do DICOM
Rozpoznawane rozszerzenia to .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (wielkość liter nie ma znaczenia)

$ gdcmimg -i wejście.j2k -o wyjście.dcm

obraz będzie przechwyceniem wtórnym.

Wszystkie informacje o pikselach (przechowywane/przydzielone bity...) będą pochodzić z samego obrazu,
a nie z opcji wiersza poleceń.

Określanie a SOP Klasa NIP (VAT)
Zamiast domyślnej dodatkowej pamięci przechwytywanej obrazu, można określić, powiedzmy VL
Przechowywanie obrazów fotograficznych.

$ gdcmig --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm

WIELOKROTNOŚĆ AKTA

gdcmimg ładnie obsługuje zestaw plików (na przykład jpeg):

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg wyjście.dcm

Ważne jest, aby określić klasę SOP, która w przeciwnym razie obsługuje obrazy wieloklatkowe
gdcmimg zakończy się niepowodzeniem.

START OFFSET

W niektórych przypadkach można utworzyć plasterek 2D z dowolnej objętości (np. 3D). W
w którym przypadku –offset przydaje się:

$ gdcmimg --offset 4954104330 --rozmiar 1673,1673 Wejście3D_1673_1673_1775.raw plasterek_1770.dcm

OSTRZEŻENIE

Istnieje kilka problemów z implementacją gdcmimg:

W przypadku pliku RAW należy zwrócić uwagę, że w przypadku użycia –endian MSB dane pikseli będą
hermetyzowany tak, jak jest (nie dotknięty przez gdcmimg). Dlatego jedyna możliwa składnia transferu
dostępny jest Implicit VR Big Endian DLX (G.E Private). GDCM obsługuje to prywatne
Składnia transferu. Jeśli więc chcesz przekonwertować tę składnię Transferu na inną (i pozwolić
Manipulacja danymi pikseli), możesz użyć:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o wyjście_implicit_vr_little_endian.dcm

W przypadku plików JFIF i JP2 (z nagłówkiem) nagłówek jest kopiowany do elementu Pixel Data
co jest nielegalne dla JP2. Użyj gdcmconv, aby poprawnie ponownie zakodować plik JP2/JFIF do formatu J2K/JPG.

$ gdcmig input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force wyjście_jp2.dcm wyjście_j2k.dcm

W przypadku pliku RLE nie jest sprawdzane przekroczenie granicy wiersza. Zaleca się stosowanie
gdcmconv –rle, aby w razie wątpliwości ponownie zakodować do odpowiedniego pliku RLE.

Oczywiście, jeśli kompresja nie jest w porządku w Twojej konfiguracji, zawsze możesz zdekapsułkować plik
plik DICOM (zwykle JPEG) do postaci niehermetyzowanej, używając gdcmconv:

$ gdcmconv --raw wejście_jpeg.dcm wyjście_raw.dcm

Użyj gdcmimg online, korzystając z usług onworks.net