gmx-density - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-density - Oblicz gęstość systemu

STRESZCZENIE

gęstość gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-jajko [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[teraz] [-xvg ] [-d ]
[-śl ] [-gęsty ] [-ng ] [-[nie]centrum]
[-[nie]sym] [-[nie]krewny]

OPIS

gmx gęstość oblicza gęstości częściowe w całym polu, używając pliku indeksu.

Dla całkowitej gęstości symulacji NPT użyj gmx energia zamiast.

Option -środek wykonuje binning histogramu względem środka dowolnego
grupy, w bezwzględnych współrzędnych prostokątnych. Jeśli obliczasz profile wzdłuż pola osi Z
wymiar bZ, wyjście będzie wynosić od -bZ/2 do bZ/2, jeśli wycentrujesz w oparciu o cały system.
Zauważ, że to zachowanie uległo zmianie w GROMACS 5.0; wcześniejsze wersje wykonywały jedynie
binning statyczny (0,bZ) i przesunięty wynik. Teraz obliczamy środek każdej klatki
i bin in (-bZ/2,bZ/2).

Option -sym symetryzuje dane wyjściowe wokół środka. To automatycznie się włączy
-środek także. Opcja -względny wykonuje binning w polu względnym zamiast bezwzględnym
współrzędne i skaluje końcowy wynik ze średnim wymiarem pudełka wzdłuż wyniku
oś. Może być używany w połączeniu z -środek.

Gęstości podane są w kg/m^3, a gęstości liczbowe lub gęstości elektronowe mogą być również
obliczony. W przypadku gęstości elektronowych plik opisujący liczbę elektronów dla każdego
typ atomu należy podać za pomocą -jajko. Powinien wyglądać tak:

2
nazwa atomu = nrelektrony
nazwa atomu = nrelektrony

Pierwsza linia zawiera liczbę linii do odczytania z pliku. Powinien być jeden
wiersz dla każdej unikalnej nazwy atomu w twoim systemie. Liczba elektronów dla każdego atomu wynosi
zmodyfikowany przez jego atomowy ładunek częściowy.

WAŻNE UWAGI DLA DWUWARSTW

Jednym z najczęstszych scenariuszy użycia jest obliczenie gęstości różnych grup
w poprzek dwuwarstwy lipidowej, zazwyczaj z osią z będącą w normalnym kierunku. W skrócie
symulacje, małe systemy i stałe rozmiary pudełek to będzie działać dobrze, ale na więcej
W ogólnym przypadku dwuwarstwy lipidowe mogą być skomplikowane. Pierwszy problem, który podczas obu
białka i lipidy mają niską ściśliwość objętościową, lipidy mają dość dużą powierzchnię
ściśliwość. Oznacza to, że kształt pudełka (grubość i powierzchnia/lipid) będzie się zmieniać
zasadniczo nawet dla w pełni zrelaksowanego systemu. Ponieważ GROMACS umieszcza pudełko między
początek i dodatnie współrzędne, to z kolei oznacza, że ​​dwuwarstwa wyśrodkowana w pudełku
przesunie się nieco w górę/w dół z powodu tych wahań i zamazuje Twój profil. Najłatwiejszym
sposobem na naprawienie tego (jeśli chcesz sprzężenia ciśnieniowego) jest użycie -środek opcja, że
oblicza profil gęstości w odniesieniu do środka pudełka. Pamiętaj, że możesz
nadal wyśrodkować na części dwuwarstwowej, nawet jeśli masz złożony niesymetryczny system z a
dwuwarstwowe i powiedzmy białka błonowe - wtedy nasz wynik będzie miał po prostu więcej wartości na jednym
stronę (środkowego) odniesienia początkowego.

Nawet wyśrodkowane obliczenia doprowadzą do rozmycia profili wyjściowych, ponieważ
Same lipidy ulegają kompresji i rozprężaniu. W większości przypadków prawdopodobnie tego chcesz (ponieważ
odpowiada to eksperymentom makroskopowym), ale jeśli chcesz przyjrzeć się szczegółom molekularnym
możesz użyć -względny możliwość próby usunięcia jeszcze większej liczby efektów głośności
wahania.

Wreszcie, duże dwuwarstwy, które nie podlegają napięciu powierzchniowemu, będą wykazywać pofalowanie
fluktuacje, gdzie w systemie tworzą się „fale”. To jest podstawa
właściwości systemu biologicznego, a jeśli porównujesz z eksperymentami, prawdopodobnie
chcesz uwzględnić efekt rozmazywania falowania.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run

-jajko [<.dat>] (elektrony.dat) (Opcjonalnie)
Ogólny plik danych

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-o [<.xvg>] (gęstość.xvg)
plik xvgr/xmgr

Inne opcje:

-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)

-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki

-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak

-d (Z)
Weź normalną na membranie w kierunku X, Y lub Z.

-śl (50)
Podziel pudełko na tę liczbę plasterków.

-gęsty (masa)
Gęstość: masa, liczba, ładunek, elektron

-ng (1)
Liczba grup do obliczenia gęstości.

-[nie]centrum (Nie)
Wykonaj segregowanie względem środka (zmieniającego się) pudełka. Użyteczny do
dwuwarstwowe.

-[nie]sym (Nie)
Symetryzuj gęstość wzdłuż osi, względem środka. Użyteczny do
dwuwarstwowe.

-[nie]krewny (Nie)
Użyj współrzędnych względnych do zmiany pudełek i skalowania wyników według średnich wymiarów.

ZNANE ZAGADNIENIA

· Przy obliczaniu gęstości elektronów zamiast typów używa się nazw atomów. To jest złe.

Korzystaj z gmx-density online za pomocą usług onworks.net