gmx-distance - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-distance - Oblicza odległości pomiędzy parami pozycji

STRESZCZENIE

odległość gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ow [<.xvg>]] [-Oll [<.xvg>]] [-oksyz [<.xvg>]]
[-Oh [<.xvg>]] [-oallstat [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [ty ] [-xvg ]
[-[nie]rmpbc] [-[nie]pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-wybierz typ ] [-Wybierz ] [-len ]
[-tol ] [-binw ]

OPIS

gmx dystans oblicza odległości między parami pozycji w funkcji czasu. Każdy
wybór określa niezależny zestaw odległości do obliczenia. Każdy wybór powinien
składają się z par pozycji, a odległości są obliczane pomiędzy pozycjami 1-2, 3-4,
itd.

-ow zapisuje średnią odległość w funkcji czasu dla każdego wyboru. -Oll pisze,
wszystkie indywidualne dystanse. -oksyz robi to samo, ale składniki x, y i z
odległość jest zapisywana zamiast normy. -Oh zapisuje histogram odległości dla
każdy wybór. Położenie histogramu ustala się za pomocą -len i -tol. Szerokość pojemnika jest ustawiona
w -binw. -oallstat zapisuje średnią i odchylenie standardowe dla każdej osoby
odległość liczona względem ramek.

Należy pamiętać, że gmx dystans oblicza odległości pomiędzy stałymi parami (1-2, 3-4 itd.) w obrębie a
pojedynczy wybór. Aby obliczyć odległości między dwoma zaznaczeniami, łącznie z minimalną,
Użyj odległości maksymalnych i par gmx parzysta.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opcjonalnie)
Wprowadź trajektorię lub pojedynczą konfigurację: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opcjonalnie)
Struktura wejścia: Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Dodatkowe grupy indeksów

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-ow [<.xvg>] (dystans.xvg) (Opcjonalnie)
Średnie odległości w funkcji czasu

-Oll [<.xvg>] (dyst.xvg) (Opcjonalnie)
Wszystkie odległości w funkcji czasu

-oksyz [<.xvg>] (distxyz.xvg) (Opcjonalnie)
Składniki odległości w funkcji czasu

-Oh [<.xvg>] (distist.xvg) (Opcjonalnie)
Histogram odległości

-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) (Opcjonalnie)
Statystyki dla poszczególnych dystansów

Inne opcje:

-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt == pierwszy raz (ps)

ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgracja)
Formatowanie wykresu: brak, xmgrace, xmgr

-[nie]rmpbc (tak)
Twórz cząsteczki w całości dla każdej klatki

-[nie]pbc (tak)
Używaj okresowych warunków brzegowych do obliczania odległości

-sf
Podaj wybory z plików

-selrpos (atom)
Wybór pozycji odniesienia: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
cal_res_com, caly_res_cog, caly_mol_com, caly_mol_cog, part_res_com,
część_res_cog, część_mol_com, część_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_kog

-wybierz typ (atom)
Domyślne pozycje wyjściowe wyboru: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
cal_res_com, caly_res_cog, caly_mol_com, caly_mol_cog, part_res_com,
część_res_cog, część_mol_com, część_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_kog

-Wybierz
Pary pozycji, dla których należy obliczyć odległości

-len (0.1)
Średnia odległość do histogramu

-tol (1)
Szerokość pełnego rozkładu jako ułamek -len

-binw (0.001)
Szerokość bin dla histogramu

Korzystaj z gmx-distance online, korzystając z usług onworks.net