To polecenie gt-cds, które można uruchomić w darmowym dostawcy hostingu OnWorks, korzystając z jednej z wielu naszych darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gt-cds - Dodaje cechy CDS (sekwencji kodującej) do cech eksonu podanych w pliku GFF3.
STRESZCZENIE
gt cds [opcja...] [plik_GFF3]
OPIS
-mały [wartość]
ustaw minimalną długość, jaką musi mieć otwarta ramka odczytu (ORF) dodana jako CDS
cecha (mierzona w aminokwasach) (domyślnie: 64)
-kodon startowy [tak|nie]
wymagaj, aby ORF zaczynał się od kodonu startowego (domyślnie: nie)
-kod finalstop [tak|nie]
wymagaj, aby ostateczny ORF kończył się kodonem stop (domyślnie: nie)
-seqplik [filename]
ustaw plik sekwencji, z którego mają być pobierane sekwencje (domyślnie: niezdefiniowane)
-encsq [filename]
ustaw zakodowaną nazwę indeksu sekwencji, z której mają być pobierane sekwencje (domyślnie:
nieokreślony)
-seqfile
ustawić sekwencje plików, z których mają być wyodrębnione używane funkcje -- zakończyć listę
plików sekwencji
-dopasujopis [tak|nie]
wyszukaj w opisach sekwencji z plików wejściowych żądane identyfikatory sekwencji (w
GFF3), zgłaszanie pierwszego meczu (domyślnie: nie)
-rozpoczęcie meczu [tak|nie]
dokładnie dopasować opisy sekwencji z plików wejściowych dla żądanej sekwencji
ID (w GFF3) od początku do pierwszej spacji (domyślnie: nie)
-użytedesc [tak|nie]
użyj opisów sekwencji, aby odwzorować identyfikatory sekwencji (w GFF3) na rzeczywistą sekwencję
wpisy. Jeśli opis zawiera zakres sekwencji (np. III:1000001..2000000),
pierwsza część jest używana jako identyfikator sekwencji (III) i pierwszą pozycję zakresu jako przesunięcie
(1000001) (domyślnie: nie)
-mapowanie regionu [ciąg]
ustaw plik zawierający region sekwencji na mapowanie pliku sekwencji (domyślnie: niezdefiniowane)
-v [tak|nie]
być gadatliwym (domyślnie: nie)
-o [filename]
przekieruj wyjście do określonego pliku (domyślnie: niezdefiniowane)
-gzip [tak|nie]
napisz skompresowany plik wyjściowy gzip (domyślnie: nie)
-bzip2 [tak|nie]
zapisz skompresowany plik wyjściowy bzip2 (domyślnie: nie)
-siła [tak|nie]
wymuś zapis do pliku wyjściowego (domyślnie: nie)
-Pomoc
wyświetl pomoc i wyjdź
-wersja
wyświetl informacje o wersji i wyjdź
Format pliku dla opcji -mapowanie regionu:
Plik dostarczony do opcji -regionmapping definiuje „mapowanie”. Mapowanie mapuje
wpisy regionu sekwencji podane w GFF3_plik do pliku sekwencji zawierającego
odpowiednią sekwencję. Mapowania można zdefiniować w jednej z dwóch następujących form:
mapowanie = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
mapowanie funkcji (sequence_region)
zwróć "hs_ref_"..sequence_region....fa.gz"
zakończenia
Pierwsza forma definiuje Lua (http://www.lua.org) tabela o nazwie „mapowanie”, która mapuje każdą z nich
regionu sekwencji do odpowiedniego pliku sekwencji. Drugi definiuje funkcję Lua
„mapping”, który musi zwrócić nazwę pliku sekwencji, gdy jest wywoływany z
region_sekwencji jako argument.
RAPORTOWANIE ROBAKI
Zgłoś błędy do[email chroniony]>.
Użyj gt-cds online korzystając z usług onworks.net
