piekielny - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

Infernal - analiza sekwencji z wykorzystaniem profili sekwencji RNA i struktury drugorzędowej
zgoda

STRESZCZENIE

cmwyrównaj
Dopasuj sekwencje do modelu kowariancji

cmbudowa
Skonstruuj model(y) kowariancji na podstawie strukturalnie adnotowanych sekwencji wielokrotnych RNA
wyrównanie (y)

cmkalibracja
Dopasuj ogony wykładnicze do wyznaczania wartości E w modelu kowariancji

cmkonwertuj
Konwertuj pliki modelu kowariancji Infernal

cmemit
Przykładowe sekwencje z modelu kowariancji

cmfetch
Pobierz modele kowariancji z pliku

cmpress
Przygotuj bazę danych modelu kowariancji dla cmscan

cmskan
Przeszukaj sekwencję(y) w bazie danych modelu kowariancji

cmwyszukiwarka
Przeszukaj modele kowariancji w bazie danych sekwencji

cmstat
statystyki podsumowujące dla pliku modelu kowariancji

OPIS

Infernal to pakiet kilku programów do dopasowywania strukturalnych sekwencji RNA i tworzenia baz danych
wyszukiwanie homologii. Wykorzystuje modele probabilistyczne zwane „modelami kowariancji” (CM).
reprezentują prawdopodobne homologi ewolucyjne wielokrotnego dopasowania (lub pojedynczej sekwencji).
rodzina sekwencji strukturalnego RNA.

Wraz z bazą danych Rfam dotyczącą rodzin RNA i powiązanych CM
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal może być używany do opisywania homologów o znanej strukturze
Rodziny RNA w genomach.

Infernal jest ściśle powiązany z pakietem oprogramowania HMMER do analizy rodziny sekwencji
profilowe HMM (http://hmmer.org), ale jest zaprojektowany specjalnie dla strukturalnej sekwencji RNA
rodziny. Oprócz modelowania zachowanej sekwencji rodziny, tak jak robią to profilowe HMM,
CM modelują konserwatywną, dobrze zagnieżdżoną (niepseudowęzłową) strukturę wtórną rodziny jako
Dobrze. W związku z tym metody wyszukiwania i dopasowywania CM są stosunkowo obliczeniowe
drogi. Infernal wykorzystuje profile HMM jako filtry i do wyprowadzania ograniczeń w celu stworzenia
Metody CM bardziej praktyczne.

Infernal jest używany w trzech głównych trybach: do przeszukiwania bazy danych sekwencji w poszukiwaniu nowych homologów
Rodzina RNA (lub opisz homologi w genomie); aby przeszukać bazę danych CM (np. Rfam) i znaleźć
do jakiej znanej rodziny należy sekwencja zapytania; i automatycznie konstruować duże
wielokrotne dopasowania (tj. z faktycznie nieograniczoną liczbą sekwencji) przy użyciu CM
przedstawiciel rodziny sekwencji.

Załóżmy, że masz strukturalnie opisane dopasowanie wielu sekwencji sekwencji RNA
interesującą Cię rodzinę i chcesz przeszukać bazę danych sekwencji w poszukiwaniu dodatkowych homologów.
Połączenia cmbudowa program buduje modele kowariancji na podstawie wielu dopasowań i cmkalibracja
określa istotne parametry służące do szacowania istotności statystycznej bazy danych
trafia do modelu w kolejnych wyszukiwaniach.

Połączenia cmwyszukiwarka program przeszukuje CM(y) w bazie danych sekwencji.

Załóżmy, że masz sekwencję, którą chcesz przeanalizować przy użyciu bazy danych CM opartej na Infernal
jak Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). cmpress program formatuje model kowariancji
(taki jak plik, który możesz pobrać z Rfam) do binarnej bazy danych Infernal. The
cmskan program wyszukuje sekwencje w tej bazie danych.

Załóżmy, że chcesz wyrównać wiele sekwencji. Możesz zbudować stosunkowo mały
strukturalne dopasowanie reprezentatywnego zestawu sekwencji, zbuduj CM z cmbudowa, i
użyć cmwyrównaj program do dopasowania dowolnej liczby sekwencji do tego CM.

Infernal zawiera także kilka narzędzi pomocniczych do pracy z dużymi bazami danych CM. cmfetch
pobiera jeden lub więcej CM z bazy danych. cmstat drukuje statystyki podsumowujące dotyczące CM
plik.

Aby zapewnić kompatybilność z poprzednimi wersjami Infernal, a także z HMMER, plik cmkonwertuj
program konwertuje pliki CM do kilku innych formatów.

Połączenia cmemit program generuje (symuluje) sekwencje „homologiczne” poprzez pobieranie próbek z CM. To
może również wygenerować sekwencję „konsensusową”.

Każdy program ma swoją własną stronę podręcznika.

Korzystaj z piekielnego online, korzystając z usług onworks.net