To jest polecenie libscane, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
libscan - Wyszukiwanie diagnostyczne rodzin białek.
STRESZCZENIE
biblioteka -tryb podstęp -chwyt boolean -henik boolean -Hmm boolean -sama boolean -pssm boolean
-sygn boolean -hmmścieżka ciąg -hmmdost ciąg -hmmścieżka wyjściowa ciąg -hmmoutextn ciąg
-sampath ciąg -taki sam ciąg -samoucieczka ciąg -samoutekst ciąg
-pssmścieżka ciąg -pssmextn ciąg -saletra liczba całkowita -namłócić unosić się -maks liczba całkowita
-pssmoutpath ciąg -pssmoutextn ciąg -gbvpath ciąg -gbvextn ciąg
-gbvgapo unosić się -gbvgape unosić się -gbvścieżka wyjściowa ciąg -gbvoutextn ciąg
-hnfścieżka ciąg -hnfextn ciąg -hnfgapo unosić się -hnfgape unosić się -hnfoutpath ciąg
-hnfoutextn ciąg -sigpath ciąg -sigextn ciąg -termin podstęp -pod macierzf
-sigapo unosić się -sygnał unosić się -sigoutścieżka ciąg -sigoutextn ciąg -db sekwencja
-scopf w pliku
biblioteka -Pomoc
OPIS
biblioteka to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest to część grup poleceń „Protein:3D Structure”.
OPCJE
-tryb podstęp
libscan działa w jednym z dwóch trybów: (i) w trybie wyszukiwania bazy danych lub (ii) w bibliotece
tryb ekranowy. W trybie wyszukiwania bazy danych libscan czyta jeden lub więcej katalogów każdy
zawierające jeden typ elementu różnicującego, dozwolone typy są nieliczne
podpis sekwencji, profil Gribskowa, profil Henikoffa lub ukryty model Markowa. W
trybie ekranu biblioteki, libscan odczytuje zestaw sekwencji, sprawdza każdą sekwencję względem
biblioteka (katalogi elementów rozróżniających) i zapisuje plik skanowania biblioteki (w formacie
rodziny z najlepszymi wynikami) dla każdego z nich. Wartość domyślna: 2
-chwyt boolean
Wartość domyślna: N
-henik boolean
Wartość domyślna: N
-Hmm boolean
Wartość domyślna: N
-sama boolean
Wartość domyślna: N
-pssm boolean
Wartość domyślna: Y
-sygn boolean
Wartość domyślna: N
-hmmścieżka ciąg
Domyślna wartość: ./lib/
-hmmdost ciąg
Wartość domyślna: .hmm
-hmmścieżka wyjściowa ciąg
Domyślna wartość: ./
-hmmoutextn ciąg
Wartość domyślna: .hmmout
-sampath ciąg
Domyślna wartość: ./
-taki sam ciąg
Wartość domyślna: .mod
-samoucieczka ciąg
Domyślna wartość: ./
-samoutekst ciąg
Wartość domyślna: .samout
-pssmścieżka ciąg
Wartość domyślna: /data/structure/lib/pssm/
-pssmextn ciąg
Wartość domyślna: .chk
-saletra liczba całkowita
Wartość domyślna: 1
-namłócić unosić się
Wartość domyślna: 100
-maks liczba całkowita
Wartość domyślna: 1000
-pssmoutpath ciąg
Domyślna wartość: ./
-pssmoutextn ciąg
Wartość domyślna: .pssmout
-gbvpath ciąg
Domyślna wartość: ./
-gbvextn ciąg
Wartość domyślna: .grib
-gbvgapo unosić się
Wartość domyślna: 10.0
-gbvgape unosić się
Wartość domyślna: 0.5
-gbvścieżka wyjściowa ciąg
Domyślna wartość: ./
-gbvoutextn ciąg
Wartość domyślna: .gribout
-hnfścieżka ciąg
Domyślna wartość: ./
-hnfextn ciąg
Wartość domyślna: .henik
-hnfgapo unosić się
Wartość domyślna: 10.0
-hnfgape unosić się
Wartość domyślna: 0.5
-hnfoutpath ciąg
Domyślna wartość: ./
-hnfoutextn ciąg
Wartość domyślna: .henikout
-sigpath ciąg
Domyślna wartość: ./
-sigextn ciąg
Wartość domyślna: .sig
-termin podstęp
Wartość domyślna: 1
-pod macierzf
Wartość domyślna: EBLOSUM62
-sigapo unosić się
Wartość domyślna: 10.0
-sygnał unosić się
Wartość domyślna: 0.5
-sigoutścieżka ciąg
Domyślna wartość: ./
-sigoutextn ciąg
Wartość domyślna: .sigout
-db sekwencja
W trybie wyszukiwania bazy danych libscan skanuje każdy element odróżniający pod kątem sekwencji
ustawić. W trybie ekranu biblioteki libscan odczytuje zestaw sekwencji i przegląda każdą sekwencję
względem biblioteki (katalogi elementów rozróżniających) Wartość domyślna: 49142.vdhf
-scopf w pliku
W obu trybach jako źródło rodziny wymagany jest „plik klasyfikacji scop”.
dane klasyfikacyjne. Plik klasyfikacji scop zawiera klasyfikację i inne dane
dla domen z bazy scop. Plik ma format podobny do embl i jest generowany
przez scopparse. Informacje o sekwencji domeny można dodać do pliku za pomocą funkcji scopseqs.
Wartość domyślna: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf
Użyj biblioteki libscane online, korzystając z usług onworks.net