Jest to polecenie mhap, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
mhap - nakładanie się sekwencji probabilistycznych
OPIS
Proszę ustawić -s albo -p opcje. Zobacz opcje poniżej: MHAP: Protokół wyrównania MinHash.
Narzędzie do wyszukiwania nakładających się sekwencji o długim czasie czytania (takich jak PacBio lub Nanopore).
bioinformatyka.
Wersja: 1.6, Czas kompilacji: 09 12:2015 Użycie 11 (wykonanie bezpośrednie): Java
-serwer -Xmx -słoik -s[-Q
plik>] [-f ] Użycie 2 (wygeneruj plik precomputed
pliki binarne): Java -serwer -Xmx -słoik -p
-q [-F ]
--wyrównanie, domyślnie = fałsz
Opcja eksperymentalna.
--przesunięcie wyrównania, domyślnie = -0.535
Przesunięcie uwzględniające wariancję wyniku dopasowania.
--wynik-wyrównania, domyślnie = 1.0E-6
Wynik odcięcia dla dopasowań wyrównawczych.
--próg filtra, domyślnie = 1.0E-5
[double], wartość odcięcia, przy której uwzględniany jest k-mer w pliku filtra k-mer
powtarzalne. Ta wartość dla konkretnego k-meru jest podana w drugiej kolumnie w
plik filtra. Jeśli nie podano pliku filtru, ta opcja jest ignorowana.
--help, domyślnie = fałsz
Wyświetla menu pomocy.
--max-shift, domyślnie = 0.2
[podwójne], wielkość obszaru po lewej i prawej stronie szacowanego nakładania się, zgodnie z uzyskaną wartością
od mediany przesunięcia i długości sekwencji, gdzie dopasowania k-mer są nadal
uznane za ważne. Tylko filtr drugiego stopnia.
--min-długość-sklepu, domyślnie = 0
[int], Minimalna długość odczytu przechowywana w skrzynce. Służy do filtrowania
krótkie odczyty z pliku FASTA.
--nanoporo-szybki, domyślnie = fałsz
Ustaw wszystkie parametry szybkich ustawień Nanopore. To jest aktualnie najlepsze
wytycznych i może ulec zmianie w dowolnym momencie bez ostrzeżenia.
--bez siebie, domyślnie = fałsz
Nie obliczaj nakładania się sekwencji wewnątrz ramki. Należy stosować, gdy
sekwencje do i z pochodzą z różnych plików.
--num-hashe, domyślnie = 512
[int], liczba min-merów używanych w MinHashing.
--liczba-min-dopasowań, domyślnie = 3
[int], minimum # min-mer, które należy udostępnić przed obliczeniem filtru drugiego stopnia.
Wszelkie sekwencje poniżej tej wartości uważa się za nienakładające się.
--liczba-wątków, domyślnie = 12
[int], liczba wątków używanych do obliczeń. Zwykle ustawione na 2 x #cores.
--pacbio-szybki, domyślnie = fałsz
Ustaw wszystkie parametry szybkiego ustawienia PacBio. To jest aktualnie najlepsze
wytycznych i może ulec zmianie w dowolnym momencie bez ostrzeżenia.
--pacbio-wrażliwy, domyślnie = fałsz
Ustaw wszystkie parametry ustawień wrażliwych PacBio. To jest aktualnie najlepsze
wytycznych i może ulec zmianie w dowolnym momencie bez ostrzeżenia.
--store-full-id, domyślnie = fałsz
Przechowuj pełne identyfikatory widoczne w pliku FASTA, zamiast zapisywać tylko sekwencję
pozycję w pliku. Niektóre pliki FASTA mają długie IDS, co spowalnia wyświetlanie wyników.
Ta opcja jest ignorowana w przypadku korzystania ze skompresowanego formatu pliku.
--próg, domyślnie = 0.04
[double], próg odcięcia wyniku podobieństwa dla drugiego etapu scalania
filtr. Opiera się to na średniej liczbie k-merów pasujących do nakładania się
region.
--wersja, domyślnie = fałsz
Wyświetla wersję i czas kompilacji.
--ważone, domyślnie = fałsz
Wykonaj ważony MinHashing.
-f, domyślnie = ""
plik filtra k-mer używany do odfiltrowywania wysoce powtarzalnych k-merów. Trzeba posortować
w malejącej kolejności częstotliwości (druga kolumna).
-h, domyślnie = fałsz
Wyświetla menu pomocy.
-k, domyślnie = 16
[int], rozmiar k-mer używany dla MinHashing. Rozmiar k-meru dla filtra drugiego stopnia wynosi
oddzielne i nie można ich modyfikować.
-p, domyślnie = ""
Tylko użycie 2. Katalog zawierający pliki FASTA, do których należy dokonać konwersji
format binarny do przechowywania.
-q, domyślnie = ""
Sposób użycia 1: Plik odczytów FASTA lub katalog plików, z którymi będzie porównywane
zestaw odczytów w ramce (patrz -s). Użycie 2: Katalog wyjściowy dla pliku binarnego
sformatowane pliki danych.
-s, domyślnie = ""
Tylko użycie 1. Plik danych FASTA lub binarny (patrz Użycie 2) odczytów, które będą
przechowywane w pudełku i z którymi będą porównywane wszystkie kolejne odczyty.
Korzystaj z mhap online, korzystając z usług onworks.net