mincstats - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

mincstats - oblicza proste statystyki dla wokseli pliku minc

STRESZCZENIE

Mincstats [ ] .mnc

OPIS

Mincstaty obliczy proste miary statystyczne dla wszystkich wokseli pliku minc.
Należy zauważyć, że są to globalne miary statystyczne, a nie miary woksel po wokselu (zob
minimalna średnia za to). Domyślnie obliczane są wszystkie statystyki. Jeśli są jakieś statystyki
żądane za pomocą opcji wiersza poleceń, drukowane są tylko żądane statystyki.

Bardzo przydatną funkcją tego programu jest możliwość ograniczenia zestawu wokseli
uwzględnione w obliczeniach statystycznych, albo poprzez ograniczenie zakresu uwzględnionych wartości,
lub przy użyciu pliku maski z ograniczonym zakresem. Wiele zakresów dla pliku wejściowego lub
można określić plik maski. Dla każdego zakresu uwzględnionych wartości objętości i dla każdego zakresu
wartości masek, drukowane są odpowiednie statystyki (n*m wartości, gdzie n jest liczbą
zakresów głośności i m liczbę zakresów masek). Te obliczenia są wykonywane w jednym
przechodzą przez dane, więc określanie wielu zakresów jest znacznie szybsze niż uruchamianie
programować wielokrotnie. Jest to bardzo pomocne przy obliczaniu wielu średnich regionalnych z a
Głośność maski VOI.

Na szczególną uwagę zasługują histogramy i powiązane miary statystyczne. The
domyślny zakres histogramu to od najmniejszej wartości w pliku do największej. W
nierzadki, ale szczególny przypadek, gdy liczba przedziałów histogramu dokładnie odpowiada
liczba możliwych wartości w pliku (np. 256 pojemników dla pełnych danych bajtowych),
histogram może zakończyć się pewnymi dziwnymi cechami, gdy używany jest domyślny zakres histogramu. Ten
wynika z dyskretyzacji danych, które są następnie ponownie dzielone na nieco
niezgodny histgram. Na przykład danych bajtowych należy użyć wartości 256
przedziały i zakres histogramu, który rozciąga się na pół przedziału poniżej najmniejszej wartości i na pół przedziału
powyżej największego. Użyj opcji -dyskretny_histogram aby wykonać to automatycznie lub użyć
-histogram_całkowity mieć pojemniki o szerokości jednostki, jeśli dane wejściowe są z natury liczbami całkowitymi
(np. dane etykiety). Ogólnie rzecz biorąc, należy uważać na ponowne binowanie zdyskretyzowanych
danych do histogramu o rozmiarze pojemnika zbliżonym do poziomu dyskretyzacji.

OPCJE

Zwróć uwagę, że opcje można określić w formie skróconej (o ile są unikalne) i
można podać w dowolnym miejscu w wierszu poleceń. Kolejność drukowania statystyk
będą zawsze takie same, niezależnie od kolejności, w jakiej są wymagane na stronie
linii poleceń

Ogólne Opcje

-sprać
Zastąp istniejący plik.

-Noclobber
Nie zastępuj istniejącego pliku (domyślnie).

-gadatliwy
Wydrukuj dodatkowe informacje (więcej niż domyślnie).

-cichy Wydrukuj tylko żądane numery

-max_rozmiar_bufora_w_kb rozmiar
Określ maksymalny rozmiar buforów wewnętrznych (w kilobajtach). Wartość domyślna to 4 MB.

Nieważny wartość Opcje

-ignoruj_nan
Wyklucz nieprawidłowe wartości (poza prawidłowym zakresem) z obliczeń statystycznych. To jest
domyślny.

-uwzględnij_nan
Traktuj nieprawidłowe wartości jako zera i uwzględniaj je w obliczeniach statystycznych.

-zamień_nan wartość
Zastąp nieprawidłowe wartości określoną wartością i dołącz nową wartość
obliczenia statystyczne.

objętość zasięg Opcje

-piętro min1,min2, ...
Rozdzielana przecinkami lista dolnych granic zakresów danych, które mają zostać uwzględnione w statystyce
obliczenie.

-stropować max1,max2, ...
Rozdzielana przecinkami lista górnych granic zakresów danych, które mają zostać uwzględnione w statystyce
obliczenie.

-zasięg min1,max1,min2,max2, ...
Rozdzielana przecinkami lista dolnych i górnych granic zakresów danych, które mają zostać uwzględnione
obliczenia statystyczne.

-wartość binarna val1,val2, ...
Rozdzielana przecinkami lista liczb całkowitych, które mają zostać uwzględnione w obliczeniach statystycznych. Zakres
+/- 0.5 jest definiowana wokół każdej określonej wartości.

-maska nazwa_pliku.mnc
Nazwa pliku, który ma służyć do maskowania danych zawartych w obliczeniach statystycznych. Dla
aby to zadziałało, musisz określić zakres maski za pomocą jednego z poniższych
opcje.

-maska_podłoga min1,min2,...:
Jak -piętro, ale zastosowany do pliku maski.

-maska_ceil max1,max2, ...
Jak -stropować, ale zastosowany do pliku maski.

-zakres_maski min1,max1,min2,max2, ...
Jak -zasięg, ale zastosowany do pliku maski.

-maska_binwartość val1,val2, ...
Jak -wartość binarna, ale zastosowany do pliku maski.

Histogram Opcje

-histogram filename
Określ nazwę pliku, do którego zapisywany jest histogram. Jeśli wiele zakresów
lub zakresy masek są określone, to wszystkie histogramy są zapisywane w tym pliku,
oddzielone pustymi liniami. Informacje opisujące każdy histogram są zapisane wcześniej
go w wierszach zaczynających się od znaku krzyżyka (funta). Pliki te można załadować
w gnuplot.

-hist_bins liczba-pojemników
Określ liczbę przedziałów na histogramie.

- pojemniki liczba-pojemników
Synonim dla -hist_bins.

-histor_piętro min
Określ dolną granicę histogramu.

-hist_ceil max
Określ górną granicę histogramu.

-hist_zakres min max
Określ zakres dla histogramu

-histogram_całkowity
Utwórz pojemniki o szerokości jednostki, wyśrodkowane wokół wartości całkowitych. Jest to przydatne dla
dane całkowite, takie jak etykiety. Zakres histogramu jest zaokrąglany do najbliższej liczby całkowitej,
następnie minimalna jest obniżana, a maksymalna jest zwiększana o 0.5. Liczba pojemników jest pobierana
jako różnica tych dwóch wartości. Zauważ, że 0.01 jest dodawane do minimum i
odjęta od wartości maksymalnej przed zaokrągleniem w celu zapewnienia, że ​​a
zachowany jest prawidłowo określony zakres (np. [0.5,255.5]). Jeśli chcesz mieć
przedziały liczb całkowitych, które są szersze niż jeden, będziesz musiał obliczyć zakres histogramu
i liczbę pojemników i nie korzystać z tej opcji.

-dyskretny_histogram
Próba dopasowania histogramu do dyskretyzacji danych wejściowych. To jest
odpowiednie dla danych ciągłych, które są przechowywane w postaci liczb całkowitych i
gdy pożądana jest szerokość pojemnika bliska dyskretyzacji. To jest podobne do
-histogram_całkowity, z wyjątkiem tego, że zakres histogramu jest najpierw konwertowany na woksel
wartości, które są zaokrąglane i rozszerzane o pół kosza z każdej strony. Ten nowy woksel
zakres jest następnie konwertowany z powrotem na wartości rzeczywiste. Jako liczbę przyjmuje się liczbę pojemników
różnica w zakresie wartości wokseli. Należy zauważyć, że nie uwzględnia to różnic
w skalowaniu między plasterkami, więc nadal mogą występować dziwne efekty histogramu. Ta opcja jest
ma na celu zapewnienie zachowania podobnego do zachowania statystyki_wolumenu.

-int_max_bins liczba-pojemników
Określ największy histogram, który można automatycznie dopasować do powyższego rozmiaru
opcje. Limit zapobiega przypadkowemu powstawaniu dużych histogramów. Ta opcja
zastąpił stary -max_bins opcja w MINC 1.1.

Basic statystyka

-wszystko Oblicz wszystkie miary statystyczne. To jest ustawienie domyślne.

-brak Synonim dla -liczyć (dla podobieństwa do volume_stats). Zauważ, że chociaż to było
potrzebny do statystyki_wolumenu, nie jest to tutaj potrzebne, ponieważ określenie któregokolwiek z nich
opcje automatycznie się wyłączają -wszystko

-liczyć Policz liczbę wokseli znajdujących się w zakresie i masce.

-procent
Wydrukuj procent wokseli w zakresie i masce

-Tom
Wydrukuj objętość wokseli w zakresie i masce (w mm sześciennych).

- min Wydrukuj wartość minimalną.

-maks. Wydrukuj wartość maksymalną.

-suma Wydrukuj sumę wszystkich wartości.

-suma2 Wydrukuj sumę kwadratów wszystkich wartości.

-oznaczać Wydrukuj średnią.

-zmienność
Wydrukuj wariancję.

-stddev
Wydrukuj odchylenie standardowe.

-skośność
Wydrukuj skośność próbki (3. moment).

- kurtoza
Wydrukuj przykładową kurtozę (4. moment).

-CoM Wydrukuj środek masy. Zarówno współrzędna woksela, jak i współrzędne świata są
drukowane. Współrzędne woksela są drukowane w kolejności pliku, podczas gdy świat
współrzędne są drukowane w kolejności x,y,z.

-com Synonim dla -CoM.

-tylko_świat
Wydrukuj środek masy tylko we współrzędnych świata.

Histogram statystyka

Należy zauważyć, że statystyki histogramu są uzyskiwane wyłącznie na podstawie liczby i przedziału histogramu
centra, więc wyniki takie jak mediana nie będą dokładnie takie same jak prawdziwa wartość dla
wszystkie zawarte woksele. Na przykład błąd mediany może sięgać nawet połowy przedziału
szerokość. Ponadto, jeśli zakres histogramu jest mniejszy niż zakres zawartych wokseli, wówczas
wynik dotyczy tylko wokseli znajdujących się na histogramie.

-hist_count
Wydrukuj liczbę wokseli na histogramie. Może to różnić się od liczby
włączone i zamaskowane woksele, jeśli zakres histogramu jest mniejszy niż zakres
zawarte dane.

-hist_procent
Drukuj procent wokseli zawartych w histogramie.

-mediana
Wydrukuj medianę histogramu.

-większość
Wydrukuj środek pojemnika (wartość intensywności) dla pojemnika z największą liczbą zliczeń.

-bimodalny T
Wydrukuj próg bimodalny dzielący objętość na dwie klasy Domyślnie
użyć metody otsu (zobacz opcje poniżej)

-otsu Użyj metody opisanej w Otsu N, „A Threshold Selection Method from Grey-level
Histogramy”, IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 do
obliczyć próg

- kociak
Użyj algorytmu Kittler&Illingworth '86 do obliczenia progu bimodalnego.
Kittler, J. & Illingworth J., „Progowanie minimalnego błędu”, rozpoznawanie wzorców ,
tom 19, s. 41-47, 1986.

-kapur Skorzystaj z Kapur i in. Algorytm '85 do obliczania progu bimodalnego. Kapur,
Sahoo & Wong „Nowa metoda progowania obrazu na poziomie szarości przy użyciu entropii
histogram”, Wizja komputerowa, grafika i przetwarzanie obrazu, tom 29, s
273-285, 1985.

-prosty
Użyj prostego algorytmu średniej średniej, aby obliczyć próg bimodalny. To więcej
kosztowny obliczeniowo niż niektóre alternatywy i wydaje się, że nie robi a
dobra robota. Ale wydaje się bardziej solidny niż niektóre inne metody.

-pctT Wydrukuj próg wymagany dla określonego krytycznego procentu histogramu.

-entropia
Wydrukuj entropię Shannona.

H(x) = - Suma(P(i) * log2(P(i))

gdzie P(i) jest prawdopodobieństwem bin

Rodzajowy Opcje dla cała kolekcja polecenia:

-Pomoc Wydrukuj podsumowanie opcji wiersza poleceń i zakończ.

-wersja
Wydrukuj numer wersji programu i zakończ.

Korzystaj z mincstats online, korzystając z usług onworks.net