miniazm - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

miniasm - asembler de novo dla długich sekwencji odczytu

STRESZCZENIE

miniizm [-b12V] [-m minDopasuj] [-i minIden] [-s minRozpiętość] [-c minKow] [-o minOvlp] [-h
maxZawieszenie] [-I inTres] [-g maxGapDiff] [-d maxRozkładBub] [-e minUtgRozmiar] [-f przeczytaj plik] [-n
nRundy] [-r spadekstosunek] [-F końcowy współczynnik kropli] [-p Informacje wyjściowe] mapowanie.paf > wyjście.gfa

OPIS

Miniasm jest bardzo szybkim asemblerem de novo opartym na OLC, przeznaczonym do długich, hałaśliwych odczytów. To wymaga wszystkiego-vs-
wszystkie odczytują własne mapowania w formacie PAF jako dane wejściowe i wysyłają wykres złożenia w GFA
format. W odróżnieniu od asemblerów głównego nurtu, miniazm nie ma kroku konsensusu. To
po prostu łączy fragmenty odczytanych sekwencji, aby wygenerować końcowe sekwencje jednoczące. Zatem
współczynnik błędów w przeliczeniu na zasadę jest podobny do surowych odczytów wejściowych.

OPCJE

Preselekcja Opcje
-m INT Upuść mapowania mające mniej niż INT pasujące zasady (kolumna 10 w PAF) [100]. Ten
Opcja ma tę samą rolę co -L minimapy.

-s INT Upuść mapowania krótsze niż INT-bp [1000]. Ta opcja wpływa również na drugą
runda filtrowania odczytu i minimalna długość nakładania się.

-i FLOAT Podczas filtrowania odczytu ignoruj ​​mapowania za pomocą col10/col11 poniżej FLOAT [0.05].
Ignorowane mapowania są nadal używane w przypadku nakładania się odczytów.

-c INT Minimalne pokrycie innymi lekturami [3]. W pierwszej rundzie filtrowania miniizm
znajduje najdłuższy obszar objęty INT lub więcej przeczytań. W drugiej turze to
ponadto wymaga, aby każda pozostała baza była objęta INT przynajmniej podstawy
minRozpiętość/2 od końców innych odczytów.

Nakładające Opcje
-o INT Minimalna długość zakładki [taka sama jak minRozpiętość]

-h INT Maksymalna długość wysięgu [1000]. Nawis to niezamapowany region, który powinien być
mapowane, biorąc pod uwagę rzeczywiste nakładanie się lub prawdziwe zamknięcie. Jeśli zwis jest zbyt długi,
mapowanie jest uznawane za dopasowanie wewnętrzne i będzie ignorowane.

-I FLOAT Minimalny stosunek długości mapowania do długości mapowania + zwisu dla mapowania
uważane za powstrzymywanie lub nakładanie się [0.8]. Ta opcja ma podobną rolę do
-h, z tą różnicą, że kontroluje stosunek, a nie długość.

Wykres układ Opcje
-g INT Maksymalne różnice między dwoma odczytami w mapowaniu [1000]. Ten parametr jest
używany tylko do redukcji przechodniej.

-d INT Maksymalna odległość sondowania przy pękaniu pęcherzyków [50000]. Bąbelki dłuższe niż INT
nie zostanie wystrzelony.

-e INT Unitig uważa się za mały, jeśli składa się z mniej niż INT czytamy [4].
Miniazm może na różnych etapach próbować usuwać małe jednostki.

-f FILE Odczyt pliku sekwencji w formacie FASTA lub FASTQ w celu wygenerowania sekwencji unitig
[zero]. Jeśli ta opcja jest nieobecna, miniazm generuje wyjście GFA bez
sekwencje.

-r PŁYWACZ1, [PŁYWACZ2]
Maksymalny i minimalny współczynnik spadku nakładania się [0.7,0.5]. Niech nakładanie się (v->w) będzie nakładaniem się
długość krawędzi v->w i maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} będą długością największej
zachodzić na siebie. Miniazm spada nakładając się v->w jeśli nakładanie się(v->w)/maxovlp(v) jest poniżej a
próg kontrolowany przez tę opcję. Obowiązuje miniazm nRundy krótkie rundy
usuwanie nakładania się przy rosnącym progu pomiędzy PŁYWAJĄCY1 i PŁYWAJĄCY2.

-n INT Rundy usuwania krótkich zakładek [3].

-F FLOAT Próg współczynnika spadku nałożenia po krótkim usunięciu jednostki [0.8]

Różne Opcje
-b Wskaż, że na wejściu to samo odwzorowanie prawdopodobnie zostanie podane dwukrotnie

-1 Pomiń pierwszą rundę wyboru odczytu przed montażem

-2 Pomiń drugą rundę wyboru odczytu przed montażem

-p STR Informacje wyjściowe i format [ug]. Możliwy STR wartości obejmują - łóżko: post-
filtrowane obszary odczytu w formacie BED; paf: mapowania pomiędzy filtrami końcowymi
czyta; sg: odczytaj wykres nakładania się w formacie GFA; ug: wykres jednostkowy w GFA
Format.

-V Wydrukuj numer wersji na standardowe wyjście

WEJŚCIE FORMAT

Miniasm odczytuje pozycje mapowania w formacie Pairwise mApping Format (PAF), który jest TAB-
rozdzielany format tekstu, w którym każda linia składa się z co najmniej 12 pól, jak opisano w
poniższa tabela:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Kołnierz │ Rodzaj Nieruchomości │ Opis │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ string │ Zapytanie o nazwę sekwencji │
│ 2 │ int │ Długość sekwencji zapytania │
│ 3 │ int │ Zapytanie o współrzędną początku (w oparciu o 0) │
│ 4 │ int │ Zapytanie o współrzędną końcową (oparte na 0) │
│ 5 │ znak │ `+', jeśli zapytanie i cel znajdują się na tej samej nitce; `-' jeśli jest przeciwne │
│ 6 │ ciąg │ Nazwa sekwencji docelowej │
│ 7 │ int │ Długość sekwencji docelowej │
│ 8 │ int │ Docelowa współrzędna początkowa na oryginalnej nici │
│ 9 │ int │ Docelowa współrzędna końca oryginalnej splotki │
│ 10 │ int │ Liczba pasujących zasad w odwzorowaniu │
│ 11 │ int │ Podstawy liczbowe, w tym luki, w odwzorowaniu │
│ 12 │ int │ Jakość mapowania (0-255 z 255 za brak) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

Proszę zobaczyć minimapa(1) szczegółowy opis każdego pola.

WYDAJNOŚĆ FORMAT

Miniasm wyprowadza zestaw w formacie graficznego złożenia fragmentów (GFA). To jest
format liniowy, rozdzielany tabulatorami, gdzie litera wiodąca wskazuje typ linii.
Poniższa tabela przedstawia typy linii używane przez miniazm:

┌─────┬─────────────┬─────────────────────── ────────── ───────────────────────┐
│Linia │ Komentarz │ Stały Pola │
├─────┼─────────────┼─────────────────────── ────────── ───────────────────────┤
│ H │ Nagłówek │ Nie dotyczy │
│ S │ Segment │ SegName segSeq │
│ L │ Nakładanie się │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Złota ścieżka │ utgName utgStart readName:początek-koniec readOri długość │
└─────┴─────────────┴─────────────────────────── ────────── ───────────────────────┘

Korzystaj z miniazmu online, korzystając z usług onworks.net