To jest polecenie WigeoN, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
wigeon - ponowna implementacja narzędzia do wykrywania anomalii DNA Pintail 16S
OPIS
WigeoN bada zachowanie sekwencji pomiędzy zapytaniem a zaufanym odniesieniem
sekwencję, obie w formacie dopasowania NAST. Na podstawie tożsamości sekwencji między zapytaniami
a sekwencją odniesienia, istnieje oczekiwana wielkość zmienności pomiędzy przyrównaniem.
Jeżeli obserwowana zmienność jest większa niż kwantyl 95% rozkładu
zaobserwowaną różnicę pomiędzy sekwencjami nieanomalnymi, wówczas jest ona oznaczana jako anomalia.
WigeoN to elastyczna, oparta na wierszu poleceń reimplementacja algorytmu Pintail Appl
Environ Microbiol. grudzień 2005;7112:7724-36.
WigeoN jest przydatny do oznaczania chimer i anomalii tylko w prawie pełnej długości 16S rRNA
sekwencje. WigeoN nie ma czułości w przypadku sekwencji mniejszych niż 1000 bp.
Aby uruchomić WigeoN, potrzebujesz sekwencji w formacie NAST wygenerowanych przez narzędzie nast-ier.
WigeoN jest częścią pakietu microbiomeutil.
OPCJE
Wymagany:
--zapytanie_NAST
plik multi-fasta zawierający sekwencje zapytań w formacie wyrównania
Opcjonalny:
--db_NAST
db w formacie NAST
--db_FASTA
db w formacie fasta (w formacie megablast)
--num_top_hits
wartość domyślna 1: używa tylko jednego najlepszego dopasowania.
--wątek
--ODPLUSKWIĆ
--katalog_exec
cd do exec_dir przed uruchomieniem
Korzystaj z WigeoN online, korzystając z usług onworks.net
