To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie MIPgen, której najnowszą wersję można pobrać jako mipgen_v15.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie MIPGen z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
MIPGen
OPIS
Generator potencjału interakcji molekularnych
MIPGEN to program Pythona, który oblicza siatki potencjałów interakcji molekularnych
nad daną cząsteczką, która może być białkiem lub małym związkiem organicznym (lekiem).
Dane wyjściowe będą serią siatek w formacie DX (*.dx), które użytkownik będzie mógł
do wizualizacji za pomocą dowolnego programu do wizualizacji molekularnej, takiego jak VMD, PyMol, Chimera...
Aby uzyskać więcej informacji na temat zależności i użycia, przeczytaj dokumentację.
Użytkownicy mogą zgłaszać wszelkie błędy lub prośby w menu BŁĘDY I WNIOSKI. (będzie potrzebne konto sourceforge).
Korzyści
- W pełni automatyczne generowanie MIP na podstawie prostego pliku PDB.
- Kod open source. Użytkownicy mogą przyczynić się do rozszerzenia sond lub ulepszenia kodu.
- Oblicz potencjały interakcji molekularnych w oparciu o siatkę w stosunku do peptydów i innych układów makrocząsteczkowych (prawdopodobnie nadal wolno w przypadku dużych systemów)
- Oblicz MIP na małych cząsteczkach
- Konfigurowalne sondy. Wdrożone już: sondy hydrofobowe, donorowe, akceptorowe i elektrostatyczne.
- Automatyczne przypisywanie typów atomów do małych cząsteczek i białek poprzez połączenie z Open Source Antechamber i tLeap z pakietu AmbertTools (http://ambermd.org)
Publiczność
Nauka/badania, zaawansowani użytkownicy końcowi, programiści, użytkownicy końcowi/komputery
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal
Język programowania
Python
Środowisko bazy danych
SQLite
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/mipgen/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
