To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie QUAST, której najnowszą wersję można pobrać jako quast-5.0.2.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie QUAST z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
QUAST
OPIS
QUAST przeprowadza szybką i wygodną ocenę jakości oraz porównanie zestawów genomów.
QUAST oblicza szereg dobrze znanych metryk, w tym dokładność kontigów, liczbę odkrytych genów, N50 i inne, a także wprowadza nowe, takie jak NA50 (szczegóły w artykule i podręczniku). Wynikiem kompleksowej analizy są tabele podsumowujące (w formacie zwykłego tekstu, oddzielonymi tabulatorami i LaTeX) oraz kolorowe wykresy. Narzędzie tworzy również raporty internetowe, zawierające wszystkie informacje w jednym, łatwym w nawigacji pliku.
QUAST ma intuicyjny interfejs wiersza poleceń i szczegółową instrukcję, która pomaga użytkownikom w uruchomieniu go i zrozumieniu jego wyników. Ponadto laboratorium uruchomiło wersję Beta web-QUAST pod adresem http://quast.bioinf.spbau.ru/ co sprawia, że ocena jakości jest jeszcze prostsza.
Artykuły QUAST i MetaQUAST (rozszerzenie dla zespołów metagenomicznych) zostały opublikowane w Bioinformatics.
Funkcjonalności
- raporty internetowe, tabele w formatach zwykłego tekstu, oddzielonych tabulatorami i LaTeX
- kolorowe wykresy i histogramy
- ocena jakości z genomem referencyjnym i bez niego
- ocena jakości zespołów metagenomicznych
- interaktywna przeglądarka kontigów
Publiczność
Nauka/badania, programiści, użytkownicy końcowi/komputery
Interfejs użytkownika
Internetowy, wiersz poleceń
Język programowania
Pythona, JavaScriptu
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/quast/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
