bp_papplmaker.plp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

papplmaker.PLS - gerador de módulo de ferramentas de análise

SINOPSE

# Obter ajuda
papplmaker.PLS -h

# gerar módulo para o programa 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# idem, mas especifique onde encontrar 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit :: seqret
-l http://localhost: 8080 / eixo / serviços

# idem, mas especifique um método de acesso não padrão para 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit :: seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-uma corba

# gerar módulos para todas as análises disponíveis
# (usando local padrão e método de acesso padrão)
papplmaker.PLS

# não gerar, mas ver o que seria gerado
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# gerar módulo para análise 'edit :: seqret'
# mas chame-o de 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n edit :: seqret -m MySeqret

# ... e use-o
usar MeuSeqret;
imprimir novo MySeqret-> sequence_direct_data ('tatatacccgt')
-> osformat ('embl')
-> wait_for
-> outseq;

# idem, mas coloque o resultado no diretório '/ tmp / my'
# (diretórios não precisam existir)
papplmaker.PLS -n edit :: seqret -m MySeqret -d / tmp / my /

# gerar módulos para todas as análises cujos nomes
# corresponde à expressão regular fornecida (não faz distinção entre maiúsculas e minúsculas)
papplmaker.PLS -r 'editar'

# idem, mas o módulo gerado pelo nome com seus próprios nomes
# (permitindo que papplmaker.PLS substitua partes de seus nomes)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_ $ ANALYSIS'

DESCRIÇÃO

O módulo "Bio :: Tools :: Run :: Analysis" fornece acesso à análise local e remota
ferramentas de forma unificada (definido em "Bio :: AnalysisI"). O módulo usa uma abordagem geral
permitindo definir dados de entrada arbitrários e recuperar resultados nomeando-os. Contudo,
às vezes é mais conveniente usar um módulo específico, representando uma ferramenta de análise,
que já conhece os nomes de entrada e resultado disponíveis.

O gerador "papplmaker.PLS" cria esses módulos dedicados.

"papplmaker.PLS" usa o mesmo método de acesso que o módulo geral - o que significa que
dependendo do parâmetro "acesso" pode utilizar SOAP, CORBA ou qualquer outro (suportado)
protocolo, ou pode acessar a análise local (disponível na mesma máquina onde
"papplmaker.PLS" é invocado).

"papplmaker.PLS" faz seu trabalho para uma análise nomeada (especificada pela opção "-n",
ou usa o módulo "Bio :: Tools :: Run :: AnalysisFactory" para encontrar o que são análises
disponível, e pode limitar seu número comparando com uma expressão regular fornecida por
a opção "-r".

O módulo ou módulos gerados são nomeados por padrão de forma semelhante aos nomes dos
análises correspondentes, mas isso pode ser alterado pela opção "-m" que é na verdade um
template onde as seguintes strings são reconhecidas e substituídas:

$ ANALYSIS ou $ {ANALYSIS}
Será substituído pelo nome da análise.

$ CATEGORY ou $ {CATEGORY}
Será substituído pelo nome da categoria a que pertence a análise.

$ SERVICE ou $ {SERVICE}
Será substituído pelo nome completo do serviço (que geralmente é uma concatenação
de uma categoria e um nome de análise, e é usado também como um nome de módulo padrão, btw).

Qual é a diferença entre o "serviço" e a "análise" e o que significa "categoria"?
Às vezes, esses termos podem ser confusos porque podem significar coisas ligeiramente diferentes
dependendo do método de acesso usado para se comunicar com eles. Geralmente, uma "análise" é
um programa (um aplicativo, uma ferramenta) em execução em algum lugar, mas às vezes em uma máquina local. Um
exemplo de uma análise é "seqret" (do pacote EMBOSS). As análises podem ser agrupadas
em categorias por suas funções ou por tipo de dados com os quais lidam (mas às vezes há
não existem categorias). Cada análise pode ser acessada usando um nível superior de
abstração, um "serviço". Um serviço é geralmente um wrapper dependente de protocolo, como um Web
Serviço ou um serviço CORBA. Por exemplo, há um serviço "edit :: seqret" que
representa a análise "seqret" na categoria "editar".

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