bp_seqfeature_loadp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

bp_seqfeature_load.pl - Carregar GFF em um banco de dados SeqFeature

DESCRIÇÃO

Passe qualquer número de arquivos de formato GFF ou fasta (ou GFF com fasta incorporado) para carregar o
recursos e sequências em um banco de dados SeqFeature. O banco de dados (e adaptador) a ser usado é
especificado na linha de comando. Use o sinalizador --create para criar um novo banco de dados SeqFeature.

SINOPSE

bp_seqfeature_load.pl [opções] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Tente 'bp_seqfeature_load.pl --help' ou '--man' para obter mais informações.

OPÇÕES

-d, --dsn
Fonte de dados DBI (padrão dbi: mysql: test)

-n, --namespace
O prefixo da tabela a ser usado (undef padrão) Permite vários recursos de sequência independente
bancos de dados a serem armazenados em um único banco de dados

-s, --seqrecurso
O tipo de SeqFeature a ser criado ... RTSC (padrão Bio :: DB :: SeqFeature)

-a, --adaptador
O adaptador de armazenamento (classe) a ser usado (DBI :: mysql padrão)

-v, --verboso
Ativar relatório de progresso detalhado (padrão verdadeiro) Use --noverbose para desligar.

-f, --rápido
Ative o carregamento rápido. (padrão 0) Disponível apenas para alguns adaptadores.

-T, --diretório temporário
Especifique o diretório temporário para carregamento rápido (padrão Arquivo :: Especificação->tmpdir ())

-i, --ignore-seqregion
Se verdadeiro, ignore as diretivas de região de sequência ## no arquivo GFF3 (padrão, crie um
recurso para cada região)

-c, --criar
Crie o banco de dados e reinicialize-o (padrão falso) Nota, isso irá apagar o anterior
conteúdo do banco de dados, se houver.

-u, --usuário
Usuário para se conectar ao banco de dados como

-p, --senha
Senha para usar para conectar ao banco de dados

-z, --zip
Compactar tabelas de banco de dados para economizar espaço (padrão falso)

-S, --subcaracterísticas
Ative a indexação de sub-recursos (padrão verdadeiro) Use --nosubfeatures para desligar isso.

--resumo
Gerar estatísticas de resumo para gráficos de cobertura (padrão falso). Isso pode ser executado em um
banco de dados carregado anteriormente ou durante o carregamento. O padrão será verdadeiro se --create for
usava.

-N, --nosresumo
Não gere estatísticas de resumo para economizar espaço e tempo de carregamento (padrão se
--create não é especificado, use esta opção para desativar explicitamente as estatísticas de resumo
quando --create é especificado)

--noalias-alvo
Não crie um atributo Alias ​​cujo valor seja o target_id em um atributo Target (se
o recurso contém um atributo Target, o padrão é criar um atributo Alias
cujo valor é o target_id no atributo Target)

Por favor, veja http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml para informações sobre o GFF3
formato. BioPerl estende o formato ligeiramente adicionando uma diretiva ## index-subfeatures. Definir
isso para um valor verdadeiro se você deseja que o banco de dados seja capaz de recuperar o
partes individuais (como os exões de uma transcrição), independentemente do nível superior
recurso:

## index-subfeatures 1

Também é possível controlar a indexação de sub-recursos caso a caso por
adicionando "index = 1" ou "index = 0" à lista de atributos do recurso. Isso só deve ser usado
para sub-recursos.

A indexação de sub-recursos é verdadeira por padrão. Defina como falso (0) para economizar muito espaço no banco de dados
e desempenho de velocidade. Você pode usar --nosubfeatures para forçar isso.

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