Este é o comando compstruct que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
compstruct - calcular a precisão das previsões de estrutura secundária de RNA
SINOPSE
compstruir [opções] arquivo_confiável arquivo_teste
DESCRIÇÃO
compstruir avalia a precisão das previsões da estrutura secundária do RNA, por
base de pares de bases. o arquivo_confiável contém uma ou mais sequências com RNA confiável (conhecido)
anotação de estrutura secundária. o arquivo_teste contém as mesmas sequências, no mesmo
ordem, com anotação de estrutura secundária de RNA prevista. compstruir lê as estruturas
e os compara, e calcula a sensibilidade (o número de pares de bases verdadeiros que
são previstos corretamente) e a especificidade (valor preditivo positivo, o número de
pares de bases previstos que são verdadeiros). Os resultados são relatados para cada sequência individual,
e em resumo para todas as sequências juntas.
Ambos os arquivos devem conter anotações de estrutura secundária em notação WUSS. Apenas SELEX e
Os formatos de Estocolmo suportam marcação de estrutura no momento.
A definição padrão de um par de base predito corretamente é que um par verdadeiro (i, j) deve
corresponder exatamente a um par previsto (i, j).
Mathews, Zuker, Turner e colegas (ver: Mathews et al., JMB 288: 911-940, 1999) usam um
definição mais relaxada. Mathews define "correto" da seguinte forma: um par verdadeiro (i, j) é
previsto corretamente se qualquer um dos seguintes pares forem previstos: (i, j), (i + 1, j), (i-1, j),
(i, j + 1) ou (i, j-1). Esta regra permite "hélices escorregadas" em uma base. o -m
opção ativa esta regra para sensibilidade e especificidade. Por especificidade, o
regra é invertida: o par previsto (i, j) é considerado verdadeiro se a estrutura verdadeira
contém um dos cinco pares (i, j), (i + 1, j), (i-1, j), (i, j + 1) ou (i, j-1).
OPÇÕES
-h Imprima uma breve ajuda; inclui o número da versão e um resumo de todas as opções, incluindo
opções de especialistas.
-m Use a regra de precisão relaxada de Mathews (veja acima), em vez de exigir
previsão de pares de bases.
-p Conte os pares de bases com pseudo-nós para a precisão, tanto no confiável quanto no previsto
estruturas. Por padrão, os pseudo-nós são ignorados.
Normalmente, apenas o arquivo_confiável teria anotação de pseudo nó, uma vez que a maioria dos RNA
programas de previsão de estrutura secundária não prevêem pseudo-nós. Usando o -p
opção permite que você penalize o programa de previsão por não prever dados conhecidos
pseudo-nós. Em um caso em que ambos arquivo_confiável e arquivo_teste
anotação de pseudo nó, o -p opção permite contar pseudo-nós na avaliação do
precisão de previsão. Cuidado, no entanto, o caso em que você usa um dispositivo capaz de pseudo nó
programa de previsão para gerar o arquivo_teste, mas o arquivo_confiável não tem
anotação de pseudo nó; nesse caso, -p irá penalizar quaisquer pseudo-nós previstos
quando calcula a especificidade, mesmo que estejam certos, porque não aparecem em
a anotação confiável; isso provavelmente não é o que você gostaria de fazer.
EXPERT OPÇÕES
--informar
Especifique se os dois arquivos de sequência estão em formato . In esse caso, ambos arquivos
devo be in da mesmo formato. O padrão é detectar automaticamente os formatos de arquivo, nos quais
caso eles poderiam ser diferentes (um SELEX, um Estocolmo).
--quieto
Não imprima nenhuma informação detalhada do cabeçalho.
Use compstruct online usando serviços onworks.net
