dane - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

dan - Calcula a temperatura de fusão do ácido nucleico

SINOPSE

dan -seqüência sequência -tamanho da janela número inteiro -shiftincremento número inteiro -dnaconc flutuar
-salconc flutuar [-produtos alternancia] -formamida flutuar -incompatibilidade flutuar -prodlen número inteiro
[-termo alternancia] -temperatura flutuar -rna booleano -enredo alternancia -mintemp flutuar
-gráfico xigrafo -arquivo de saída Denunciar

dan -Socorro

DESCRIÇÃO

dan é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open Software
Suíte"). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Nucleico: Propriedades, Nucleico: Composição".

OPÇÕES

Entrada seção
-seqüência sequência

Exigido seção
-tamanho da janela número inteiro
Os valores do ponto de fusão e outras propriedades termodinâmicas da sequência são
determinado tomando um pequeno comprimento de sequência conhecido como janela e determinando o
propriedades da sequência nessa janela. A janela é movida incrementalmente ao longo do
seqüência com as propriedades sendo calculadas em cada nova posição. Valor padrão: 20

-shiftincremento número inteiro
Este é o valor pelo qual a janela é movida a cada incremento para encontrar o
ponto de fusão e outras propriedades ao longo da sequência. Valor padrão: 1

-dnaconc flutuar
Valor padrão: 50.

-salconc flutuar
Valor padrão: 50.

Adicional seção
Produto opções
-produtos alternancia
Isso solicita a porcentagem de formamida, a porcentagem de incompatibilidades permitidas e o comprimento do produto.

-formamida flutuar
Isso especifica a porcentagem de formamida a ser usada nos cálculos (ela é ignorada a menos que
-produto é usado). Valor padrão: 0.

-incompatibilidade flutuar
Isso especifica o percentual de incompatibilidade a ser usado nos cálculos (é ignorado a menos que
-produto é usado). Valor padrão: 0.

-prodlen número inteiro
Isso especifica o comprimento do produto a ser usado nos cálculos (é ignorado a menos que
-produto é usado). Valor padrão: $ (windowsize)

Termodinâmico opções
-termo alternancia
Envie os valores DeltaG, DeltaH e DeltaS das janelas de sequência para os dados de saída
arquivo.

-temperatura flutuar
Se -thermo tiver sido especificado, então isso especifica a temperatura na qual
calcular os valores DeltaG, DeltaH e DeltaS. Valor padrão: 25.

Avançado seção
-rna booleano
Isso especifica que a sequência é uma sequência de RNA e não uma sequência de DNA.

saída seção
-enredo alternancia
Se isso não for especificado, o arquivo de dados de saída é produzido, caso contrário, um gráfico do
ponto de fusão ao longo da sequência é produzido.

-mintemp flutuar
Insira um valor mínimo para a escala de temperatura (eixo y) do gráfico. Valor padrão:
55.

-gráfico xigrafo

-arquivo de saída Denunciar
Se um gráfico não estiver sendo produzido, os dados sobre o ponto de fusão etc. em cada janela
ao longo da sequência é enviada para o arquivo.

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