gdcmimg - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gdcmimg - Manipula arquivo de imagem DICOM.

gdcmimg é uma ferramenta de baixo nível para permitir o desencapsulamento de / para imagens DICOM. Esta ferramenta faz
não entendo a conversão de sintaxe de transferência. Ele encapsulará os dados brutos no estado em que se encontram. Esse
tem algum impacto em alguns casos, consulte os avisos especiais abaixo.

É importante notar que o gdcmimg só pode encapsular o arquivo de entrada adequado, por exemplo
JPG e / ou JP2 são aceitos, pois uma sintaxe de transferência DICOM associada pode ser encontrada.
No entanto, entradas como TIFF e / ou PNG não são, uma vez que DICOM não os suporta. Ver
em vez disso, uma ferramenta como gdcm2vtk.

SINOPSE

gdcmimg [opções] arquivo de entrada de arquivo de saída

DESCRIÇÃO

A gdcmimg A ferramenta de linha de comando pode ser usada de duas maneiras:

· 1. Converter um formato de arquivo reconhecido em sua contraparte DICOM encapsulada,

· 2. Tornar anônima uma parte retangular de um arquivo DICOM.

PARÂMETROS

nome de arquivo de entrada de arquivo (não DICOM)

arquivo de saída DICOM nome do arquivo de saída

OPÇÕES

-i --input Nome do arquivo de entrada
-o --output Nome do arquivo de saída

ESPECÍFICO OPÇÕES

--endian% s Endianness (LSB / MSB).
-d --depth% d Profundidade (8/16/32 ou BitsAllocated, por exemplo, 12 quando conhecido).
--sign% s Pixel sign (0/1).
--spp% d Amostra por pixel (1/3).
-s --size% d,% d Tamanho.
-C --sop-class-uid UID de classe SOP (nome ou valor).
-T --study-uid Estudo UID.
-S --series-uid Série UID.
--root-uid UID de raiz.

PREENCHER OPÇÕES

-R --region% d,% d região.
-F --fill% d Preencher com o valor de pixel especificado.

SUPORTE OPÇÕES

-h --ajuda
imprima este texto de ajuda e saia

-v --versão
imprimir informações da versão e sair

-V --verboso
modo detalhado (aviso + erro).

-W - advertência
modo de aviso, imprimir informações de aviso

-E --erro
modo de erro, imprimir informações de erro

-D --depurar
modo de depuração, imprimir informações de depuração

MEIO AMBIENTE VARIÁVEL

GDCM_ROOT_UID UID de raiz

SUPORTADOS ARQUIVO FORMATO (APROPRIADO ARQUIVO EXTENSÃO)

O gdcmimg baseará seu processo de conversão com base na extensão do arquivo. Segue a lista de
extensão de arquivo reconhecida. Quando nenhuma extensão é encontrada, o arquivo DICOM é assumido.

Formato de entrada

* RAW (raw, rawl, grey, rgb)
* RLE (rle)
*PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM()

Formato de saída:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM()

Para o formato de arquivo RAW, você deve tomar cuidado especial com a opção –endian. Para o (antigo)
Formato de arquivo JPEG, ambos os formatos com perdas e sem perdas são suportados, o usuário deve pagar
atenção à opção –sign. Para formatos de arquivo como RLE ou RAW, o usuário deve
preencha as informações necessárias para encontrar a dimensão e o tipo de dados de entrada, pois não há
outra maneira de encontrar essas informações. Para todos os outros formatos de arquivo, as propriedades são derivadas
do próprio formato de arquivo.

O arquivo PNM deve ser big endian (importante para profundidade> 8)

TÍPICA USO

Eliminar a retangular parte of da imagem
Para preencher a região [0,100] x [0,100] de uma imagem DICOM, basta fazer:

$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

Aviso: se os dados de pixel forem compactados, a imagem é primeiro descompactada para que o pixel
pode ser definido como 0, mas não é compactado novamente.

Converter RAW para DICOM
A extensão reconhecida é .raw, .rawl, .gray ou .rgb (não diferencia maiúsculas de minúsculas)

$ gdcmimg --tamanho 512,512 - profundidade 16 -i input.raw -o output.dcm

a imagem será uma captura secundária.

Quando a entrada é de 3 componentes, é necessário especificar explicitamente as Amostras por Pixel:

$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm

Quando o nome do arquivo contém .rgb como extensão de arquivo, a saída é automaticamente reconhecida como
RGB sem necessidade de especificar –spp

$ gdcmimg --size 512,512 input.rgb output_rgb.dcm

Você pode usar o dd linha cmd para pular qualquer cabeçalho que você gostaria de descartar, por exemplo, se
você gostaria de pular os primeiros 108 bytes, basta fazer:

$ dd skip = 108 bs = 1 if = input.raw of = output.raw

As extensões .raw e .rawl são equivalentes. Você precisa especificar explicitamente o endianness
manualmente:

$ gdcmimg --endian MSB --tamanho 512,512 --profund. 16 -i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --tamanho 512,512 --profundidade 16 -i input.raw -o output.dcm

Converter PGM / PNM / PPM para DICOM
As extensões reconhecidas são .pgm, .pnm, .ppm (não diferencia maiúsculas de minúsculas)

$ gdcmimg -i entrada.pgm -o saída.dcm

a imagem será uma captura secundária

Converter RLE para DICOM
A extensão reconhecida é .rle (não diferencia maiúsculas de minúsculas)

$ gdcmimg --tamanho 512,512 - profundidade 16 -i input.rle -o output.dcm

a imagem será uma captura secundária

Converter JPEG para DICOM
As extensões reconhecidas são .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (não diferencia maiúsculas de minúsculas)

$ gdcmimg -i entrada.ljpeg -o saída.dcm

a imagem será uma captura secundária

Converter J2K para DICOM
As extensões reconhecidas são .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (não diferencia maiúsculas de minúsculas)

$ gdcmimg -i entrada.j2k -o saída.dcm

a imagem será uma captura secundária.

Todas as informações de pixels (bits armazenados / alocados ...) serão derivadas da própria imagem,
e não nas opções de linha de comando.

Especificando a SOP Aula UID
Em vez do armazenamento de imagem de captura secundária padrão, pode-se querer especificar, digamos, VL
Armazenamento de imagens fotográficas.

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 entrada.jpg saída.dcm

MÚLTIPLO ARQUIVOS

O gdcmimg lida muito bem com um conjunto de arquivos (por exemplo, jpeg):

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg saída.dcm

É importante especificar uma classe SOP que suporte imagens com vários quadros de outra forma
O gdcmimg falhará.

Abra DESVIO

Em alguns casos, pode-se desejar criar uma fatia 2D a partir de um volume arbitrário (por exemplo, 3D). No
qual caso –offset torna-se útil:

$ gdcmimg --offset 4954104330 --tamanho 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

ATENÇÃO

Existem alguns problemas com a implementação de gdcmimg:

Para arquivo RAW, deve-se prestar atenção que ao usar –endian MSB os dados de pixel serão
encapsulado como está (não tocado por gdcmimg). Portanto, a única sintaxe de transferência possível
disponível está Implícito VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM lida com isso
Sintaxe de transferência. Então, se você precisar converter esta Sintaxe de Transferência para outra (e permitir
Manipulação de dados de pixel), você pode usar:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm

Para o arquivo JFIF e o arquivo JP2 (com cabeçalho), o cabeçalho é copiado para o elemento Pixel Data
o que é ilegal para JP2. Use gdcmconv para recodificar adequadamente um arquivo JP2 / JFIF em J2K / JPG.

$ gdcmimg entrada.jp2 saída_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force saída_jp2.dcm saída_j2k.dcm

Para o arquivo RLE, nenhuma verificação é feita para cruzar o limite da linha. Recomenda-se usar
gdcmconv –rle para recodificar em um arquivo RLE adequado em caso de dúvida.

Claro, se a compressão não estiver ok com a sua configuração, você pode sempre desencapsular o
Arquivo DICOM (normalmente JPEG) em um formato não encapsulado, usando gdcmconv:

$ gdcmconv --raw entrada_jpeg.dcm saída_raw.dcm

Use gdcmimg online usando serviços onworks.net