gdcminfo - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gdcminfo - Exibe meta informações sobre o arquivo DICOM de entrada.

SINOPSE

gdcminfo [opções] [file-in / dir-in ...]

DESCRIÇÃO

A gdcminfo programa de linha de comando leva como entrada um arquivo DICOM ou um diretório e processo
para extrair meta-informação sobre o (s) arquivo (s) DICOM processado.

PARÂMETROS

file-in / dir-in DICOM nome do arquivo de entrada / dirname

OPÇÕES

específico opções
-r - travessia recursiva recursiva de um diretório de entrada
-d --check-deflated verifica se o arquivo tem a sintaxe deflacionada adequada.
--resources-path Caminho dos recursos.
--md5sum Calcula md5sum do valor do atributo Pixel Data.
--check-compression verifica a compressão do fluxo encapsulado (sem perdas / com perdas).

geral opções
-h --ajuda
imprima este texto de ajuda e saia

-v --versão
imprimir informações da versão e sair

-V --verboso
modo detalhado (aviso + erro).

-W - advertência
modo de aviso, imprimir informações de aviso

-E --erro
modo de erro, imprimir informações de erro

-D --depurar
modo de depuração, imprimir informações de depuração

meio Ambiente variável
GDCM_RESOURCES_PATH caminho apontando para arquivos de recursos (Part3.xml, ...)

SIMPLES USO

gdcmData
Usando dados de gdcmData:

$ gdcminfo gdcmData / 012345.002.050.dcm

MediaStorage é 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4 [MR Image Storage]
Número De Dimensões: 2
Dimensões: (256,256)
Origem: (-85,21.6,108.7)
Espaçamento: (0.664062,0.664062,1.5)
DirectionCosines: (1,0,0,0,0, -1)
Rescale Intercept / Slope: (0,1)
SamplesPerPixel: 1
BitsAllocated: 16
BitsStored: 16
HighBit: 15
PixelRepresentation: 1
Etiqueta de orientação: CORONAL

Davie Clunie conjuntos de dados:
Usando dados de conjuntos de dados David Clunie:

$ gdcminfo BRTU001.dcm

MediaStorage é 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4.1 [Armazenamento de imagem MR aprimorado]
Número De Dimensões: 3
Dimensões: (256,256,15)
Origem: (40, -105,105)
Espaçamento: (0.820312,0.820312,6)
DirectionCosines: (0,1,0,0,0, -1)
Rescale Intercept / Slope: (0,1)
SamplesPerPixel: 1
BitsAllocated: 16
BitsStored: 16
HighBit: 15
PixelRepresentation: 1
Etiqueta de orientação: SAGITTAL

Checagem que o md5sum of que o pixels Data
Depois de compactar um arquivo DICOM (consulte gdcmconv) usando um algoritmo de compactação sem perdas,
é bastante fácil comparar os dois arquivos para diferenças no nível de atributo DICOM. Contudo
uma operação é ligeiramente mais fácil de fazer: como ter certeza de que a compressão foi realmente
sem perdas ? Neste caso, pode-se usar a operação –md5sum.

Pegue um arquivo de imagem DICOM descompactado:

$ gdcminfo --md5sum SIEMENS_ImageLocationUN.dcm

The tool return: 0621954acd5815e0b4f7b65fcc6506b1

Agora compacte este arquivo:

$ gdcmconv --jpegls SIEMENS_ImageLocationUN.dcm lossless_compressed.dcm

e verifique novamente o md5sum:

$ gdcminfo --md5sum lossless_compressed.dcm

The tool return: 0621954acd5815e0b4f7b65fcc6506b1

Checagem if pixels Data is lossless
Em alguns ambientes, deseja-se verificar se o arquivo DICOM não tem perdas. Isto é
bastante fácil de fazer isso na maioria dos casos. Apenas em duas ocasiões, isso não fica claro a partir do
Atributos DICOM únicos. Quando a sintaxe de transferência é JPEG 2000 Image Compression
(1.2.840.10008.1.2.4.91) e quando a sintaxe de transferência for JPEG-LS com perdas (quase sem perdas)
Compressão de imagem (1.2.840.10008.1.2.4.81).

Neste caso, a única solução é abrir o elemento Pixel Data, ler o JPEG específico
cabeçalho e verifique se a transformação JPEG foi ou não sem perdas:

$ gdcminfo --check-compression gdcmData / MAROTECH_CT_JP2Lossy.dcm

A ferramenta retorna: "Encapsulated Stream was found to be: lossy"

Preste atenção que esta ferramenta também verifica o atributo Image Lossy Compression
(0028,2110). Isso significa --check-compressão também retornará um valor com perdas se um
antecessor foi encontrado para ser compactado com perdas.

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