gt-cds - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gt-cds - Adiciona recursos de CDS (sequência de codificação) aos recursos de exon fornecidos no arquivo GFF3.

SINOPSE

gt cds [opção ...] [GFF3_file]

DESCRIÇÃO

-menorflen [valor]
definir o comprimento mínimo que um quadro de leitura aberta (ORF) deve ter para ser adicionado como um CDS
recurso (medido em aminoácidos) (padrão: 64)

-startcodon [sim | não]
exigem que um ORF deve começar com um códon de início (padrão: não)

-finalstopcodon [sim | não]
exigem que o ORF final termine com um códon de parada (padrão: não)

-seqfile [nome do arquivo]
definir o arquivo de sequência de onde tirar as sequências (padrão: indefinido)

-encseq [nome do arquivo]
definir o nome do índice da sequência codificada a partir do qual tirar as sequências (padrão:
Indefinido)

-seqfiles
definir os arquivos de sequência dos quais extrair os recursos de uso -- para encerrar a lista
de arquivos de sequência

-matchdesc [sim | não]
pesquisar as descrições de sequência dos arquivos de entrada para os IDs de sequência desejados (em
GFF3), relatando a primeira correspondência (padrão: não)

-matchdescstart [sim | não]
correspondem exatamente às descrições da sequência dos arquivos de entrada para a sequência desejada
IDs (em GFF3) do início ao primeiro espaço em branco (padrão: não)

-usedesc [sim | não]
usar descrições de sequência para mapear os IDs de sequência (em GFF3) para a sequência real
entradas. Se uma descrição contiver um intervalo de sequência (por exemplo, III: 1000001..2000000), o
a primeira parte é usada como ID de sequência (III) e a posição da primeira faixa como deslocamento
(1000001) (padrão: não)

-mapeamento da região [corda]
definir arquivo contendo região de sequência para mapeamento de arquivo de sequência (padrão: indefinido)

-v [sim | não]
ser prolixo (padrão: não)

-o [nome do arquivo]
redirecionar a saída para o arquivo especificado (padrão: indefinido)

-gzip [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado gzip (padrão: não)

-bzip2 [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado bzip2 (padrão: não)

-força [sim | não]
forçar a gravação no arquivo de saída (padrão: não)

-Socorro
exibir ajuda e sair

-versão
exibir informações de versão e sair

Formato de arquivo para opção -mapeamento da região:

O arquivo fornecido para a opção -regionmapping define um “mapeamento”. Um mapeamento mapeia o
entradas de região de sequência fornecidas no GFF3_arquivo para um arquivo de sequência contendo o
sequência correspondente. Os mapeamentos podem ser definidos em uma das duas formas a seguir:

mapeamento = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

mapeamento de função (sequence_region)
return "hs_ref _" .. sequence_region .. ". fa.gz"
final

A primeira forma define uma Lua (http://www.lua.org) tabela chamada "mapeamento" que mapeia cada
região de sequência para o arquivo de sequência correspondente. O segundo define uma função Lua
“Mapeamento”, que deve retornar o nome do arquivo de sequência quando é chamado com o
sequence_region como argumento.

RELATÓRIOS INSETOS

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