infernal - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

Infernal - análise de sequência usando perfis de sequência de RNA e estrutura secundária
consenso

SINOPSE

cmalinhar
Alinha sequências a um modelo de covariância

cmconstruir
Construir modelo (s) de covariância a partir de sequência múltipla de RNA estruturalmente anotado
alinhamento (s)

cmcalibrar
Ajustar caudas exponenciais para a determinação do valor E do modelo de covariância

cmconverter
Converter arquivos de modelo de covariância infernal

cmemitir
Sequências de amostra de um modelo de covariância

cmfetch
Recuperar modelo (s) de covariância de um arquivo

cmpress
Prepare um banco de dados de modelo de covariância para cmscan

cmscan
Sequência (s) de pesquisa em relação a um banco de dados de modelo de covariância

cmsearch
Pesquisar modelo (s) de covariância em relação a um banco de dados de sequência

cmstat
estatísticas de resumo para um arquivo de modelo de covariância

DESCRIÇÃO

Infernal é um conjunto de vários programas para alinhamento de sequência de RNA estrutural e banco de dados
pesquisa de homologia. Ele usa modelos probabilísticos chamados "modelos de covariância" (CMs) para
representam os prováveis ​​homólogos evolutivos de um alinhamento múltiplo (ou sequência única) de
uma família de sequência de RNA estrutural.

Junto com o banco de dados Rfam de famílias de RNA e CMs associados
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal pode ser usado para anotar homólogos de estruturas conhecidas
Famílias de RNA em genomas.

Infernal está intimamente relacionado ao pacote de software HMMER para análise de família de sequência usando
perfil HMMs (http://hmmer.org), mas é projetado especificamente para a sequência de RNA estrutural
famílias. Além de modelar a sequência conservada de uma família como os HMMs de perfil fazem,
CMs modelam a estrutura secundária conservada, bem aninhada (não pseudo-nó) da família como
Nós vamos. Consequentemente, os métodos de busca e alinhamento de CM são relativamente computacionalmente
caro. Infernal usa HMMs de perfil como filtros e para derivar restrições para fazer o
Métodos de CM mais práticos.

O Infernal é usado em três modos principais: pesquisar um banco de dados de sequência por novos homólogos de um
Família de RNA (ou anotar homólogos em um genoma); para pesquisar um banco de dados CM (como Rfam) para encontrar
a qual família conhecida uma sequência de consulta pertence; e construir automaticamente grandes
alinhamentos múltiplos (ou seja, com um número efetivamente ilimitado de sequências) usando um CM
representante de uma família de sequências.

Suponha que você tenha um alinhamento de sequência múltipla anotado estruturalmente de uma sequência de RNA
família de interesse, e você deseja pesquisar um banco de dados de sequência para homólogos adicionais.
A cmconstruir programa constrói modelo (s) de covariância de múltiplos alinhamentos e cmcalibrar
determina parâmetros importantes para estimar a significância estatística do banco de dados
acessos ao modelo em pesquisas subsequentes.

A cmsearch programa pesquisa CM (s) em um banco de dados de seqüência.

Suponha que você tenha sequência (s) que deseja analisar usando um banco de dados CM baseado em Infernal
como Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). O cmpress o programa formata um modelo de covariância
(como o arquivo que você baixaria do Rfam) em um banco de dados binário Infernal. o
cmscan o programa pesquisa a (s) sequência (s) nesse banco de dados.

Suponha que você queira alinhar muitas sequências. Você pode construir um pequeno e gerenciável
alinhamento estrutural de um conjunto representativo de sequências, construir um CM com cmconstruir, e
use o cmalinhar programa para alinhar qualquer número de sequências a esse CM.

O Infernal também inclui algumas ferramentas auxiliares para trabalhar com grandes bancos de dados CM. cmfetch
busca um ou mais CMs de um banco de dados. cmstat imprime estatísticas resumidas sobre um CM
arquivo.

Para compatibilidade com versões anteriores do Infernal, bem como com HMMER, o cmconverter
programa converte arquivos CM para alguns outros formatos.

A cmemitir o programa gera (simula) sequências "homólogas" por amostragem de um CM. Isto
também pode gerar uma sequência de "consenso".

Cada programa tem sua própria página de manual.

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