libscane - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

libscan - Pesquisas de diagnóstico para famílias de proteínas.

SINOPSE

libscan -modo Lista -grib booleano -henik booleano -Hmm booleano -sam booleano -pssm booleano
-assinatura booleano -hmmpath corda -hmmtextn corda -hmmoutpath corda -hmmoutextn corda
-sampath corda -mesmo corda -samoutpath corda -samoutextn corda
-pssmpath corda -pssmextn corda -nitro número inteiro -debulha flutuar -maxhit número inteiro
-pssmoutpath corda -pssmoutextn corda -gbvpath corda -gbvextn corda
-gbvgapo flutuar -gbvgape flutuar -gbvoutpath corda -gbvoutextn corda
-hnfpath corda -hnfextn corda -hnfgapo flutuar -hnfgape flutuar -hnfoutpath corda
-hnfoutextn corda -sigpath corda -sigextn corda -ntem Lista -sub matrizf
-siggapo flutuar -sigape flutuar -caminho de saída corda -sigotextn corda -db conjunto de sequências
-scopf no arquivo

libscan -Socorro

DESCRIÇÃO

libscan é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Proteína: Estrutura 3D".

OPÇÕES

-modo Lista
libscan é executado em um dos dois modos: (i) modo de pesquisa de banco de dados ou (ii) biblioteca
modo de tela. No modo de pesquisa de banco de dados, o libscan lê um ou mais diretórios cada
contendo um único tipo de elemento discriminante, os tipos permitidos são esparsos
assinatura de sequência, perfil Gribskov, perfil Henikoff ou modelo Markov oculto. No
modo de tela da biblioteca, libscan lê um conjunto de sequências, seleciona cada sequência em relação ao
biblioteca (diretórios de elementos discriminantes) e grava um arquivo de digitalização de biblioteca (de
famílias com melhor pontuação) para cada um. Valor padrão: 2

-grib booleano
Valor padrão: N

-henik booleano
Valor padrão: N

-Hmm booleano
Valor padrão: N

-sam booleano
Valor padrão: N

-pssm booleano
Valor padrão: Y

-assinatura booleano
Valor padrão: N

-hmmpath corda
Valor padrão: ./ lib /

-hmmtextn corda
Valor padrão: .hmm

-hmmoutpath corda
Valor padrão: ./

-hmmoutextn corda
Valor padrão: .hmmout

-sampath corda
Valor padrão: ./

-mesmo corda
Valor padrão: .mod

-samoutpath corda
Valor padrão: ./

-samoutextn corda
Valor padrão: .samout

-pssmpath corda
Valor padrão: / data / structure / lib / pssm /

-pssmextn corda
Valor padrão: .chk

-nitro número inteiro
Valor padrão: 1

-debulha flutuar
Valor padrão: 100

-maxhit número inteiro
Valor padrão: 1000

-pssmoutpath corda
Valor padrão: ./

-pssmoutextn corda
Valor padrão: .pssmout

-gbvpath corda
Valor padrão: ./

-gbvextn corda
Valor padrão: .grib

-gbvgapo flutuar
Valor padrão: 10.0

-gbvgape flutuar
Valor padrão: 0.5

-gbvoutpath corda
Valor padrão: ./

-gbvoutextn corda
Valor padrão: .gribout

-hnfpath corda
Valor padrão: ./

-hnfextn corda
Valor padrão: .henik

-hnfgapo flutuar
Valor padrão: 10.0

-hnfgape flutuar
Valor padrão: 0.5

-hnfoutpath corda
Valor padrão: ./

-hnfoutextn corda
Valor padrão: .henikout

-sigpath corda
Valor padrão: ./

-sigextn corda
Valor padrão: .sig

-ntem Lista
Valor padrão: 1

-sub matrizf
Valor padrão: EBLOSUM62

-siggapo flutuar
Valor padrão: 10.0

-sigape flutuar
Valor padrão: 0.5

-caminho de saída corda
Valor padrão: ./

-sigotextn corda
Valor padrão: .sigout

-db conjunto de sequências
No modo de pesquisa de banco de dados, libscan verifica cada elemento discriminante em relação a uma sequência
definir. No modo de tela da biblioteca, libscan lê um conjunto de sequências e rastreia cada sequência
contra a biblioteca (diretórios de elementos discriminantes) Valor padrão: 49142.vdhf

-scopf no arquivo
Em qualquer um dos modos, um 'arquivo de classificação scop' é necessário como fonte de família
dados de classificação. Um arquivo de classificação scop contém classificação e outros dados
para domínios do banco de dados scop. O arquivo está no formato embl e é gerado
por scopparse. As informações de sequência de domínio podem ser adicionadas ao arquivo usando scopseqs.
Valor padrão: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

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