megablast - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Ferramenta Básica de Pesquisa de Alinhamento Local

SINOPSE

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "começo Pare"] [-J "começo Pare"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a nome do arquivo] [-d N] [-e X] [-g F] -i nome do arquivo
-j nome do arquivo [-m] [-o nome do arquivo] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

blast2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "começo Pare"]
[-J "começo Pare"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i nome do arquivo]
[-j nome do arquivo] [-k str] [-m N] [-n] [-o nome do arquivo] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-você]
[-v N] [-C N] [-s N] [-z N]

Blastall [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L começar, parar] [-M str] [-O nome do arquivo] [-P N] [-Q N] [-R nome do arquivo] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nome do arquivo]
[-l str] [-m N] [-n] [-o nome do arquivo] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L começar, parar] [-M str] [-O nome do arquivo] [-P N] [-Q N] [-R nome do arquivo] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nome do arquivo] [-l str]
[-m N] [-n] [-o nome do arquivo] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

explosãocl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L começar, parar]
[-M str] [-O nome do arquivo] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nome do arquivo] [-m N] [-n] [-o nome do arquivo] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B nome do arquivo] [-C nome do arquivo] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O nome do arquivo] [-P N] [-Q nome do arquivo] [-R nome do arquivo] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i nome do arquivo] [-j N] [-k nome do arquivo] [-l str] [-m N] [-o nome do arquivo] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O nome do arquivo] [-P nome do arquivo]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i nome do arquivo] [-j N] [-m N] [-o nome do arquivo]
[-v N] [-y X] [-z N]

megaexplosão [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L começar, parar] [-M N]
[-N N] [-O nome do arquivo] [-P N] [-Q nome do arquivo] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i nome do arquivo] [-l str] [-m N] [-n]
[-o nome do arquivo] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L começar, parar] [-N X] [-O nome do arquivo] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d nome do arquivo [-e X] [-i nome do arquivo] [-l nome do arquivo] [-m N]
[-o nome do arquivo] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

sementeira [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O nome do arquivo]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i nome do arquivo] [-k nome do arquivo] [-o nome do arquivo] [-p str]
[-q N] [-r N]

DESCRIÇÃO

Esta página do manual documenta resumidamente os comandos bl2seq, explosão, Blastall, explosãocl3,
blastpgp, impala, megaexplosão, rpsblast e sementeira. Esses comandos são documentados
juntos porque eles têm muitas opções comuns.

bl2seq realiza uma comparação entre duas sequências usando o blastn ou o blastp
algoritmo. Ambas as sequências devem ser nucleotídeos ou proteínas.

blast2 compara uma sequência com um banco de dados local ou uma segunda sequência; isto
incorpora a maior parte da funcionalidade de ambos bl2seq e Blastall, mas usa um semi-
novo motor interno experimental.

Blastall e blastall_old encontre as melhores correspondências em um banco de dados local para uma sequência.
Blastall usa um motor mais novo que blastall_old por padrão, mas suporta o uso do mais antigo
motor também (quando invocado com a opção -V F).

explosãocl3 acessa o mais novo mecanismo de pesquisa NCBI BLAST (versão 2.0). O software por trás
O BLAST versão 2.0 foi escrito do zero para permitir que o BLAST lide com os novos desafios
apresentadas pelas bases de dados de sequências nos próximos anos. Atualizações para este software irão
continuar nos próximos anos.

blastpgp executa buscas blastp com lacunas e pode ser usado para realizar buscas iterativas em
modo de explosão psi e explosão phi.

impala pesquisa um banco de dados de matrizes de pontuação, preparado por copiadora(1), produzindo tipo BLAST
saída.

megaexplosão usa o algoritmo guloso de Webb Miller et al. para a sequência de nucleotídeos
o alinhamento pesquisa e concatena muitas consultas para economizar tempo gasto na varredura do banco de dados.
Este programa é otimizado para alinhar sequências que diferem ligeiramente como resultado de
sequenciamento ou outros "erros" semelhantes. É até 10 vezes mais rápido que o mais comum
programas de similaridade de sequência e, portanto, podem ser usados ​​para comparar rapidamente dois grandes conjuntos
de sequências umas contra as outras.

rpsblast (PSI-BLAST reverso) pesquisa uma sequência de consulta em um banco de dados de perfis.
Este é o oposto do PSI-BLAST que pesquisa um perfil em um banco de dados de sequências,
daí o `reverso '. rpsblast usa um algoritmo semelhante ao BLAST, encontrando palavras simples ou duplas
acertos e, em seguida, executar uma extensão sem lacuna nessas correspondências candidatas. Se um
alinhamento sem lacuna com pontuação suficientemente alta é produzido, uma extensão com lacuna é realizada
e aqueles alinhamentos (com lacunas) com valor esperado suficientemente baixo são relatados. Esse
procedimento está em contraste com IMPALA que executa um cálculo Smith-Waterman entre o
consulta e cada perfil, em vez de usar uma abordagem de acerto de palavras para identificar correspondências que
deve ser estendido.

sementeira responde a duas perguntas relativamente simples:
1. Dada uma sequência e um banco de dados de padrões, quais padrões ocorrem na sequência
e onde?
2. Dado um padrão e um banco de dados de sequência, quais sequências contêm o padrão e
Onde?

Alguns desses comandos oferecem suporte a vários tipos de comparação, regidos pelo -p
("programa") sinalizador:

blastp compara uma sequência de consulta de aminoácidos com um banco de dados de sequência de proteínas.

blastn compara uma sequência de consulta de nucleotídeos com um banco de dados de sequências de nucleotídeos.

blastx compara os produtos de tradução conceitual de seis quadros de uma consulta de nucleotídeo
seqüência (ambas as fitas) contra um banco de dados de seqüência de proteínas. Para bl2seq,
o nucleotídeo deve ser a primeira seqüência fornecida.

psitblastn compara uma sequência de consulta de proteína com um banco de dados de sequência de nucleotídeos
traduzido dinamicamente em todos os seis quadros de leitura (ambas as vertentes) usando um
matriz específica de posição criada por PSI-BLAST.

tblastn compara uma sequência de consulta de proteína com um banco de dados de sequência de nucleotídeos
traduzido dinamicamente em todos os seis quadros de leitura (ambas as vertentes). Para bl2seq,
o nucleotídeo deve ser a segunda seqüência dada.

tblastx compara as traduções de seis quadros de uma sequência de consulta de nucleotídeos contra o
traduções de seis quadros de um banco de dados de sequência de nucleotídeos.

OPÇÕES

Um resumo das opções está incluído abaixo.

- Imprimir mensagem de uso

-A (bl2seq)
Sequências de entrada na forma de access.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Tamanho da janela de Multiple Hits; geralmente o padrão é 0 (para extensões de hit único), mas
o padrão é 40 ao usar modelos descontíguos.

-B N (explosão2)
Produza resultados imediatos:
0 nenhum (padrão)
1 tabela de compensações e valores de qualidade
2 adicionar dados de sequência
3 texto ASN.1
4 ASN.1 binário

-B N (blastall, blastall_old)
Número de consultas concatenadas, no modo blastn ou tblastn

-B nome do arquivo (blastpgp)
Arquivo de alinhamento de entrada para reinicialização do PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Use estatísticas baseadas em composição para blastp ou tblastn:
T, t, D ou d
Padrão (equivalente a 1 para blast2 e blastall_old e para 2 para Blastall
e explosãocl3)
0, F ou f
Sem estatísticas baseadas em composição
1 Estatísticas baseadas em composição como em NAR 29: 2994-3005, 2001
2 Ajuste de pontuação baseado em composição como em Bioinformática 21: 902-911, 2005,
condicionado nas propriedades da sequência
3 Ajuste de pontuação baseado em composição como em Bioinformática 21: 902-911, 2005,
incondicionalmente
Ao habilitar estatísticas em blastall, blastall_old ou blastcl3 (ou seja, não blast2),
acrescentando u (não faz distinção entre maiúsculas e minúsculas) para o modo permite o uso de valores p unificados
combinando o alinhamento e os valores p de composição na rodada 1 apenas.

-C nome do arquivo (blastpgp)
Arquivo de saída para ponto de verificação PSI-BLAST

-C N (topo de semente)
Pontuação apenas ou não (padrão = 1)

-D N (bl2seq)
Formato de saída:
0 tradicional (padrão)
1 tabela

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Traduzir sequências no banco de dados de acordo com o código genético N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (o padrão é 1; aplica-se apenas a tblast *)

-D N (megablasto)
Tipo de saída:
0 pontos finais de alinhamento e pontuação
1 ponto final de todos os segmentos sem lacuna
2 saídas BLAST tradicionais (padrão)
3 formato de linha delimitado por tabulação
4 texto incremental ASN.1
5 ASN.1 binário incremental

-D N (topo de semente)
Redução de custo para alinhar (padrão = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Estendendo uma lacuna de custos N (-1 invoca o comportamento padrão)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
Estendendo uma lacuna de custos N (-1 invoca o comportamento padrão: não afim se ganancioso, 2
de outra forma)

-E N (blastpgp, impala, seedtop)
Estendendo uma lacuna de custos N (o padrão é 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Opções de filtro para DUST ou SEG; padrão para
T para bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 e megablast, e para F para
blastpgp, impala e rpsblast.

-F (topo de semente)
Sequência de filtro com SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Custos de abertura de uma lacuna N (-1 invoca o comportamento padrão)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
Custos de abertura de uma lacuna N (-1 invoca o comportamento padrão: não afim se ganancioso, 5 se
usando programação dinâmica)

-G N (blastpgp, impala, seedtop)
Custos de abertura de uma lacuna N (o padrão é 11)

-H (explosão2)
Produzir saída HTML

-H N (blastpgp)
Fim da região necessária na consulta (-1 indica o fim da consulta)

-H (impala)
Ajuda de impressão (diferente da mensagem de uso)

-H N (megablasto)
Número máximo de HSPs para salvar por sequência de banco de dados (o padrão é 0, ilimitado)

-I "começo Pare"(bl2seq, blast2)
Localização na primeira sequência (consulta) (aplica-se apenas se o arquivo for especificado com -i contém
uma única sequência)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Mostrar GIs em deflines

-J "começo Pare"(bl2seq, blast2)
Localização na segunda sequência (assunto) (aplica-se apenas se o arquivo especificado com -j
contém uma única sequência)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Acredite na definição da consulta

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Número de melhores resultados de uma região para manter. Desligado por padrão. Se usado, um valor de 100
é recomendado. Valores muito altos de -v or -b também são sugeridos.

-K N (topo de semente)
Multiplicador de tamanho do buffer de acertos interno (comprimento da consulta de wrt; padrão = 2)

-L (explosão2)
Use a tabela de pesquisa (Mega BLAST clássica) com largura 12

-L começar, parar (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Localização na sequência de consulta (para rpsblast, válido apenas no modo blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Use a matriz str (padrão = BLOSUM62)

-M N (megablasto)
Comprimento máximo total de consultas para uma única pesquisa (padrão = 5000000)

-N (explosão2)
Mostrar apenas acessos para IDs de sequência na saída tabular

-N X (blastpgp, rpsblast)
Número de bits para acionar a lacuna (padrão = 22.0)

-N N (megablasto)
Tipo de modelo de palavra não adjacente:
Codificação 0 (padrão)
1 ótimo
2 dois simultâneos

-O nome do arquivo (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Alinhamentos de sequência de gravação (ASN.1)
para nome do arquivo; válido apenas para blastpgp, impala, rpsblast e seedtop com -J e
válido apenas para megablast com -D2.

-P X (explosão2)
Corte de porcentagem de identidade

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Defina como 1 para o modo de hit único ou 0 para o modo de hit múltiplo (padrão). Não se aplica
para explodir.

-P nome do arquivo (impala)
Ler perfis de matriz do banco de dados nome do arquivo

-P N (megablasto)
Número máximo de posições para um valor hash (defina como 0 [padrão] para ignorar)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Traduzir a consulta de acordo com o código genético N em /usr/share/ncbi/data/gc.prt (padrão
é 1)

-Q nome do arquivo (blastpgp)
Arquivo de saída para matriz PSI-BLAST em ASCII

-Q nome do arquivo (megablasto)
Saída de consulta mascarada; requer -D 2

-R (explosão2)
Calcule alinhamentos Smith-Waterman localmente ideais. (Esta opção só está disponível
para tblastn com lacuna.)

-R nome do arquivo (blastall, blastall_old)
Leia o arquivo de checkpoint PSI-TBLASTN nome do arquivo

-R (explosãocl3)
Pesquisa RPS Blast

-R nome do arquivo (blastpgp)
Arquivo de entrada para reinicialização do PSI-BLAST

-R (megablasto)
Relate as informações de registro no final da saída

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Query strands para pesquisar no banco de dados por blastn, blastx, tblastx:
1 top
2 embaixo
3 ambos (padrão)

-S N (blastpgp)
Início da região necessária na consulta (padrão = 1)

-S N (topo de semente)
Custo de corte (padrão = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Produzir saída HTML

-T N (explosão2)
Tipo de modelo de palavra não adjacente:
Codificação 0 (padrão)
1 ótimo
2 dois simultâneos

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Use a filtragem de minúsculas para a sequência de consulta

-V (bl2seq, blastall, megablast)
Forçar o uso de mecanismo legado

-V (explosão2)
Use a abordagem de tamanho de palavra variável para varredura de banco de dados

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Use palavras de tamanho N (duração da melhor combinação perfeita;
zero invoca o comportamento padrão, exceto com megablast, cujo padrão é 28, e
blastpgp, cujo padrão é 3. Os valores padrão para os outros comandos variam com
"program": 11 para blastn, 28 para megablast e 3 para todo o resto.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Valor de dropoff X para alinhamento com lacunas (em
bits) (zero invoca o comportamento padrão, exceto com megablast, cujo padrão é 20,
e rpsblast e seedtop, cujo padrão é 15. Os valores padrão para o outro
os comandos variam com o "programa": 30 para blastn, 20 para megablast, 0 para tblastx e
15 para todo o resto.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Comprimento efetivo do espaço de busca (use zero para
o tamanho real)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) Valor de dropoff X para final [programação dinâmica?] com intervalo
alinhamento em bits (o padrão é 100 para blastn e megablast, 0 para tblastx, 25 para
outras)

-a nome do arquivo (bl2seq)
Escrever texto de saída ASN.1 para nome do arquivo

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Número de threads a serem usados ​​(o padrão é um)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Número de sequências de banco de dados para mostrar alinhamentos para
(B) (o padrão é 250)

-c (explosão2)
Máscara minúscula

-c N (impala)
Constante em pseudocontas para versão multipass; 0 (padrão) usa o método de entropia;
caso contrário, um valor próximo a 30 é recomendado

-c N (impala)
Constante em pseudocontas para a versão multipass (o padrão é 10)

-d N (bl2seq)
Use o tamanho teórico do banco de dados de N (zero representa o tamanho real)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Banco de dados a ser usado (o padrão é nr para todos os executáveis
exceto blast2, que requer uma segunda sequência FASTA se não estiver configurada)

-d nome do arquivo (rpsblast)
Banco de dados RPS BLAST

-e X Valor de expectativa (E) (padrão = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Limite para estender ocorrências, padrão se zero: 0 para blastn e megablast, 11 para
blastp, 12 para blastx e 13 para tblasn e tblastx.

-f N (blastpgp)
Limite para estender hits (padrão 11)

-f (megablasto)
Mostrar IDs completos na saída (padrão: apenas IGs ou acessos)

-f (topo de semente)
Force a busca de padrões, mesmo se eles forem muito prováveis

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Não execute o alinhamento com lacunas (N / A para tblastx)

-g (explosão2)
Use um algoritmo ganancioso para extensões com lacunas

-g F (megablasto)
Faça megablast descontíguo gerar palavras para cada base do banco de dados
(obrigatório com o motor BLAST atual)

-h N (explosão2)
Penalidade de deslocamento de quadro para gap fora do quadro (blastx, tblastn apenas; o padrão é
zero)

-h X (blastpgp, impala)
Limite de valor e para inclusão no modelo multipass (padrão = 0.002 para blastpgp,
0.005 para impala)

-i nome do arquivo
Ler (primeiro, consultar) a sequência ou definir a partir de nome do arquivo (o padrão é stdin; não é necessário para
blastpgp se reiniciando a partir do scoremat)

-j nome do arquivo (bl2seq, explosão2)
Leia a segunda sequência (assunto) ou defina a partir de nome do arquivo

-j N (blastpgp)
Número máximo de passes a serem usados ​​na versão multipass (padrão = 1)

-k str (explosão2)
Padrão para PHI-BLAST

-k nome do arquivo (blastpgp, seedtop)
Arquivo de ocorrência de entrada para PHI-BLAST (padrão = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Restringir a pesquisa do banco de dados à lista de GI's [String]

-l nome do arquivo (rpsblast)
Registrar mensagens para nome do arquivo em vez de erro padrão.

-m (bl2seq)
Use Mega Blast para pesquisa

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) opções de visualização de alinhamento:
0 em pares (padrão)
1 consulta ancorada mostrando identidades
2 ancorados em consulta, sem identidades
3 âncora de consulta plana, mostrar identidades
4 ancorados em consulta simples, sem identidades
5 ancorados em consulta, sem identidades e pontas cegas
6 âncora de consulta plana, sem identidades e extremidades cegas
7 Saída XML Blast (não disponível para impala)
8 tabular (não disponível para impala)
9 tabular com linhas de comentário (não disponível para impala)
10 texto ASN.1 (não disponível para impala ou rpsblast)
11 binário ASN.1 (não disponível para impala ou rpsblast)

-n (explosão2)
Mostrar GIs em IDs de sequência

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
Pesquisa MegaBlast

-n (megablasto)
Use extensão não gananciosa (programação dinâmica) para pontuações de gap afim

-o nome do arquivo
Escreva o relatório final de alinhamento para nome do arquivo ao invés de stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Use o "programa" (tipo de comparação) str. O DESCRIÇÃO seção cobre isso
opção em mais detalhes.

-p str (blastpgp)
opção de programa para PHI-BLAST (padrão = blastpgp)

-p X (megablasto)
Corte de porcentagem de identidade (padrão = 0)

-p F (rpsblast)
A sequência de consulta é nucleotídeo, não proteína

-p str (topo de semente)
nome do programa:
patmatchp indica quais padrões ocorrem em uma sequência
patternp indica quais sequências contêm um padrão

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Penalidade para uma incompatibilidade de nucleotídeos (apenas blastn) (padrão = -10
para seedtop, -3 para todo o resto)

-q N (blastpgp)
Entrada ASN.1 Scoremat de dados de checkpoint:
0 sem entrada de scoremat (padrão)
1 reinício do arquivo ASCII scoremat checkpoint
2 reinicialização do arquivo de ponto de verificação scoremat binário

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Recompensa por uma correspondência de nucleotídeo (apenas blastn) (padrão = 10 para
seedtop, -10 para todo o resto)

-s (explosão2)
No-op (anteriormente solicitada a geração de palavras para todas as bases do banco de dados)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Calcule alinhamentos Smith-Waterman localmente ideais. Para blastall, blastall_old e
blastcl3, isso só está disponível no modo tblastn com intervalo.

-s N (megablasto)
Pontuação mínima de acertos para relatar (0 para comportamento padrão)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Comprimento de um modelo de palavra descontínua (o maior intron permitido em uma tradução
sequência de nucleotídeos ao ligar múltiplas atribuições distintas; padrão = 0;
valores negativos desativam a vinculação para blastall, blastall_old e blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
Ajuste de pontuação baseado em composição. O primeiro caractere é interpretado da seguinte maneira:
0, F ou f
sem estatísticas baseadas em composição
1 estatística baseada em composição como em NAR 29: 2994-3005, 2001
2, T ou t
ajuste de pontuação baseado em composição como em Bioinformática 21: 902-911, 2005,
condicionado às propriedades da sequência na rodada 1 (padrão)
3 ajuste de pontuação baseado em composição como em Bioinformática 21: 902-911, 2005,
incondicionalmente na rodada 1

Quando estatísticas baseadas em composição estão em uso, anexar u (não faz distinção entre maiúsculas e minúsculas) para o
argumento solicita valor p unificado combinando valor p de alinhamento e valor p de composição
valor na rodada 1 apenas.

-t N (megablasto)
Comprimento de um modelo de palavra descontígua (palavra contígua se 0 [padrão])

-u (explosão2)
Faça apenas alinhamento sem lacunas (sempre TRUE para tblastx)

-u str (explosãocl3)
Restringir a pesquisa do banco de dados aos resultados da pesquisa do Entrez2

-u N (blastpgp)
Saída ASN.1 Scoremat de dados de checkpoint:
0 sem saída de scoremat (padrão)
1 arquivo de ponto de verificação scoremat ASCII de saída (requer -J)
2 saída de arquivo de ponto de verificação scoremat binário (requer -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Número de descrições de uma linha para mostrar (V) (padrão =
500)

-w N (explosão2)
Tamanho da janela (distância máxima permitida entre um par de acessos iniciais; 0 chamadas
comportamento padrão, -1 desativa vários acessos)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Penalidade de deslocamento de quadro (algoritmo OOF para blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff para extensões sem lacuna em bits (0.0 invoca o padrão
comportamento: 20 para blastn, 10 para megablast e 7 para todos os outros.)

-y N (megablasto)
Valor de queda X para extensão sem lacuna (o padrão é 10)

-z N (explosão2)
Comprimento mais longo do íntron para ligação HSP de intervalo desigual (apenas tblastn; o padrão é 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Comprimento efetivo do banco de dados (use zero para o tamanho real)

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