Este é o comando mia-3dmotioncompica-nonrigid que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
mia-3dmotioncompica-nonrigid - Registro não linear de uma série de imagens 3D.
SINOPSE
mia-3dmotioncompica-não rígida -i -o [opções]
DESCRIÇÃO
mia-3dmotioncompica-não rígida Este programa implementa uma versão 3D do movimento
algoritmo de compensação descrito em Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
"Compensação automática de movimento de dados de perfusão miocárdica adquiridos de respiração livre por
using Independent Component Analysis ", Medical Image Analysis, 2012,
DOI: 10.1016 / j.media.2012.02.004.
OPÇÕES
Arquivo-IO
-i --in-file = (entrada, obrigatório); Io
imagens de entrada de arquivos numerados consecutivamente (nomeXXXX.ext) Para suporte
tipos de arquivo, consulte PLUGINS: 3dimage / io
-o --out-file = (saída, obrigatório); Io
nome da imagem de saída (como string de formato C incluindo% 04d para definir
a numeração do arquivo) Para os tipos de arquivo suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / io
--save-refs =
salvar imagens de referência, a string fornecida é usada como base do nome do arquivo, o
o padrão numérico segue as imagens de entrada, e o formato de saída é sempre
'vista'
--save-regs =
salvar imagens intermediárias registradas, a string dada é usada como nome de arquivo
base, o padrão de número segue as imagens de entrada e o formato de saída é
sempre 'vista'
--save-coeffs =
salvar a matriz de mistura em um arquivo de texto
--save-features =
salvar imagens de recursos como PNG
Ajuda & Info
-V --verbose = aviso
detalhamento de saída, mensagens de impressão de determinado nível e prioridades mais altas.
As prioridades com suporte começando no nível mais baixo são:
info - Mensagens de baixo nível
traçar - Rastreamento de chamada de função
falhar - Reportar falhas de teste
aviso - Avisos
erro - Reportar erros
depurar - Saída de depuração
mensagem - Mensagens normais
fatal - Reportar apenas erros fatais
--direito autoral
imprimir informações de direitos autorais
-h --ajuda
imprima esta ajuda
-? --uso
imprimir uma pequena ajuda
--versão
imprima o número da versão e saia
ICA
-C --components = 0
Componentes ICA 0 = estimativa automática Componentes IICA 0 = automático
estimativa
- não normalizar
não normalizou ICs
--sem meios
não retire a média das curvas de mistura
-k --skip = 0
pular imagens no início da série, por exemplo, porque como são de outros
modalidades de salto de imagens no início da série, por exemplo, porque como eles
são de outras modalidades
-m --max-ica-iter = 400
número máximo de iterações no ICA; número máximo de iterações no ICA
Tratamento
--threads = -1
Número máximo de threads a serem usados para processamento, este número deve ser menor
ou igual ao número de núcleos de processador lógico na máquina. (-1:
estimativa automática). Número máximo de threads a serem usados para processamento,
o número deve ser menor ou igual ao número de núcleos de processador lógico em
a máquina. (-1: estimativa automática).
Registo
-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.1
Otimizador usado para minimização
-a --start-c-rate = 32
taxa de coeficiente inicial em spines, é dividido por --c-rate-divider com
cada taxa de coeficiente passstart em spines é dividida por --c-rate-divider
com cada passagem
--c-rate-divider = 4
divisor de taxa de cofficiente para cada passe divisor de taxa de oficial para cada passagem
-d --start-divcurl = 20
start divcurl weight, é dividido por --divcurl-divider com cada passstart
divcurl peso, é dividido por --divcurl-divider a cada passagem
--divcurl-divider = 4
escala de peso divcurl com cada nova escala de peso passdivcurl com cada
novo passe
-w --imagecost = imagem: peso = 1, custo = ssd,
custo da imagem
-l --mg-levels = 3
níveis de resolução múltipla; níveis de resolução múltipla
-P --passes = 3
passes de registro passes de registro
PLUGINS: 3dimage / io
analisar Analisar imagem 7.5
Extensões de arquivo reconhecidas: .HDR, .hdr
Tipos de elementos suportados:
8 bits não assinados, 16 bits assinados, 32 bits assinados, ponto flutuante 32 bits,
ponto flutuante de 64 bits
conjunto de dados IO virtual de e para o pool de dados interno
Extensões de arquivo reconhecidas:. @
dicom Série de imagens Dicom como 3D
Extensões de arquivo reconhecidas: .DCM, .dcm
Tipos de elementos suportados:
16 bits com sinal, 16 bits sem sinal
hdf5 IO de imagem 5D HDF3
Extensões de arquivo reconhecidas: .H5, .h5
Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, flutuante
ponto de 32 bits, ponto flutuante de 64 bits
ínria Imagem INRIA
Extensões de arquivo reconhecidas: .INR, .inr
Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits
mhd MetaIO 3D IO de imagem usando a implementação VTK (experimental).
Extensões de arquivo reconhecidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd
Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits
bacana NIFTI-1 imagem 3D IO
Extensões de arquivo reconhecidas: .NII, .nii
Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, ponto flutuante 32
bit, ponto flutuante 64 bits
vff Formato raster VFF Sun
Extensões de arquivo reconhecidas: .VFF, .vff
Tipos de elementos suportados:
8 bits sem sinal, 16 bits com sinal
vista Visualização 3D
Extensões de arquivo reconhecidas: .V, .VISTA, .v, .vista
Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado
vti Entrada e saída VTK-XML de imagem 3D (experimental).
Extensões de arquivo reconhecidas: .VTI, .vti
Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits
vtk Entrada e saída de legado de imagem 3D VTK (experimental).
Extensões de arquivo reconhecidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage
Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado
EXEMPLO
Registre a série de perfusão dada nas imagens imagesXXXX.v usando 4-class ICA
estimativa. Pule duas imagens no início, use no máximo 4 threads de registro, um nlopt
otimizador baseado e outros usam os parâmetros padrão. Armazene o resultado em
registradoXXXX.v
mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o registrado% 04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt: opt = ld-var1, xtola = 0.001, ftolr = 0.001, maxiter = 300
AUTOR (es)
Gert Wollny
DIREITOS AUTORAIS
Este software é protegido por Copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Alemanha e Madrid, Espanha. Vêm
com ABSOLUTAMENTE NENHUMA GARANTIA e você pode redistribuí-lo sob os termos do GNU
LICENÇA PÚBLICA GERAL Versão 3 (ou posterior). Para obter mais informações, execute o programa com o
opção '--copyright'.
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