mincstats - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mincstats - calcula estatísticas simples em voxels de um arquivo minc

SINOPSE

mincstats [ ] .mnc

DESCRIÇÃO

Estatísticas Minc irá calcular medidas estatísticas simples em todos os voxels de um arquivo minc.
Observe que essas são medidas estatísticas globais e não medidas de voxel por voxel (ver
caverna por isso). Por padrão, todas as estatísticas são calculadas. Se alguma estatística for
solicitado por meio de uma opção de linha de comando, apenas as estatísticas solicitadas são impressas.

Um recurso muito útil deste programa é a capacidade de restringir o conjunto de voxels
incluídos no cálculo estatístico, seja pela restrição da faixa de valores incluídos,
ou usando um arquivo de máscara com um intervalo restrito. Vários intervalos para o arquivo de entrada ou
arquivo de máscara pode ser especificado. Para cada faixa de valores de volume incluídos e para cada faixa
de valores de máscara, as estatísticas relevantes são impressas (valores n * m, onde n é o número
de intervalos de volume e m o número de intervalos de máscara). Esses cálculos são feitos em um único
passar pelos dados, portanto, especificar vários intervalos é muito mais rápido do que executar o
programa repetidamente. Isso é muito útil ao calcular muitas médias regionais com um
Volume da máscara VOI.

Menção especial deve ser dada aos histogramas e medidas estatísticas relacionadas. o
o intervalo padrão do histograma vai do menor valor no arquivo ao maior. No
o não incomum, mas especial, caso em que o número de caixas do histograma corresponde exatamente ao
número de valores possíveis no arquivo (por exemplo, 256 caixas para dados de byte de faixa completa), o
O histograma pode apresentar algumas características estranhas ao usar o intervalo padrão do histograma. Esse
surge da discretização dos dados que são então reintroduzidos em um
histograma incompatível. Para o exemplo de dados de byte, os valores que devem ser usados ​​são 256
caixas e um intervalo de histograma que se estende metade de uma caixa abaixo do menor valor e metade de uma caixa
acima do maior. Opção de uso -discreto_histograma para resolver isso automaticamente, ou usar
-inteiro_histograma ter caixas de largura unitária se os dados de entrada forem inerentemente inteiros
(por exemplo, dados do rótulo). Em geral, deve-se ter cuidado com o rebinning de discretizadas
dados para um histograma com um tamanho de compartimento próximo ao nível de discretização.

OPÇÕES

Observe que as opções podem ser especificadas de forma abreviada (desde que sejam exclusivas) e
pode ser fornecido em qualquer lugar na linha de comando. A ordem em que as estatísticas são impressas
serão sempre os mesmos, independentemente da ordem em que são solicitados no
linha de comando

Geral opções

-espancar
Substitua um arquivo existente.

-noclobber
Não substitua um arquivo existente (padrão).

-verboso
Imprima informações extras (mais do que o padrão).

-quieto Imprima apenas os números solicitados

-max_buffer_size_in_kb tamanho
Especifique o tamanho máximo dos buffers internos (em kbytes). O padrão é 4 MB.

Inválido valor opções

-ignore_nan
Exclua valores inválidos (fora do intervalo válido) dos cálculos estatísticos. Isto é
o padrão.

-include_nan
Trate os valores inválidos como zeros e inclua-os nos cálculos estatísticos.

-substituir_nan valor
Substitua os valores inválidos pelo valor especificado e inclua o novo valor em
cálculos estatísticos.

Volume alcance opções

-chão min1,min2, ...
Lista separada por vírgulas de limites inferiores para intervalos de dados a serem incluídos na estatística
Cálculo.

-teto max1,max2, ...
Lista separada por vírgulas de limites superiores para intervalos de dados a serem incluídos na estatística
Cálculo.

-alcance min1,max1,min2,max2, ...
Lista separada por vírgulas de limites inferior e superior para intervalos de dados a serem incluídos em
cálculo estatístico.

-binvalue val1,val2, ...
Lista separada por vírgulas de valores inteiros para incluir no cálculo estatístico. Um intervalo
de +/- 0.5 é definido em torno de cada valor especificado.

-mascarar nome do arquivo.mnc
Nome do arquivo a ser usado para mascarar os dados incluídos no cálculo estatístico. Para
para ter algum efeito, você deve especificar um intervalo de máscara com um dos seguintes
opções.

-mask_floor min1,min2, ...:
Como -chão, mas aplicado ao arquivo de máscara.

-mask_ceil max1,max2, ...
Como -teto, mas aplicado ao arquivo de máscara.

-mask_range min1,max1,min2,max2, ...
Como -alcance, mas aplicado ao arquivo de máscara.

-mask_binvalue val1,val2, ...
Como -binvalue, mas aplicado ao arquivo de máscara.

Histograma opções

-histograma nome do arquivo
Especifique o nome de um arquivo no qual o histograma foi gravado. Se vários intervalos
ou intervalos de máscara são especificados, então todos os histogramas são escritos neste arquivo,
separados por linhas em branco. As informações que descrevem cada histograma são escritas antes
em linhas começando com o caractere hash (libra). Esses arquivos podem ser carregados
em gnuplot.

-hist_bins número de caixas
Especifique o número de compartimentos no histograma.

-caixotes número de caixas
Sinônimo de -hist_bins.

-hist_floor minutos
Especifique o limite inferior do histograma.

-hist_ceil max
Especifique o limite superior do histograma.

-hist_range minutos max
Especifique um intervalo para o histograma

-inteiro_histograma
Crie bins de largura unitária, centralizado em torno de valores inteiros. Isso é útil para
dados inteiros, como rótulos. O intervalo do histograma é arredondado para o número inteiro mais próximo,
então, o mínimo é reduzido e o máximo é aumentado em 0.5. O número de caixas é levado
como a diferença entre esses dois valores. Observe que 0.01 é adicionado ao mínimo e
subtraído do máximo antes do arredondamento, a fim de garantir que um
o intervalo especificado corretamente (por exemplo, [0.5,255.5]) é preservado. Se você quiser ter
bins inteiros que são mais largos do que um, você terá que calcular o intervalo do histograma
e o número de caixas você mesmo e não use esta opção.

-discreto_histograma
Tente combinar o histograma com a discretização dos dados de entrada. Isto é
apropriado para dados contínuos que são armazenados em uma representação inteira e
quando uma largura de bin próxima à discretização é desejada. Isso é semelhante a
-inteiro_histograma, exceto que o intervalo do histograma é primeiro convertido em voxel
valores que são arredondados e estendidos por meio compartimento de cada lado. Este novo voxel
intervalo é então convertido de volta para valores reais. O número de caixas é considerado o
diferença na faixa de valores do voxel. Observe que isso não leva em consideração as variações
na escala de corte a corte, efeitos de histograma estranhos ainda podem ocorrer. Esta opção é
pretendia dar um comportamento semelhante ao de estatísticas de volume.

-int_max_bins número de caixas
Especifique o maior histograma que pode ser dimensionado automaticamente com o acima
opções. O limite evita a criação acidental de grandes histogramas. Esta opção
substituiu o antigo -max_bins opção no MINC 1.1.

Basico estatística

-todos Calcule todas as medidas estatísticas. Este é o padrão.

-Nenhum Sinônimo de -contagem (para semelhança com volume_stats). Observe que embora este fosse
necessário para estatísticas de volume, não é necessário aqui, uma vez que a especificação de qualquer um desses
opções desliga-se automaticamente -todos

-contagem Conte o número de voxels que estão dentro do intervalo e da máscara.

-por cento
Imprimir a porcentagem de voxels dentro do intervalo e máscara

-volume
Imprima o volume dos voxels dentro do intervalo e da máscara (em mm ao cubo).

- min Imprima o valor mínimo.

-máximo Imprima o valor máximo.

-soma Imprima a soma de todos os valores.

-soma2 Imprima a soma dos quadrados de todos os valores.

-significar Imprima a média.

-variância
Imprima a variação.

-stddev
Imprima o desvio padrão.

-assimetria
Imprima a assimetria da amostra (3º momento).

- curtose
Imprima a curtose de amostra (4º momento).

-CoM Imprima o centro de massa. Tanto a coordenada de voxel quanto as coordenadas mundiais são
impresso. As coordenadas do voxel são impressas em ordem de arquivo, enquanto o mundo
as coordenadas são impressas na ordem x, y, z.

-com Sinônimo de -CoM.

-world_only
Imprime o centro de massa apenas em coordenadas mundiais.

Histograma estatística

Observe que as estatísticas do histograma são derivadas exclusivamente das contagens do histograma e bin
centros, então resultados como a mediana não serão exatamente os mesmos que o valor verdadeiro para
todos os voxels incluídos. Por exemplo, o erro na mediana pode ser tão grande quanto uma meia caixa
largura. Além disso, se o intervalo do histograma for menor do que o dos voxels incluídos, então o
resultado aplica-se apenas a voxels incluídos no histograma.

-hist_count
Imprime o número de voxels no histograma. Isso pode ser diferente do número de
voxels incluídos e mascarados se o intervalo do histograma for menor que o intervalo do
dados incluídos.

-hist_percent
Imprime a porcentagem de voxels incluídos no histograma.

-mediana
Imprima a mediana do histograma.

-maioria
Imprima o centro da bandeja (valor de intensidade) para a bandeja com mais contagens.

-biModalT
Imprime o limite bimodal separando o volume em duas classes O padrão é
para usar o método otsu (veja as opções abaixo)

-otsu Use o método descrito em Otsu N, "A Threshold Selection Method from Gray-level
Histograms ", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9: 1; 62-66 to
calcular o limite

-kittler
Use o algoritmo Kittler & Illingworth '86 para calcular o limite bimodal.
Kittler, J. & Illingworth J., "Minimum error thresholding", Pattern Recognition,
vol. 19, págs. 41-47, 1986.

-kapur Use o Kapur et al. Algoritmo '85 para calcular o limite bimodal. Kapur,
Sahoo & Wong "Um novo método para limiar de imagem de nível de cinza usando a entropia de
the histogram ", Visão Computacional, Gráficos e Processamento de Imagens, vol 29, pp
273-285, 1985.

-simples
Use um algoritmo de média de médias simples para calcular o limite bimodal Isto é mais
computacionalmente caro do que algumas das alternativas, e não parece fazer um
bom trabalho. Mas parece mais robusto do que alguns dos outros métodos.

-pctT Imprima o limite necessário para uma determinada porcentagem crítica do histograma.

-entropia
Imprima a entropia de Shannon.

H (x) = - Soma (P (i) * log2 (P (i))

onde P (i) é a probabilidade bin

Generic opções para todos os comandos:

-Socorro Imprime o resumo das opções da linha de comando e sai.

-versão
Imprima o número da versão do programa e saia.

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