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miniasma - Online na nuvem

Execute o miniasmo no provedor de hospedagem gratuita OnWorks no Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

Este é o miniasma de comando que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

PROGRAMA:

NOME


miniasma - assembler de novo para longas sequências de leitura

SINOPSE


miniasmo [-b12V] [-m minMatch] [-i MinIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f readFile] [-n
nRounds] [-r dropRatio] [-F finalDropRatio] [-p outputInfo] mapeamento.paf > output.gfa

DESCRIÇÃO


Miniasm é um assembler de novo baseado em OLC muito rápido para leituras longas com ruído. É preciso tudo-contra-
todos leem os auto-mapeamentos no formato PAF como entrada e geram um gráfico de montagem no GFA
formato. Diferente dos montadores convencionais, o miniasma não tem uma etapa de consenso. Isto
simplesmente concatena pedaços de sequências lidas para gerar as sequências unitárias finais. Assim
a taxa de erro por base é semelhante às leituras de entrada bruta.

OPÇÕES


Pré-seleção opções
-m INT Soltar mapeamentos com menos de INT bases correspondentes (col10 em PAF) [100]. Esse
opção tem a mesma função que -L do minimapa.

-s INT Soltar mapeamentos menores que INT-bp [1000]. Esta opção também afeta o segundo
rodada de filtragem de leitura e comprimento mínimo de sobreposição.

-i FLOAT Durante a filtragem de leitura, ignore os mapeamentos com col10 / col11 abaixo FLOAT [0.05].
Os mapeamentos ignorados ainda são usados ​​para sobreposições de leitura.

-c INT Cobertura mínima por outras leituras [3]. Na primeira rodada de filtragem, miniasma
encontra a maior região coberta por INT ou mais leituras. Na segunda rodada,
além disso, requer que cada base restante seja coberta por INT bases pelo menos
minSpan/ 2 das extremidades de outras leituras.

Sobreposição opções
-o INT Comprimento mínimo de sobreposição [igual a minSpan]

-h INT Comprimento máximo da saliência [1000]. Uma saliência é uma região não mapeada que deveria ser
mapeada dada uma sobreposição verdadeira ou contenção verdadeira. Se a saliência for muito longa,
o mapeamento é considerado uma correspondência interna e será ignorado.

-I FLOAT Proporção mínima de comprimento de mapeamento para mapeamento + comprimento da saliência para um mapeamento
considerada uma contenção ou sobreposição [0.8]. Esta opção tem uma função semelhante a
-h, exceto que controla a proporção, não o comprimento.

Gráfico traçado opções
-g INT Diferenças máximas de gap entre duas leituras em um mapeamento [1000]. Este parâmetro é
usado apenas para redução transitiva.

-d INT Distância máxima de sondagem para estouro de bolhas [50000]. Bolhas mais longas que INT
não será exibido.

-e INT Um unitig é considerado pequeno se for composto por menos de INT lê [4].
O miniasma pode tentar remover pequenas unidades em várias etapas.

-f ARQUIVO Leia o arquivo de sequência no formato FASTA ou FASTQ para gerar sequências de unidades
[nulo]. Se esta opção estiver ausente, o miniasmo produz uma saída GFA sem
sequências.

-r FLOAT1, [FLOAT2]
Razão de queda de sobreposição máxima e mínima [0.7,0.5]. Deixe que a sobreposição (v-> w) seja a sobreposição
comprimento da aresta v-> w e maxovlp (v) = max_w {sobreposição (v-> w)} seja o comprimento do maior
sobreposição. O miniasma diminui a sobreposição v-> w se a sobreposição (v-> w) / maxovlp (v) estiver abaixo de um
limite controlado por esta opção. Miniasma se aplica nRounds rodadas curtas
remoção de sobreposição com um limite crescente entre FLOAT1 e FLOAT2.

-n INT Rodadas de remoção de sobreposição curta [3].

-F FLOAT Limiar de taxa de queda de sobreposição após remoção de unidade curta [0.8]

Variado opções
-b Indique que na entrada, o mesmo mapeamento provavelmente será fornecido duas vezes

-1 Pule a primeira rodada de seleção de leitura pré-montagem

-2 Pule a segunda rodada de seleção de leitura pré-montagem

-p STR Informações de saída e formato [ug]. Possível STR os valores incluem - cama: publicar-
regiões de leitura filtradas no formato BED; paf: mapeamentos entre pós-filtrados
lê; sg: leia o gráfico de sobreposição no formato GFA; ug: gráfico unitig no GFA
formato.

-V Imprimir o número da versão em stdout

INPUT FORMATO


O Miniasm lê as posições de mapeamento no Pairwise mApping Format (PAF), que é um TAB-
formato de texto delimitado com cada linha consistindo em pelo menos 12 campos, conforme descrito em
a seguinte tabela:

┌─────┬─────────┬────────────────────────────────────── ──────────────────────────────┐
ColTipoDescrição
├─────┼─────────┼────────────────────────────────────── ──────────────────────────────┤
│ 1 │ string │ Nome da sequência de consulta │
│ 2 │ int │ Comprimento da sequência de consulta │
│ 3 │ int │ Coordenada de início da consulta (base 0) │
│ 4 │ int │ Coordenada final da consulta (base 0) │
│ 5 │ char │ `+ 'se consulta e destino na mesma vertente; `- 'se oposto │
│ 6 │ string │ Nome da sequência alvo │
│ 7 │ int │ Comprimento da sequência alvo │
│ 8 │ int │ Coordenada de início do objetivo na fita original │
│ 9 │ int │ Coordenada final alvo na fita original │
│ 10 │ int │ Número de bases correspondentes no mapeamento │
│ 11 │ int │ Bases numéricas, incluindo lacunas, no mapeamento │
│ 12 │ int │ Qualidade de mapeamento (0-255 com 255 em falta) │
└─────┴─────────┴────────────────────────────────────── ──────────────────────────────┘

Por favor, veja minimapa(1) para a descrição detalhada de cada campo.

SAÍDA FORMATO


O Miniasm produz a montagem no formato Graphical Fragment Assembly (GFA). É um
formato delimitado por TAB com base em linha, com a letra inicial indicando o tipo da linha.
A tabela a seguir fornece os tipos de linha usados ​​pelo miniasma:

┌───────┬─────────────┬────────────────────────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────┐
LineComentárioFixo Campos
├───────┼─────────────┼────────────────────────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────┤
│ H │ Cabeçalho │ N / A │
│ S │ Segmento │ segName segSeq │
│ L │ Sobreposição │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Caminho dourado │ utgName utgStart readName: comprimento de readOri de início e fim │
└───────┴─────────────┴────────────────────────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────┘

Use miniasma online usando serviços onworks.net


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