miniasma - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

miniasma - assembler de novo para longas sequências de leitura

SINOPSE

miniasmo [-b12V] [-m minMatch] [-i MinIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f lerArquivo] [-n
nRodadas] [-r dropRatio] [-F finalDropRatio] [-p informações de saída] mapeamento.paf > saída.gfa

DESCRIÇÃO

Miniasm é um assembler de novo baseado em OLC muito rápido para leituras longas com ruído. É preciso tudo-contra-
todos leem os auto-mapeamentos no formato PAF como entrada e geram um gráfico de montagem no GFA
formato. Diferente dos montadores convencionais, o miniasma não tem uma etapa de consenso. Isto
simplesmente concatena pedaços de sequências lidas para gerar as sequências unitárias finais. Assim
a taxa de erro por base é semelhante às leituras de entrada bruta.

OPÇÕES

Pré-seleção opções
-m INT Soltar mapeamentos com menos de INT bases correspondentes (col10 em PAF) [100]. Esse
opção tem a mesma função que -L do minimapa.

-s INT Soltar mapeamentos menores que INT-bp [1000]. Esta opção também afeta o segundo
rodada de filtragem de leitura e comprimento mínimo de sobreposição.

-i FLOAT Durante a filtragem de leitura, ignore os mapeamentos com col10 / col11 abaixo FLOAT [0.05].
Os mapeamentos ignorados ainda são usados ​​para sobreposições de leitura.

-c INT Cobertura mínima por outras leituras [3]. Na primeira rodada de filtragem, miniasma
encontra a maior região coberta por INT ou mais leituras. Na segunda rodada,
além disso, requer que cada base restante seja coberta por INT bases pelo menos
minSpan/ 2 das extremidades de outras leituras.

Sobreposição opções
-o INT Comprimento mínimo de sobreposição [igual a minSpan]

-h INT Comprimento máximo da saliência [1000]. Uma saliência é uma região não mapeada que deveria ser
mapeada dada uma sobreposição verdadeira ou contenção verdadeira. Se a saliência for muito longa,
o mapeamento é considerado uma correspondência interna e será ignorado.

-I FLOAT Proporção mínima de comprimento de mapeamento para mapeamento + comprimento da saliência para um mapeamento
considerada uma contenção ou sobreposição [0.8]. Esta opção tem uma função semelhante a
-h, exceto que controla a proporção, não o comprimento.

Gráfico traçado opções
-g INT Diferenças máximas de gap entre duas leituras em um mapeamento [1000]. Este parâmetro é
usado apenas para redução transitiva.

-d INT Distância máxima de sondagem para estouro de bolhas [50000]. Bolhas mais longas que INT
não será exibido.

-e INT Um unitig é considerado pequeno se for composto por menos de INT lê [4].
O miniasma pode tentar remover pequenas unidades em várias etapas.

-f ARQUIVO Leia o arquivo de sequência no formato FASTA ou FASTQ para gerar sequências de unidades
[nulo]. Se esta opção estiver ausente, o miniasmo produz uma saída GFA sem
sequências.

-r FLOAT1, [FLOAT2]
Razão de queda de sobreposição máxima e mínima [0.7,0.5]. Deixe que a sobreposição (v-> w) seja a sobreposição
comprimento da aresta v-> w e maxovlp (v) = max_w {sobreposição (v-> w)} seja o comprimento do maior
sobreposição. O miniasma diminui a sobreposição v-> w se a sobreposição (v-> w) / maxovlp (v) estiver abaixo de um
limite controlado por esta opção. Miniasma se aplica nRodadas rodadas curtas
remoção de sobreposição com um limite crescente entre FLOAT1 e FLOAT2.

-n INT Rodadas de remoção de sobreposição curta [3].

-F FLOAT Limiar de taxa de queda de sobreposição após remoção de unidade curta [0.8]

Gerais opções
-b Indique que na entrada, o mesmo mapeamento provavelmente será fornecido duas vezes

-1 Pule a primeira rodada de seleção de leitura pré-montagem

-2 Pule a segunda rodada de seleção de leitura pré-montagem

-p STR Informações de saída e formato [ug]. Possível STR os valores incluem - cama: publicar-
regiões de leitura filtradas no formato BED; paf: mapeamentos entre pós-filtrados
lê; sg: leia o gráfico de sobreposição no formato GFA; ug: gráfico unitig no GFA
formato.

-V Imprimir o número da versão em stdout

INPUT FORMATO

O Miniasm lê as posições de mapeamento no Pairwise mApping Format (PAF), que é um TAB-
formato de texto delimitado com cada linha consistindo em pelo menos 12 campos, conforme descrito em
a seguinte tabela:

┌─────┬─────────┬────────────────────────────────────── ──────────────────────────────┐
│Col │ Formato │ Descrição │
├─────┼─────────┼────────────────────────────────────── ──────────────────────────────┤
│ 1 │ string │ Nome da sequência de consulta │
│ 2 │ int │ Comprimento da sequência de consulta │
│ 3 │ int │ Coordenada de início da consulta (base 0) │
│ 4 │ int │ Coordenada final da consulta (base 0) │
│ 5 │ char │ `+ 'se consulta e destino na mesma vertente; `- 'se oposto │
│ 6 │ string │ Nome da sequência alvo │
│ 7 │ int │ Comprimento da sequência alvo │
│ 8 │ int │ Coordenada de início do objetivo na fita original │
│ 9 │ int │ Coordenada final alvo na fita original │
│ 10 │ int │ Número de bases correspondentes no mapeamento │
│ 11 │ int │ Bases numéricas, incluindo lacunas, no mapeamento │
│ 12 │ int │ Qualidade de mapeamento (0-255 com 255 em falta) │
└─────┴─────────┴────────────────────────────────────── ──────────────────────────────┘

Por favor, veja minimapa(1) para a descrição detalhada de cada campo.

SAÍDA FORMATO

O Miniasm produz a montagem no formato Graphical Fragment Assembly (GFA). É um
formato delimitado por TAB com base em linha, com a letra inicial indicando o tipo da linha.
A tabela a seguir fornece os tipos de linha usados ​​pelo miniasma:

┌───────┬─────────────┬────────────────────────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────┐
│Line │ Comentário │ Fixo Campos │
├───────┼─────────────┼────────────────────────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────┤
│ H │ Cabeçalho │ N / A │
│ S │ Segmento │ segName segSeq │
│ L │ Sobreposição │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Caminho dourado │ utgName utgStart readName: comprimento de readOri de início e fim │
└───────┴─────────────┴────────────────────────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────┘

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